Maftools | 一键复现TCGA肿瘤突变数据分析和可视化

今天要介绍的是发表在《Genome Research》上的一篇文献《Maftools: efficient and comprehensive analysis of somatic variants in cancer》介绍了一款软件MafTools：对癌症的体细胞变异进行有效和全面的分析。

Maftools是一款可以对MAF格式（Mutation Annotation Format）的变异数据进行统计、分析和可视化的R包。除了可以对TCGA来源的MAF文件以外，其他任何变异数据只要是MAF格式都可以使用这款工具进行分析。

Maftools包可主要概括为可视化和分析两大模块，流程和使用方法很简单：通过read.maf读入MAF文件（或者经过格式转换）得到MAF对象，然后将对象传递给对应的分析或者可视化函数就行了。主要模块、函数和主要的分析和可视化功能见下图：

示例代码：（本人在学习过程中总结，有的部分可能比较乱，只要数据齐全，可以完成所有分析）

#!/usr/bin/env Rscript
#usage:Rscript automatic_maftools.R primary_idea1.maf metastasis_idea1.maf ESCA-TP.final_analysis_set.maf
#or:Rscript automatic_maftools.R 1.txt 2.txt ESCA-TP.final_analysis_set.maf

#install.packages("maftools")
library(maftools)

#R command line passing a filename to script in arguments (Windows)
args <- commandArgs(TRUE)

#args
laml1 = read.maf(args[1])
laml2 = read.maf(args[2])

#annovarToMaf
# #maf1 <