R计算相关性-单表

用R包Hmisc里的rcorr函数计算相关性，并将输出矩阵格式进行转换。
这里我用的是单表，行为样本名，列为细菌相对丰度，想计算细菌之间的相关性。rcorr函数计算相关性的方法有两种：Pearson和Spearman，使用示例如下：
Usage
rcorr(x, y, type=c(“pearson”,“spearman”))

install.packages('Hmisc')
library(Hmisc)
data<-read.table("clipboard",header = T,row.names = 1)
res<-rcorr(as.matrix(data))

flattenCorrMatrix <- function(cormat, pmat) {
  ut <- upper.tri(cormat)
  data.frame(
    row = rownames(cormat)[row(cormat)[ut]],
    column = rownames(cormat)[col(cormat)[ut]],
    cor  =(cormat)[ut],
    p = pmat[ut]
  )
}

final<-flattenCorrMatrix(res$r,res$P)
write.table(final, 'stage', sep = '\t', col.names = NA, quote = FALSE)

我的结果是细菌之间的相关性，输出第三列是相关性系数，第四列是p-value；对相关性系数和p-value进行筛选后，可以导入Gephi或者cytoscape进行网络图的绘制。