卡方检验简单笔记

最新推荐文章于 2023-04-21 22:44:48 发布

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分类专栏：前端开发笔记生物信息相关

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卡方检验简单笔记

一种计数资料的假设检验方法

1.独立性检验

如下表，判断喝牛奶对是否感冒有没有影响(喝牛奶与否、感冒与否是不是两个独立的事件)。

	感冒人数	未感冒人数
喝牛奶组	43	96
不喝牛奶组	28	84

R语言：
chisq.test 函数，输出卡方值、自由度、p值

> tableTest <- matrix(c(43,96,28,84),nrow=2,ncol=2)
> chisq.test(tableTest)

	Pearson's Chi-squared test with Yates' continuity correction

data:  tableTest
X-squared = 0.80438, df = 1, p-value = 0.3698

python：
scipy.stats.chi2_contingency 返回一个元组，里面分别是卡方值、p值、自由度df、理论值数组

>>> from  scipy.stats import chi2_contingency
>>> import numpy as np
>>> kf_data = np.array([[37,27], [39,21]])
>>> kf = chi2_contingency(kf_data)
>>> kf
(0.80437744748