《使用R包ggtree进行进化树的绘制与美化》

目录

前记

一、ggtree的安装

 二、使用ggtree处理nwk文件

1、导入进化树文件

2、绘制简单进化树

 3、重命名进化树分支

4、标识进化树

5、参考链接

后记

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前记

都2023年了，才去使用Y叔早在2018年发表的进化树构建利器——ggtree。刚好最近在做基因家族分析，进化树的构建与美化确实有点麻烦，先前使用MEGA11进行了绘制，但图像简陋，于是导出了nwk文件，准备使用其他软件进行美化。这里，我使用ggtree包进行操作。

一、ggtree的安装

下方链接：

Bioconductor - ggtreehttps://bioconductor.org/packages/release/bioc/html/ggtree.html打开R语言输入以下代码，进行安装：

if (!require("BiocManager", quietly = TRUE))
    install.packages("BiocManager")

BiocManager::install("ggtree")

 二、使用ggtree处理nwk文件

1、导入进化树文件

#加载包
library(ggplot2)
library(ggtree)
library(treeio)

#读取文件
tree <- read.newick("Newick Export.nwk", node.label = "label")

2、绘制简单进化树

代码如下：

ggtree(tree, branch.length = "none", layout = "circular") +
  geom_tiplab()

#branch.length = "none"，表示对齐；
#layout，设置树的外观；
#geom_tiplab()，显示各分支名称。

结果为：

   

 3、重命名进化树分支

为方便操作，对上述例子的分支名称进行重命名，操作如下：

#重命名分支名称
rename <- read.table(file = "common_rename.txt", header = F)
tree1 <- tree
tree1@phylo$tip.label <- rename[match(tree1@phylo$tip.label,rename$V1),]$V2

#"common_rename.txt"文件是新名称和旧名称的对应文件。

重新绘制，如下：

 可以看到，名称全部被替换。

4、标识进化树

以其中一个分组为例，NB-179到NB-122这个范围，如上图所示；

代码如下：

ggtree(tree1, branch.length = "none", layout = "circular") +
  geom_tiplab2(size = 2, color = "seagreen") +
  geom_text2(aes(label=node), size = 2, color = "red") +
  geom_hilight(node = 377, fill = "orange", alpha = 0.6) +
  geom_strip(taxa1 = "NB-179", taxa2 = "NB-122",
             label = "Class I", color = "steelblue",
             offset = 2.5, barsize = 2,
             hjust = "center", angle = 30,
             extend = 0.5, offset.text = 2,
             align = FALSE)
#其中，geom_tiplab2设置分支名称的标签；geom_text2显示节点名称；geom_hilight对节点进行高亮；geom_strip对分组进行标注。

输出的结果如下：

看着有点缭乱，去掉节点名称和高亮，重新输出：

 PS：如果要进化树分支显示颜色，需建立一个node与color对应的件，并通过下面语句进行导入。

col <- read.table("node_color.txt", header = TRUE)
col <- data.frame(col)
#使用`%<+%`符号强插入颜色数据到树文件中
p2 <- p1%<+%col + aes(color = I(color))
p2

5、参考链接

使用Y叔神包ggtree进行基因家族基因进化树构建-腾讯云开发者社区-腾讯云 (tencent.com)https://cloud.tencent.com/developer/article/1479154

后记

第一次用ggtree绘制进化树，很多地方还不熟，后面还需要再用心琢磨琢磨。

2023.8.14

CXGG