基因组坐标转换，hg19 hg38 T2T相互转

最新推荐文章于 2024-07-23 10:51:28 发布
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分类专栏： # 生物信息 文章标签： 生物信息
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本文链接：https://blog.csdn.net/qq_21478261/article/details/138336519
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本文介绍了两个在线工具——UCSC Genome Browser的hgLiftOver，用于进行基因组坐标从hg19、hg38到T2T的相互转换。用户可以输入不同格式的坐标信息，如位置、变异或区间，以实现高效的数据转换。
摘要由CSDN通过智能技术生成
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qq_21478261
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生信技能52 - VCF文件hg38与hg19坐标相互转换
LittleComputerRobot的博客
07-11 176
对SNP/INDEEL Calling获得的VCF文件进行hg38与hg19的坐标相互转换
做研究用hg19还是hg38基因组？一行代码将hg19的bw文件转成hg38
微生信
08-28 1038
数据分析的时候，一定要看清楚，网上的数据到底是hg38还是hg19！因为除了大型数据库外，其他的小型数据库、网站经常是发了文章就不再更新，甚至是发了文章6个月以后就找不到那种，一定要“三思而后行”，避免浪费时间！...
liftOver进行基因组坐标转换
qq_27390023的博客
06-30 1010
Liftover是UCSC中用于基因组版本之间转换的一个工具，既可以做某一物种内基因组版本的转换，还可以做物种间基因组版本的转换。http://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgLiftOver
参考基因组 坐标转换 hg38 hg19
dujidan的博客
03-19 3262
参考基因组 坐标转换 hg38 hg19 俗话说，工欲善其事必先利其器 首先，你要有一套nb的工具，这里就介绍一下 UCSC 的 liftOver，这就是用来做 不同版本基因组间的转换。 1、下载必要的软件和文件 # 下载坐标转换对应文件，hg19到hg38 # wget http://hgdownload.soe.ucsc.edu/goldenPath/hg38/liftOver/hg38ToHg19.over.chain.gz rsync -avzP rsync://hgdownload.cse.u
人类基因组版本：hg19和hg38
SN的博客
12-23 3834
是于2013年发布的人类基因组版本，也被称为GRCh38（Genome Reference Consortium human genome build 38）。是于2009年发布的人类基因组版本，也被称为GRCh37（Genome Reference Consortium human genome build 37）。（人类基因组版本38）都是人类基因组的版本号。有一些改进，包括更好地解决了基因组的一些难以映射的区域、更全面的注释等。（人类基因组版本19）和。
不同参考基因组版本转换hg38tohg19 vcf
hh5187的博客
10-06 2465
下载hg19的2bit文件 wget https://hgdownload.soe.ucsc.edu/goldenPath/hg19/bigZips/hg19.2bit 下载2bit to fasta工具，将2bit格式的参考基因组转换为fasta格式 rsync -aP rsync://hgdownload.soe.ucsc.edu/genome/admin/exe/linux.x86_64/ ./ ...
GWAS: 阿尔兹海默症和代谢指标在大规模全基因组数据的遗传共享研究
weixin_33698823的博客
03-09 1605
今天要讲的一篇是发表于 Hum Genet 的 "Shared genetic architecture between metabolic traits and Alzheimer's disease: a large-scale genome-wide cross-trait analysis" 。很中规中矩的一篇文章，没有什么大的亮点的。写它的主要原因整篇文献思路很流畅，次要原因是我懒，不愿...
量子霍尔反常效应原理与应用
程序员光剑
06-25 131
量子霍尔效应是固体物理学中一个重要的物理现象,由德国物理学家 Klaus von Klitzing 于1980年发现。它反映了二维电子气在强磁场中的行为。在强磁场下,材料的霍尔电阻展现出阶梯状的变化,并且电阻值被量子化为h/e^2的整数倍或分数倍,其中h是普朗克常数,e是电子电荷。这一现象完全出乎人们的意料,引发了人们对其机理的深入研究。研究量子反常霍尔效应的理论方法主要基于紧束缚模型和拓扑能带理论。通过构建哈密顿量并对角化,可以得到体系的能带结构和波函数。
"明确疾病家族史改善多基因风险评分
文章明确疾病家族史可改善不同人群的多基因风险评分图形摘要亮点d多基因风险评分在应用于不同人群时表现不佳D 包括家族史可提高预测准确性D 这种改善在不同人群作者Margaux L.A.放大图片作者：Michael M.阿尔克斯·...
【NextPolish】【1】【2】
最新发布
GeekFocus
07-23 583
Motivation。
crossmap:在装配体之间转换基因组坐标-开源
04-29
CrossMap是一个程序，用于在程序集之间方便地转换基因组坐标和基因组注释文件（例如，从GRCh36 / hg18提升到GRCh37 / hg19或反之亦然）。它支持BAM，SAM，BED，Wiggle，BigWig，GFF，GTF格式的文件。
seurat提取表达矩阵_什么，你一定要基于FPKM标准化表达矩阵做单细胞差异分析...
weixin_28938171的博客
12-31 2835
学徒和学员已经陆续出师，是时候把生信技能树的舞台交给后辈了！下面是《生信入门第7期》学员的分享最近看到有一个简单的数据挖掘文章，就做了一个单细胞表达矩阵的差异分析，然后强行解释一波。而且使用的是基于FPKM标准化表达矩阵载入seurat包进行分析，就随便使用我们学习班获得的技能复现一下，分享给广大读者。1、概述计算基因长度1.1 单细胞差异分析pipeline1.2 count标准化2、官方fpk...
一看就能学会的，不同基因组版本坐标转换方法
庐州月光的博客
03-29 3054
欢迎关注”生信修炼手册”!对于同一个物种而言，会存在不同的基因组组装版本，以human为例，UCSC有以下多个版本hg38/GRCH38hg19/GRCH19hg18/NCBI18由于版...
bed vcf 文件 GRCH37转 GRCH38 hg19 转hg38
qq_40265284的博客
02-29 5129
准备文件： hg19ToHg38.over.chain.gz hg38ToHg19.over.chain.gz GRCh37_to_GRCh38.chain.gz GRCh37_to_GRCh38.chain.gz 下载网页打开很慢，已经放到百度云盘 链接：https://pan.baidu.com/s/1CGQ4TtaibfiMPlkFXSD4yQ 提取码：oqkd 1. bed 文件 hg...
hg18vshg19转换工具
悠悠的博客
10-09 2198
(BED or chrN:start-end formats):  (BED or chrN:start-end formats): http://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgLiftOver http://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgLiftOver
linux+基因组字符替换,liftover基因组版本直接的coordinate转换
weixin_27051161的博客
05-15 342
下载地址:http://hgdownload.cse.ucsc.edu/admin/exe/使用方法:【从hg38转到hg19】因为主流的基因组版本还是hg19，但是时代在进步，已经有很多信息都是以hg38的形式公布出来的了。比如，我下载了pfam.df这个protein domain注释文件，对人的hg38基因组每个坐标都做了domain注释，数据形式如下：查看文件内容head pfam.hg3...
解析与生成HGVS变异名称：精准医学的利器
gitblog_00058的博客
06-05 335
解析与生成HGVS变异名称：精准医学的利器 项目地址:https://gitcode.com/counsyl/hgvs 在人类基因组变异性研究和临床应用中，Human Genome Variation Society（HGVS）提出了统一的变异命名和引用标准，以促进遗传变异信息的分享。本文将向您推荐一个基于Python的开源库，它能够帮助您轻松处理和操作这些复杂的HGVS命名。 项目简介 HGV...
{转载}+{实践}hg37转hg38
where is redhat
10-19 3178
原文：http://blog.sina.com.cn/s/blog_6a6c136d0102vy13.html 基因组定位转换： 前言：最近在整理一批数据，有一部分数据是hg19的定位，还有一部分是hg38的定位。最后需要将这两部分数据都统一到hg38的定位，因此需要批量将hg19的定位转换到hg38的定位。之前UCSC上有一个工具——hgLiftOver，是在线的。 #(该工具在不同装配之...
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