gff格式转gff3

于 2024-08-07 11:26:12 发布
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分类专栏： # 生物信息 文章标签： 生物信息
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gt-bed_to_gff3

gt-bed_to_gff3介绍

NAME

gt-bed_to_gff3 - Parse BED file and convert it to GFF3.

SYNOPSIS

gt bed_to_gff3 [BED_file]

DESCRIPTION

-featuretype [string]

Set type of parsed BED features (default: BED_feature)

-thicktype [string]

Set type of parsed thick BED features (default: BED_thick_feature)

-blocktype [string]

Set type of parsed BED blocks (default: BED_block)

-o [filename]

redirect output to specified file (default: undefined)

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qq_21478261
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gff3格式转换
xxxxx
11-19 7143
使用gmap软件输出的gff3文件并不能直接用来作为gffcompare的输入文件 故此，需要进行转换，转换也简单就是讲target字段删除即可。#!/usr/bin/env python # -*- coding: utf-8 -*- __author__ = 'shengwei ma' __author_email__ = 'shengweima@icloud.com'with open('
gfftobed:转换GFF3GTF到BED
04-23
gfftobed 转换GFF3 / GTF到BED 该程序采用GFF3或GTF（基于1）格式的输入基因组注释，并将特定特征转换为6列BED格式（基于0），同时保留注释文件属性列的任何所需字段。 当需要围绕特定特征和唯一ID的基因组间隔时，此功能很有用。 它还可以在每个功能周围添加一个窗口。 处理文本文件（例如GFF和GTF）并不总是很困难，但是在某些情况下，好的awk或grep不能解决问题。 考虑一种情况，您在一个床文件中包含GTF的所有“基因”功能，同时保留了“基因名称”。 当然， grep "gene" gencode.vM25.annotation.gtf | awk 'FS="\t"{print $1"\t"$4-1"\t"$5"\t"$9"\t"$8"\t"$7}' grep "gene" gencode.vM25.annotation.gtf | awk 'FS="\t"
gff文件_gb格式注释文件转换成gff3注释文件格式
weixin_39788382的博客
11-30 4284
今天在NCBI下载了酵母的参考基因组，没有找到gff格式的基因组注释文件，只找到了genbank格式的基因组注释文件。应该会有现成的工具来实现常用的基因组注释文件不同格式之间的相互转换。比如gtf、gff、和genbank之间的相互转换。经过搜索找到三款工具可以把gb格式文件转换成gff格式注释文件。第一个是 EMBOSS工具中的seqret命令参考https://www.biosta...
gtf与gff3文件【格式】【转换】
GeekFocus
08-31 8153
GFF3 官方 General Feature Format Version 3 存储序列结构信息的一种数据格式。序列结构就是一个scaffold或者染色体上面每个位置都是什么序列元件。 GFF每一行代表一个序列元件（以#为开头的注释行除外），一行9列9个属性，必须tab分割，属性为空用“.”代替。 1. seqid - scaffold或者chromosome的名称说明 2. source - 产生一个序列元件的软件的名称或者数据源（数据库名称或者项目名称） 3. type - 序列元件的类型，例如：
GMAP gff3格式转换与数据统计
xxxxx
09-17 2203
##gff-version 3 # Generated by GMAP version 2016-06-09 using call: gmapl.sse42 -D /export/data/ -d NRGenome --trim-end-exons=10 -t 32 --canonical-mode=2 --allow-close-indels=2 -B 4 -f 4 -n 0 ./unig
gff文件_GFF3格式介绍 | Public Library of Bioinformatics
weixin_39619893的博客
12-18 2184
GFF3是GFF注释文件的新标准。文件中每一行为基因组的一个属性，分为9列，以TAB分开。依次是：1. reference sequence：参照序列指出注释的对象。如一个染色体，克隆或片段。可以有多个参照序列。2. source ：来源注释的来源。如果未知，则用点(.)代替。3. type ：类型属性的类型。建议使用符合SO惯例的名称(sequence ontology，参看[[Sequence...
rmOutToGFF3_GFF3_out_
10-01
GFF3格式则是生物信息学中广泛接受的一种文件格式，它包含了九列信息：序列名称、源、特征类型、开始位置、结束位置、得分、 strand方向、框架和额外属性。GFF3旨在提供一种灵活且扩展性良好的方式来存储基因组的...
gff2gtf:用于将 GFF 文件转换为 GTF 的 AWK 脚本
06-10
gff2gtf 用于将 GFF 文件转换为 GTF 的 AWK 脚本。 用法： awk -f gff2gtf.awk 文件.gff > 文件.gtf 适用于那些具有 AWK 解释器的操作系统。 该脚本依赖于记录的顺序。 规范不要求对 GFF 进行排序，但通常对记录...
gff文件_gff/gtf格式
weixin_39828193的博客
12-18 1202
1)gff3及gtf2简介一个物种的基因组测序完成后，需要对这些数据进行解读，首先要先找到这些序列中转录起始位点、基因、外显子、内含子等组成元件在染色体中的位置信息(即注释)后才能再进行深入的分析。gff/gtf是贮存这些注释信息的两种文件格式。GFF(general feature format)：这种格式主要是用来注释基因组。 现大部分利用的是第三版，即gff3。GTF(gene transf...
GTF/GFF文件的差异及其相互转换（转载）
人间飞羽
06-07 845
GTF/GFF文件的差异及其相互转换（转载）
生信必会格式：GFF和GTF的简介和转换
鬼话
11-13 8973
GFF和GTF两种格式，算是生物信息学中最基本最常用（见）最重要的数据（信息）存储格式之二了。制表符分隔（ tab-delimited）的文本文件，一般存储基因组注释信息。自1997年以来，这些格式有了很大的发展，尽管现在已有明确的规范，但它们具有很大的灵活性，可以容纳各种各样的信息。生信入门必备，我刚学的时候没有好好记笔记，现在补一下😑。
生物信息数据格式：gff,gtf格式
sunchengquan的博客
12-15 1万+
文章目录gff示例gtf示例gff和gtf的区别 gff GFF(General Feature Format)是一种用来描述基因组特征的文件，现在我们所使用的大部分都是第三版（gff3）。 gff文件除gff1以外均由9列数据组成，前8列在gff的3个版本中信息都是相同的，只是名称不同： 第9列attributes的内容存在很大的版本特异性。这9列信息（以gff3为例）分别是： seqid so...
GFF/GTF简介及格式转换
weixin_56827666的博客
04-27 6260
最近做转录组的比对时，在建立索引过程中，遇见一个问题，就是我从ncbi下载的序列文件和gtf文件中，染色体命名规则竟然不一样，但序列文件和gff文件染色体命名规则是一样的，具体来说：序列文件和GFF文件中染色体位置以GWHAMMI开头，可是，gff文件又没办法直接和基因组fasta文件搭配使用，只好将 gff文件转gtf文件了。gff和gtf格式都可以储存基因信息，有很多共同点，存储信息侧重点又不一样，最主要的是不同的软件对于文件格式的要求不同，有时候你找不到需要的格式文件时，就得用另一个格式文件进行转换，
Genbank的gbff格式转gff3格式
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ixuery的博客
06-27 1万+
使用方法： 【以下操作适用于linux和 MacOS，windows暂未测试】 适用场景： 将GCA_genomic.gbff转为xxx.gff格式文件； 如果是.gz的文件，比如：GCA_genomic.gbff.gz， 需要先解压，linux解压命令：tar -zxvf GCA_genomic.gbff.gz； 解压之后生成的文件名就没有.gz了。 具体操作： 确定脚本bp_genbank2gff3.pl所在的目录，比如这个脚本在/home/username/Download/目录下； 使用perl执
文件格式之gff3
薛猫_柳叶刀
03-16 1万+
GFF3是GFF注释文件的新标准。文件中每一行为基因组的一个属性，分为9列，以TAB分开。 依次是： 1. reference sequence：参照序列 指出注释的对象。如一个染色体，克隆或片段。可以有多个参照序列。 该id的取名不能以’>’开头，不能包含空格。   2. source ：来源 注释的来源。如果未知，则用点（.）代替。   3. type     ：类型 属性
GTF/GFF文件格式解读和转换
weixin_44649331的博客
12-14 4237
GFF文件 全程为gerneral feature format，这种格式主要用来注释基因组。 从Ensembel 导出的GFF文件实例，一共有9列，中间用tab键分开。 **1.seq_id:**序列编号，一般为chr或者scanfold编号； **2.source：**注释的来源，一般为数据库或者注释机构，“.”表示未知； **3.type：**注释信息的类型，比如Gene、cDNA、mRN...
详解GFF转换为GTF文件
庐州月光的博客
09-13 9086
欢迎关注”生信修炼手册”!存储基因和转录本的结构信息，gtf和gff3两种格式都可以。在实际分析时，会需要转换两种格式。比如，NCBI 只提供了GFF格式的下载文件，我们需要转换成GTF...
gbff格式转gff3格式
最新发布
08-28
GBFF (GenBank Flat File Format) 和 GFF3 (General Feature Format version 3) 都是用来表示生物序列注释信息的文件格式，主要用于基因组分析和功能注解。 从 GBFF 转换到 GFF3 的过程通常涉及到解析 GBFF 文件中的数据结构，将其特征按照 GFF3 的规范重新组织，并添加缺失的字段。GFF3格式相比GBFF，更详细地定义了每个特征（如基因、剪切位点等）的位置、属性和层次关系。 转换步骤大概如下： 1. **解析GBFF**：理解GBFF文件中各个条目的结构，包括序列描述、染色体位置、功能注释等信息。 2. **创建GFF3基础**：每一条GBFF记录在GFF3中通常会生成一个“feature”条目，包含ID、source、type、start、end、score、strand（方向）、phase等标准字段。 3. **处理属性**：GBFF的注释需要转化为GFF3的attribute字段，通常是键值对的形式存储在'='后面，用';'分隔。 4. **层次结构**：如果GBFF中有层次关系的信息（如基因内有外显子），则需要在GFF3中通过parent-child关系来表达。 由于这是一个比较复杂的任务，一般可以借助专门的工具或脚本来完成，例如Python的biopython库就有提供GBFF to GFF3的转换功能。如果你需要手动进行转换，你需要熟悉这两种格式的详细规则，并编写适当的代码或脚本来处理。
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