HGIMDA：用于miRNA-疾病关联预测的异构图推断

英文标题：HGIMDA: Heterogeneous graph inference for miRNA-disease association prediction

论文链接： https://www.researchgate.net/publication/305719244_HGIMDA_Heterogeneous_graph_inference_for_miRNA-disease_association_prediction

 

摘要

最近，microRNA（miRNA）受到越来越多的关注，因为不断的实验研究表明miRNA可能在多种生物学过程以及人类复杂疾病的发展和进程中发挥关键作用。使用大量已知的异构生物数据集来预测miRNA与疾病之间的潜在关联是生物学、医学和生物信息学领域的重要课题。在这项研究中，考虑到以前的计算方法的局限性，我们开发了用于miRNA疾病关联预测（HGIMDA）的异构图推理计算模型，以通过整合 miRNA功能相似性、疾病语义相似性、高斯相互作用轮廓核相似性 来发现潜在的miRNA-疾病关联，并将经过实验验证的miRNA-疾病关联关联到一个异构图中。 HGIMDA根据全局和局部留一法交叉验证分别获得了0.8781和0.8077的AUC。此外，HGIMDA已应用于三种重要的人类癌症以进行性能评估。结果，最近的实验报告证实了前50种预测的miRNA中有90％（结肠肿瘤），88％（食管肿瘤）和88％（肾脏肿瘤）正确。此外，HGIMDA可以有效地应用于新疾病和新miRNA，而无需任何已知的关联，从而克服了许多以前的计算模型的重要局限性。

 

方法详情

​方法整体架构图如下图1所示：

1. Human miRNA-disease associations

不断积累的生物学实验已经产生了大量的miRNA-疾病关联。 从HMDD数据库（2013年6月）中下载了本研究中使用的人类miRNA-疾病关联数据集，其中包括5430个经实验证实的人类miRNA-疾病关联，涉及383种疾病和495个miRNA。 邻接矩阵A被定义去表示已知的miRNA-疾病关联。 如果miRNA m(i)与疾病d(j)有关，则实体A(m(i), d(j))为1，否则为0。此外，变量nm和nd分别表示在已知的关联数据集中miRNA和疾病的数量。

 

2. miRNA功能相似性

我们从 http://www.cuilab.cn/files/images/cuilab/misim.zip获得了miRNA功能相似性，并建立了miRNA功能相似性矩阵FS来表示miRNA功能相似性网络，其