python练习题5 寻找序列中的motif

最新推荐文章于 2024-08-20 09:15:00 发布

shenny!

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文章标签： python 生物信息

本文链接：https://blog.csdn.net/qq_25055921/article/details/78574058

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今天的题目是寻找序列中的motif的位置：http://rosalind.info/problems/subs/

刚开始认为，通过python的re模块可以很方便解决这个问题，但在实际过程中发现，使用re模块只会传回两个位置，并不像题目中，会传回三个位置。这样的话只能自己设计一个循环，匹配motif的位置。当然，python还有一个模块，可以很方便的完成这题。

#_*_ coding: utf-8 _*
import regex
def search_motif(str, substr):
    '''寻找序列中的模体'''
    match = regex.finditer(substr, str, overlapped=True)    #返回序列中与子串匹配的序列的位置，并包含重叠位置
    position = [x.start() for x in match]
    print position

if __name__ == '__main__':
    str = 'GATATATGCATATACTT'
    substr = 'ATAT'
    search_motif(str, substr)