pdist2函数

pdist2函数——两组观测值之间的成对距离

1.句法

2.描述

D=pdist2(X,Y,Distance):使用Distance指定的度量返回X和Y中每对观测之间的距离。

D=pdist2(X,Y,Distance,DistParameter)：返回由Distance和DistPparameter指定的距离。可以指定DistParameter仅仅只有当Distance是‘seulidean’,'minkowski'或者‘mahalanobis’时.

D=pdist2(__,Name,Value):通过使用成对name-value‘Smallest'或者‘Largest’参数指定一个额外选项,加上任意一个先前的句法。

D=pdist2(X,Y,Distance,'Smallest',K):通过使用由Distance指定的矩阵来计算距离，对每一个观测值Y返回在观测值X中K最小的成对距离以升序的形式。

D=pdist2(X,Y,Distance,DistParameter,'Largest',K):通过使用由Distance和DistParameter指定的矩阵来计算距离，并且返回K最大成对距离以降序的形式。

[D,I]=pdist2(__,Name,Value):返回矩阵I，矩阵I包含D中相应距离的在X中观测值的索引。

3.例子

a.计算欧几里得距离

创建具有3个观测值2个变量的两个矩阵

计算Euclidean距离。输入Distance的参数默认为'euclidean'，所以当计算Euclidean距离时不需要使用name-value成对参数，也不需要指定Distance.

D(i,j)对应观测值X的第i个点与观测点Y的第j个点之间的欧式距离。

b.计算Minkowski距离

计算minkowski距离默认指数为2，如果需要指定参数，例如指数为1的曼哈顿距离。

曼哈顿等于城市距离cityblock

c.找到观测点X与Y之间两个最小的成对欧式距离。

对每一个观测值Y，pdist2通过计算和对比与每一个观测值X的距离值找到最小的2个距离。函数对D中的每一列距离值以升序进行排序。I包含对应D中距离值的观测值X的索引。

d.用一种自定的距离函数计算具有缺失值的成对距离

自定义函数忽略具有缺失值的坐标轴，并且计算成对距离通过使用自定义函数。

创建两个矩阵，3个观测值和3个变量

X和Y的前两列相等。假设X(1,1)是缺失值。

计算汉明距离

从结果可以看出，如果观测值X或Y包含NaN值，则函数pdist2返回距离值为NaN。所以D(1,1)，D(1,2)，D(1,3)均为NaN。

自定义一个距离函数nanhamdist，忽略NaN值并且计算Hamming距离。当在大量的观测值上工作室，可以通过循环数据的坐标使得计算距离速度加快。

计算nanhamdist距离，通过传递句柄函数作为pdist2的输入参数。