第二章RMarkdown基础知识

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2 RMarkdown基础知识

RMarkdown的设计是为了更容易可重复性，因为计算代码和说明都在同一个文档中，并且结果自动从源代码生成。
RMarkdown支持数十种静态和动态/交互输出格式

下面是一个最小的R标记文档，它应该是一个纯文本文件，扩展名为.Rmd:

# ---
title: "Hello R Markdown"   
author: "Awesome Me"
date: "2018-02-14"
output: html_document       # 重要
# ---

代码块

fit = lm(dist ~ speed, data = cars)
b   = coef(fit)
plot(cars)
abline(fit)

回归的截距是：r b[1].

2.1 示例应用

详细内容见**（https://bookdown.org/yihui/rmarkdown/basics-examples.html）**

2.2 编译一个RMarkdown文件

rmarkdown::render("第一章安装.Rm")

You can render it to PDF via:

rmarkdown::render('第一章安装.Rmd')

使用notebook，您可以单独运行代码块，并在RStudio编辑器中查看结果。这是与Rmd文档中的代码进行交互或实验的一种方便的方法，因为您不必编译整个文档。不使用notebook，您仍然可以部分地执行代码块，但是执行只发生在R控制台，并且notebook接口在编辑器的代码块下面显示代码块的结果，这是一个很大的优势。同样，为了可重复性，您需要最终在一个干净的环境中编译整个文档

2.3 速查表

RStudio创建了大量备忘单，包括单页的RMarkdown速查表，这些速查表可以在**(https://www.rstudio.com/resources/cheatsheets/) **
免费获得 。还有一个更详细的RMarkdown参考指南。这两个文档都可以在您熟悉RMarkdown之后用作快速引用。

2.4 RMarkdown输出格式

rmarkdown包中有两种类型的输出格式:文档和演示文稿。所有可用的格式如下:

• beamer_presentation

• github_document

• html_document

• ioslides_presentation

• latex_document

• md_document

• odt_document

• pdf_document

• powerpoint_presentation

• rtf_document

• slidy_presentation

• word_document

对于Rmd文件的YAML元数据中的输出格式名，如果格式来自扩展包，则需要包含包名，
例如，output: tufte::tufte_html,如果格式来自rmarkdown 包，则不需要使用rmarkdown::

每种输出格式通常都伴随着几个格式选项。所有这些选项都记录在R包帮助页面上。
例如，您可以在R中键入?rmarkdown::html_document来打开html_document格式的帮助页面。
当你想使用某些选项时，你必须将值从R转换为YAML，例如，

html_document(toc = TRUE, toc_depth = 2, dev = 'svg')需要写成

output:
html_document:
toc: true
toc_depth: 2
dev: 'svg'

YAML中的字符串通常不需要引号
除非它们包含特殊字符，例如冒号:。如果您不确定是否应该引用字符串，可以使用yaml包测试它，例如

cat(yaml::as.yaml(list(
  title = 'A Wonderful Day',
  subtitle = 'hygge: a quality of coziness'
)))

title: A Wonderful Day
subtitle: 'hygge: a quality of coziness'

如果您有需要作为评估R表达式的结果的选项,您可以使用!expr,它告诉yaml包它需要解析和评估这个选项。
下面是一个为HTML输出使用随机主题的例子:

output:
  html_document:
    theme: !expr sample(c("yeti", "united", "lumen"), 1)

output:
  html_document:
    toc: true
    includes:
      in_header: header.html
      before_body: before.html

RMarkdown输出格式函数通常有一个pandoc_args参数，它应该是要传递给Pandoc的额外参数的字符向量。如果您发现任何Pandoc特性没有由输出格式参数表示，您可以使用这个最终参数，例如，

output:
  pdf_document:
    toc: true
    pandoc_args: ["--wrap=none", "--top-level-division=chapter"]

2.5 Markdown语法

可以在**（https://pandoc.org/MANUAL.html）** 上找到Pandoc的Markdown的完整文档。我们强烈建议您至少阅读本页面 一次，以了解Pandoc的Markdown的所有可能性

2.5.1 内联格式

code, which is rendered as code.
Hyperlinks are created using the syntax text，
例如： RStudio

# 图像 ![alt text or image title](path/to/image)

Footnotes are put inside the square brackets after a caret ¹, 例如： ².

2.5.2 级别元素

# First-level header

## Second-level header

### Third-level header

如果你不想给某个标题加入文字，可以在标题后加入{-}或者 {.unnumbered}，例如：# Preface {-}

您可以通过缩进子列表来将一个列表嵌套到另一个列表中（缩进4），例如，

• one item

• one item

• one item

  • one more item

  • one more item

  • one more item

1. the first item

2. the second item

3. the third item

   • one unordered item

   • one unordered item

引用的用法，例如

“I thoroughly disapprove of duels. If a man should challenge me,
I would take him kindly and forgivingly by the hand and lead him
to a quiet place and kill him.”

— Mark Twain

输出为：

# “I thoroughly disapprove of duels. If a man should challenge me, I would take him kindly and forgivingly by the hand and lead him to a quiet place and kill him.”

#                                                                                                                         — Mark Twain

一般来说，你最好在相邻但不同的元素之间至少留一行空，例如，标题和段落。这是为了避免Markdown呈现模糊性。如果没有空行，不同风格的RMarkdown可能会产生不同的结果。

2.5.3 数学表达式

内联LaTeX方程可以用LaTeX语法写成一对美元符号，例如： f ( k ) = ( n k ) p k ( 1 − p ) n − k f(k) = {n \choose k} p^{k} (1-p)^{n-k} f(k)=(kn​)p