python如何读取nii或img医学影像，以阿尔茨海默病影像为例。【3】

最新推荐文章于 2024-04-07 22:51:59 发布

VIP文章 qq_27196755

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分类专栏： AD research 文章标签： ADNI AD python 老年痴呆阿尔茨海默

本文链接：https://blog.csdn.net/qq_27196755/article/details/93975711

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前两篇介绍了如何下载ADNI数据集，因为是初次使用csdn发布文章，所以格式上不那么美观，看看有机会有时间的话，我会进行更新的。
接下来，我来介绍python如何读取医学影像。

import numpy as np
import nibabel as nib
import pydicom
import matplotlib.pyplot as plt
import os

首先引入一些库
其次，读取一张阿尔茨海默症图片

img2 = nib.load('ADNI_003_S_1059_MR_MPR__GradWarp__B1_Correction__N3__Scaled_Br_20090204182145245_S61129_I135245.img')

这里读取的是下载的ANALYZE格式的文件，详见前两篇博文。类型为.img文件。其实我们大多数使用的是.nii文件类型，进行相应的替换即可。

img2_data = img2.get_data()
img2_data.shape

在这里插入图片描述
这里是4维图像，维度为4。需要降维。

img2_data = np.reshape(img2_data, (160,192,192))

MRI影像图像可以很多切片罗列在一起的，所以我们可以看每一个切片。

这里就是取了第3个切片。然后，我们可以看一下这个

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