蛋白质结构中原子的局部坐标

1. 蛋白质原子坐标系统介绍

1.1 内在坐标系统：

内在坐标系统以蛋白质中的原子为基础，通过定义一系列的局部坐标系来描述原子之间的相对位置关系。它通常由键长、键角和二面角（扭角）等组成。

• 特点：
  • 局部性：关注原子之间的局部关系，更适合描述蛋白质的局部结构变化，对全局坐标的依赖较小。
  • 灵活性：能较好地适应蛋白质的柔性和构象变化，因为它基于局部的几何参数来描述结构。
  • 生物学意义：键长、键角和二面角具有明确的生物学意义，可反映蛋白质的二级结构以及化学键的状态。 

1.2 外在坐标系统（External Coordinate System）：

外在坐标系统使用笛卡尔坐标系（直角坐标系）来确定空间中点的位置。在这个系统中，蛋白质中的每个原子都可以用一个有序的三元组（x, y, z）来表示，其中 x、y 和 z 分别是该点在 X、Y 和 Z 轴上的坐标值。

• 特点：
  • 直观性：非常直观，易于理解和计算，可以直接给出原子在三维空间中的绝对位置。
  • 精确性：能够提供精确的位置信息，便于进行精确的计算和模拟，例如在描述蛋白质与其他分子或物体的相互作用时，外在坐标系统可以明确地给出它们之间的空间关系。
  • 通用性