HPC应用&分子动力学软件NAMD详细安装使用教程

目录

应用简介

编译安装

测试算例

性能对比

平台参数

算例1 STMV

算例配置文件

运行命令

测试结果

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应用简介

NAMD (Nanoscale Molecular Dynamics) 是一款主流的开源分子动力学模拟软件，由美国伊利诺伊大学香槟分校 (UIUC) 理论与计算生物物理研究组 (TCBG) 和并行程序设计实验室 (PPL) 联合开发，曾获得2002 年Gordon Bell Award和2012年 Sidney Fernbach Award。NAMD是建立在并行编程模型Charm++之上的开源分子动力学模拟软件，可以运行在从个人电脑、工作站直到大规模并行的计算机等各种不同类型的计算设备上。借助Charm++提供的消息传递与负载均衡功能，NAMD有效解决了大规模并行计算过程中负载不平衡的问题，实现了良好的可扩展性。同时，NAMD也始终紧跟先进计算硬件设施的发展，不断推出最新计算设备上的移植版本。基于目前最强大的CPU+GPU异构计算机，NAMD已经实现了20亿原子数量级的分子动力学模拟。

编译安装

HIP版NAMD源代码可以从以下仓库下载：

https://cancon.hpccube.com:65024/1/main/DTK-23.10_hpcapps-20231120/NFS3.2_CentOS7.6

首先需要编译安装charm，根据底层通信库的不同，charm可以编译为多种版本。通常单节点内使用时可以编译为multicore版，需要多节点并行且需要使用GPU加速时，可以编译为ucx版。charm编译完成后在编译namd。

multicore版本编译步骤：

进入NAMD顶层目录，按照如下步骤进行安装：

tar -zxvf charm-6.10.2.tar.gz && ln -s charm-v6.10.2/ charm
tar -zxvf fftw-linux-x86_64.tar.gz && mv linux-x86_64/ fftw
tar -zxvf tcl8.5.9-linux-x86_64.tar.gz && mv tcl8.5.9-linux-x86_64 tcl
tar -zxvf tcl8.5.9-linux-x86_64-threaded.tar.gz  && mv tcl8.5.9-linux-x86_64-threaded tcl-threaded
cd charm 
./build charm++ multicore-linux-x86_64 --with-production --enable-error-checking  
cd ..
./config Linux-x86_64-g++ --charm-arch multicore-linux-x86_64 --with-hip --rocm-prefix $ROCM_PATH --hipcub-prefix ${ROCM_PATH}/hipcub --rocprim-prefix ${ROCM_PATH}/rocprim
cd Linux-x86_64-g++/ 
make

ucx版需要ucx、pmix、hpcx。进入NAMD顶层目录：

tar -zxvf charm-6.10.2.tar.gz && ln -s charm-v6.10.2/ charm
tar -zxvf fftw-linux-x86_64.tar.gz && mv linux-x86_64/ fftw
tar -zxvf tcl8.5.9-linux-x86_64.tar.gz && mv tcl8.5.9-linux-x86_64 tcl
tar -zxvf tcl8.5.9-linux-x86_64-threaded.tar.gz  && mv tcl8.5.9-linux-x86_64-threaded tcl-threa