VASP6.3.2版本安装教程及运行测试(续) -- 2024 intel OneAPI

背景介绍

本文章是关于2024年安装VASP6.3.2版本的小白向教程。
2023年 passsive关于VASP安装的教程受到了广泛关注与好评。然而由于Intel在2024年发布的OneAPI的内部某些指令发生变化,因此2024年后安装VASP步骤需要做出调整。为了避免我等小白闭坑,故写此文以记录之。

VASP & 2024 Intel OneAPI 安装步骤

安装下载基础资源包

  1. 参考VASP6.3.2版本安装教程 , 安装下载以下部分
  • 资源包下载
  • 安装资源包

安装依赖
安装 Base_Toolkit
安装 HPC_Kit

安装完成后进行测试,是否安装成功。
安装完成后可能会在/home /opt/下目录下会出现一个Intel文件夹,因此根据不同的出现地方,进入Intel/oneapi/, 以/opt/目录为例(下同)执行命令:

sudo -s
source /opt/intel/setvals
  1. 验证安装
which icx
which icpx
which ifort
which mpirun
echo $MKLROOT

当所有指令均返回地址时,则安装正确。

编译libintel64

2024 intel oneapi 的fftw3xf文件位置发生变化,
/opt/intel/oneapi/mkl/2024.0/share/mkl/interfaces/fftw3xf
or
~/你的ubuntu用户名称/intel/oneapi/mkl/2024.0/share/mkl/interfaces/fftw3xf
cd到该位置(以第一个为例),

cd /opt/intel/oneapi/mkl/2024.0/share/mkl/interfaces/fftw3xf
source /opt/oneapi/intel/setvals.sh
make libintel64

成功后,将出现下面的.a文件
在这里插入图片描述

安装VASP

如果是Win11,使用Wsl2安装的Ubuntu, 将windows电脑中下载的vasp.6.3.2.tgz文件直接拷贝到 \\wsl.localhost\Ubuntu-22.04\home\你的ubuntu用户名,cd 到存放压缩文件的目录下,打开终端执行解压命令:
tar -zxvf vasp.6.3.2.tgz
在解压后进入vasp6.3.2文件夹,打开终端执行:
cp arch/makefile.include.intel makefile.include
cd至vasp6.3.2文件夹下,然后修改该文件至intel oneapi 2024.0的相对应函数

vim makefile.include

键盘i 进入insert模式,然后修正下图部分

CC_LIB      = icx
CXX_PARS    = icpx

在这里插入图片描述
键盘 esc ,然后输入:wq,保存后退出。
编译vasp

source /opt/intel/oneapi/setvars.sh
make all
exit

大约耗时半小时(如果两分钟就安装完了,那就证明安装有问题)

VASP测试

  1. 下载测试包
    思想家公社的门口:量子化学·分子模拟·二次元 中拉到最下面,下载测试包。
  2. 解压测试安装包
    以放置到~/vasp_workfile为例,打开vasp_workfile(cd vasp_workfile)
tar -zxvf vasp_workfile
cd benchmark.Hg

解压后,会看到IN-short和IN-long,分别是一个耗时较短和一个耗时较长任务的INCAR文件。这里将IN-short改名为INCAR
mv IN-short INCAR
执行VASP命令运行测试
输入mpirun -np 2 vasp测试调用2个核心执行此任务,然后检查得到的OUTCAR看是否内容正常,没异常的话就说明完全装好了.
vasp6.3.2 运行测试结果 -- IN-long

常见错误

  1. mpirun notfound
    关于普通用户无法调用mpirun来运行VASP的问题
    问题原因:环境变量中未找到mpirun
    解决方案:
    确定mpirun所在的文件夹
    在这里插入图片描述

打开环境变量文件夹,
vim ~/.bashrc
最后一行添加 【i
EXPORT PATH=$PATH:$HOME/.local/bin:$HOME/bin:/opt/intel/oneapi/mpi/2021.11/bin
然后【esc】【:wq】保存更改
重新加载刷新.bashrc
source ~/.bashrc
2. libmkl_blacs_intelmpi_ilp64.so.2 未找到
该文件路径存在于/opt/intel/oneapi/mkl/2024.0/lib
操作方法同上,在bashrc文件中添加
export PATH=$PATH:/opt/intel/oneapi/2024.0/bin
3. vasp_std notfound
操作方法同上,在bashrc文件中添加
在这里插入图片描述
export PATH=$PATH:/home/手动马赛克/vasp.6.3.2/bin
5. 其他常见问题请补充

注意事项

未经授权, 请勿转载,谢谢。

参考文献

  1. 2019,思想家公社的门口:量子化学·分子模拟·二次元
  2. 2020,【Linux/VASP】关于普通用户无法调用mpirun来运行VASP的问题
  3. 2023, VASP6.3.2版本安装教程
  4. 2022, 科研-OneAPI-安装VASP6.3
  5. 2023, intel icc 已被弃用并将在2023下半年被移除oneAPI
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