笔者因为课题需要使用vasp进行计算,在网上找了很多的vasp教程,总是出现各种问题。在成功安装vasp6.3.2后特此记录,帮助各位不会安装的同学节省时间。
一、所需要的资源
1、Ubuntu 22.04版本(硬盘空间最好指定在40G以上,否则可能无法成功安装)
2、Vmware 17
3、Intel 安装包: l_BaseKit_p_2023.0.0.25537_offline.sh 和 l_HPCKit_p_2023.0.0.25400_offline.sh
4、Vasp6.3.2安装包
二、资源包下载
1、下载Base Toolkit安装包:先进入Intel官网下载地址Download the Intel® oneAPI Base Toolkit,选择需要下载的安装包,分为offline和online版本,offline是直接下好安装包了的,而online是提供下载地址,这里我们选择online版本,也可以使用offline再上传至虚拟机。
注:下载需要注册英特尔账号,注册一个就可以了。oneAPI的工具包是免费的
选择完成后登录账号得到下载地址:
我们在Linux的终端中输入wget就会进行下载。
启动终端输入刚刚得到的wget地址,我使用的是Version 2023.2.0的地址:
wget https://registrationcenter-download.intel.com/akdlm/IRC_NAS/992857b9-624c-45de-9701-f6445d845359/l_BaseKit_p_2023.2.0.49397.sh
2、下载HPC ToolKit安装包:进入英特尔官网下载Download the Intel oneAPI HPC Toolkit,选择linux online版本2023.2.0
输入账号后得到下载连接,我们在虚拟机终端里输入该命令下载:
wget https://registrationcenter-download.intel.com/akdlm/IRC_NAS/0722521a-34b5-4c41-af3f-d5d14e88248d/l_HPCKit_p_2023.2.0.49440.sh
3、Vasp安装包
链接:https://pan.baidu.com/s/1lyCWantnEpTiciLPyeqGNg?pwd=yax5
提取码:yax5
--来自百度网盘超级会员V7的分享
注:可以使用U盘拷贝或者远程连接传送文件的方式传输到虚拟机
三、安装资源包
1、安装依赖:
打开终端,执行命令:
sudo apt update
sudo apt upgrade
sudo apt install build-essential
sudo apt install gfortran
2、安装Base_Toolkit:
在终端打开终端,执行命令:
sh l_BaseKit_p_2023.2.0.49397.sh
会自动打开安装界面,如下:
勾选协议,点击customise自定义:
为了节约安装空间我们只勾选Math Kernel Library:
继续安装:
继续点击安装按钮:
进入安装界面:
安装完成:3、安装HPC_Kit
执行代码:
sh ./l_HPCKit_p_2023.2.0.49440.sh
开始安装,同意协议,点击自定义:
仅安装后面三个库:
重复以上步骤,继续安装:
安装完成点击finish
安装完成后进行测试,是否安装成功。
安装完成后/home目录下会出现一个Intel文件夹,进入intel/openapi打开终端,执行命令:
source ./setvars.sh
注:每次调用intel驱动都需要使用此命令,结果如下:
4、安装vasp
将文件传输到虚拟机后,我是将vasp6.3.2安装文件放在vasp文件夹下的,在vasp目录下打开终端执行解压命令:
tar -zxvf vasp.6.3.2.tgz
在解压后进入vasp6.3.2文件夹,打开终端执行:
cp arch/makefile.include.intel makefile.include
执行gedit命令对makefile.include文件进行编辑:
删除MKLROOT=后面的值,因为intel声明环境变量的时候就已经声明位置了,修改后图如下,保存退出。
在已安装的Intel目录下打开终端,执行指令。也可以手动进入该目录:intel/oneapi/mkl/2023.2.0/interfaces/fftw3xf
cd oneapi/mkl/2023.2.0/interfaces/fftw3xf
使用source命令激活源,这里是我自己的路径,需要对照自己的路径进行修改(也就是intel/oneapi/setvars.sh文件),可以直接进入openmpi目录下右键setvars.sh文件拷贝文件地址:
sudo source /home/yao/intel/oneapi/setvars.sh
在fftw3xf目录下执行命令:
make libintel64
开始安装vasp,大概需要一个小时:
等待make完成即完成安装。
四、测试vasp
将我之前分享的文件vasp-test.tar.bz2复制到虚拟机,执行解压命令:
tar -xvf vasp-test.tar.bz2
进入目录:
cd vasp-test
执行vasp运行命令,4为cpu核数,根据自己情况修改:
mpirun -np 4 vasp_std
若是报错execvp error on file vasp_std(No such file or directory),如下:
这是找不到vasp_std文件,应该有其他办法可以修复,我自己是在vasp_std输入完整路径解决的,我的是/home/yao/DFT/vasp/bin/vasp_std 大家需要对照自己的路径进行修改。
结果为:
至此,成功安装!