生物医学信息学博客

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11月 10月

原创 python数据分析集成开发环境

学完了coursera上南京大学开设的课程《用python玩转数据》成绩如下：总体感受，老师讲得挺不错的，就是很多内容一带而过，还是要自己练习，上论坛交流，python数据分析本身要装很多库、包，所以不如直接搞个集成开发环境，下面介绍一下常用的python数据分析集成开发环境。Python（x，y） GUI基于PyQt，曾经是功能最全也是最强大

2016-10-31 23:11:41 1569

原创 GSEA-学习笔记

首先是下载软件，安装，并且还要有java环境。需要准备的文件有：样本分组文件：后缀是cls（这个很好写，把芯片信号数据的那个文件（后缀gct ）分成两类即可基因集文件：这个有在线的基因功能集，就是每个基因名对应有啥功能的文件，后缀是gmt芯片信号数据文件，后缀gct，每一列是一个样本，然后每一行对应一个基因芯片文件：后缀是chip，就是每个基因简称与他们的全

2016-10-28 14:42:41 3527

原创 R包 viRome

viRome包功能介绍：We have developed code in R to analyse short-read next-generation sequencing data from virus-infection studies where the siRNA or piRNA pathways have been implicated. The package

2016-10-28 14:41:17 1078 1

转载 Linux添加用户的路径到系统路径PATH

Linux中有三种方法可以添加用户的路径到系统路径PATH。方法一：直接在命令行中输入：#PATH=$PATH:/etc/apache/bin。这种方法只对当前会话有效，也就是说每当登出或注销系统后，PATH设置就会恢复原有设置。方法二：修改/etc/profile文件。在/etc/profile文件的适当位置添加PATH=$PATH:/etc/apach

2016-10-28 14:34:27 7554

引入：Functional annotation enrichment analysis的缺点：1、sampling issue2、cut off bias 人为决定p值3、lost mild changes 丢掉了改变小的那些基因而GSEA避免了以上的缺点。GSEA结果生成原理：Phit就是只当前黑线对应的基因，处于你富集分析的gene set中，Pmiss就是只当前黑线对应的基因，不处于你富集...

2016-10-28 14:32:51 18757 1

原创 bowtie结果sam文件解读

sam文件解读@HD VN:1.0 SO:unsorted@SQ SN:chr1 LN:249250621@SQ SN:chr2 LN:243199373@PG ID:Bowtie VN:1.0.0 CL:"bowtie genome/hg19 -q reads/SRR3101251.fastq -m 1 -p 4 -S"S

2016-10-27 23:22:56 8190

原创 Chip-seq流程文献学习笔记

文献大致内容：寻找“食管癌致癌基因 ”的“超级增强子 ”区域文献全文可在如下链接阅读http://gut.bmj.com/content/early/2016/05/10/gutjnl-2016-311818.full#DC11、阅读文章Chip-seq相关的部分Chromatin(核染色质) immunoprecipitation(免疫沉淀反应)sequencing(按顺

2016-10-27 23:18:45 15714 9

微信小游戏大小猜猜看python自动化答题

微信小游戏大小猜猜看python自动化答题小程序，可以根据使用说明，进行配置和安装，然后一键答题。在微信小程序里搜索“大小猜猜看”，即可找到该游戏。游戏的目标比拼计算能力，找出谁大谁小，一共有40题，全部答对即挑战成功。一开始答题时间充足，数字也比较简单，后面就需要特别快的计算速度。

2020-04-04

FSL安装及尾状核分割.docx

Windows10安装 windowssubsystemForLinux，然后在windows中的Linux安装FSL

2019-10-09

使用fsl进行MRI脑图像分析

使用fsl进行MRI脑图像分析，安装教程，fsl Course，bet去除颅骨，fslroi选取感兴趣区域，FAST分割+偏置场校正，Partial Volume Segmentation 图像分割结果，fslstats 统计，FIRST 皮层下结构分割及统计分析，Vertex Analysis，Volumetric Analysis，信息汇总

2019-10-09