初识 PyRadiomics

PyRadiomics是一个开源的Python软件包,用于从医学成像中提取放射组学特征。

使用SimeLITK进行图像加载和处理,SimeLITK支持的所有图像类型可以用作PyRadiomics的输入,如果是DICOM格式的图像必须使用SimeLITK功能加载DICOM图像,然后传递生成的图像对象。

不支持Python  2.6以下的python版本。

 

安装

  • git clone git://github.com/Radiomics/pyradiomics
  • cd pyradiomics
  • python -m pip install -r requirements.txt
  • python setup.py install

 

可用的图像类型

  • Original
  • Wavelet
  • LoG
  • Square
  • SquareRoot
  • Logarithm
  • Exponential
  • Gradient
  • LocalBinaryPattern2D
  • LocalBinaryPattern3D

 

可提取的特征类

  • firstorder
  • shape
  • glcm    (Gray Level Cooccurence Matrix)
  • glrlm     (Gray Level Run Length Matrix)
  • glszm    (Gray Level Size Zone Matrix)
  • gldm      (Gray Level Dependence Matrix)
  • ngtdm    (Neigbouring Gray Tone Difference Matrix)

特征类是动态确定的,来自每个可用的图像类型。

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