MS计算界面相互作用
界面上材料的相互作用在包括粘合剂,嫁接材料,复合材料,薄膜,润滑剂,油漆和印刷油墨等多方面具有一定的研究价值。 研究人员感兴趣的特性包括界面或中间相的结构,它与体积,表面张力,润湿性以及粘附的化学/力学有何不同。下面将从建模,结构优化,分子动力学,结果分析四个方面进行简单的阐述。案例来自MS官网[^1] ,这里主要是自己的一点理解。
1. 建模
参考官网上的案例,研究聚合物与金属氧化物表面的相互作用,分别需要建立聚合物,金属氧化物的模型,然后建立二者的复合模型。
(1)构建晶体表面
1 构建合适的晶面, 一般的晶体可以直接从晶体库中调取,根据文献切取合适的晶面。
操作依次为:build-surfaces-cleave surface
这里需要注意切表面的厚度,要大于非键相互作用的截断半径。未饱和原子如何中和可cap bonds on 中设置。
由于单个晶胞太小,需要根据实际情况和运算合理性确定超胞。但在建立超胞前,需要首先弛豫表面。
2 弛豫表面前需要分配好电荷和力场。由于动力学计算只有表面部分原子与聚合物作用,因此,固定下方部分原子。最后选择合适的结构优化方法优化结构。
操作依次为:modules-forcite-geometry optimition
3 建立超胞 改二维为三维周期性结构。分别是build-symmetry-supercell,build-crystals-build vacuum slab。此处改变厚度为为0。
(2) 构建聚合物
1 聚合物单体主要通过build-build polymers构建。
2 结构优化此时的构型不是很合理,通过amorphous模块得到聚合物在真实熔体或者理想溶液中的结构,包括聚合物的骨架二面角。
根据需要采用construction,packing,confined layers中的一种。结构优化参数在energy栏中设置,然后运行得到聚合物构象。
(3)将聚合物添加到表面
采用layer builder将聚合物放在晶面上。建立层结构时需要在聚合物上方添加一个大的真空,一般30-50A足够。
2. 结构优化
几何优化操作同上。分子动力学模拟来平衡系统是必须的。如果构型复杂,还有必要进行退火以使结构进一步平衡。通过**forcite-calculation-task(anneal)**命令进行。
3. 运行分子动力学
需要通过动力学模拟来平衡系统。采用2中以优化的构型作为初始模型,运行分子动力学。通过**forcite-calculation-task(dynamics)**命令进行。
这里需要注意系综,温度,步长,总时间数,热浴等的设置。当优化的结构不够好时,可能会出现每步能量变化太大的情况,这里在不影响计算结果的情况下,可放大intergration tolerance的值,以保证动力学计算不被中断。
4. 计算相互作用能
采用以下公式计算相互作用能:Eint=Etot-(Esurface+Epolymer)
这里三个参数分别时总能量,没有聚合物时下面晶面的能量和没有晶面聚合物的能量。注意计算能量时需要取消束缚。此时,可复制轨迹最后一帧进行计算。
通过**forcite-calculation-task(energy)**命令进行。
参考文献
[1]:file:///D:/Program%20Files%20(x86)/BIOVIA/Materials%20Studio%2018.1/share/doc/MaterialsStudio.htm#tutorials/forcitetutorial/tutforcitepolymermetal.htm?Highlight=interaction