MS-VMD-Lammps的输入文件.xsd-.pdb-.data之间的转换

MS-VMD-Lammps的输入文件.xsd-.pdb-.data之间的转换

第一次发博文，通过这样的形式把自己的学习过程记录下来。也希望对大家有所帮助。

1 .xsd-.pdb

这部分操作比较简单，主要是在MS中完成。通过MS的export，将.xsd直接转换为,pdb文件。

2 .xsd-.data

此处需要lammps中的小插件——ms2lmp。注意这里是在windows下运行的，所以不需要编译ms2lmp，直接使用就行。通过这种方法转换只适用于非周期性结构。

1. 准备所需要的文件：ms2lmp.exe(位置：C:\Program Files (x86)\LAMMPS 32-bit 3Mar2020-MPI\bin 具体看你所安装的位置) cvff.frc(位置：C:\Program Files (x86)\LAMMPS 32-bit 3Mar2020-MPI\frc_files) .car和.mdf文件(通过MS将xsd转化，涉及力场等的设定 下面会详述)

2. 力场的设定不是随意设定的，只可以用lammps和MS都有的力场，若有其他力场需要，直接修改转换后的.data文件。以cvff文件为例。在MS中打开.xsd文件，然后forcite-calculation-energy-forcefield(cvff)-more-取消勾选calculate automatically-点击右方的calculate。此时，力场的设定完毕。

3. 文件输出为.car格式，你会得到.car和.mdf两个文件

4. 复制以上四个文件，同时放入同一个文夹

5. cmd打开命令窗口，进入上面的文件夹。将msi2lmp.exe拖到命令行中 输入空格 输入.car文件的文件名（不加后缀） 输入空格 输入-i 输入-frc 输入力场名（不加后缀）

   以我的文件为例，我的文件放在桌面xsd_to_data文件夹中，力场用的frc，模型文件名为SiO2，则输入的命令如下：C:\Users\lisa\Desktop\xsd_to_data\msi2lmp.exe SiO2 -i -frc C:\Users\lisa\ Desktop\xsd_to_data\cvff.frc
   具体输入格式参见msi2lmp的readme文件

3 .pdb转.data

有时候MS建立的模型需要通过packmol等文件进一步处理才能导入Lammps中计算。因此，需要.pdb到.data的转换输出。

1. 当构型比较简单看，比如离子型的结构，直接在VMD中打开，然后在程序中输入命令 topo writelammpsdata xx.data。
2. 如果构型中含有电荷键长键角二面角这些参数，则需要tcl编程实现。
   (1)加载文件：
   mol load pdb xx.pdb
   (2)电荷设置：
   set a [atomselect top “xx”]
   $a set charge xx
   (3)二面角 键角等设置：
   package require topotools
   mol bondsrecalc top
   topo retypebonds
   topo guessangles
   topo guessdihedrals
   topo retypedihedrals
   (4)输出.data文件
   set name xx
   animate write pdb $name.pdb
   animate write psf $name.psf
   topo writegmxtop $name.top
   topo writelammpsdata $name.data full
   (5)编辑好以上文件后，将.tcl文件和.pdb文件放到VMD的安装目录下面(目前不知道如何在vmd后台直接进入指定的文件夹，知道的同学可以私信我) 。然后进入VMD main-extensions-TKconsole 输入source xx.tcl 运行程序，最终在安装目录中生成相应的.psf .top 和.data文件。
   这里你会发现键角二面角的信息都在.data文件中相信列出来啦