lammps数据输出的几种方式

无论任何模拟，我们都是想从模拟中得到我们想要的数据【data】，然后分析这些数据，从而提取出相关的信息【MAYBE新的发现】，那么数据的输出是
必然的一道程序，下面谈谈LAMMPS软件是如何输出data。
LAMMPS中处理的输出数据主要分一下三个大的部分：
1.断点数据，这个主要是为了防止模拟过程中出现意外，比如实验室或机房突然断电，程序部分阶段有错误等等。
2.系统热力学量的输出，这些量一般是体系中各个原子的集体行为量，比如温度，压强等
3.单原子详细信息的输出，如我们想得到的轨迹文件

对应于上面的三大部分，LAMMPS设置了不同的命令，有些命令结合在一起实现相关的功能。

1.对于断点数据，原始数据，LAMMPS主要有一下命令进行数据的输入输出。read_data，read_restart【读入】，
restart，write_restart【输出】，如果能灵活运用这几个命令，会让你的模拟在突发事件下得到经济上的收获。其中命令里有两类通配
符，* 表示时间步，% 表示CPU编号。

2.全局热力学数据，也就是所谓的thermodynamic output，这些量是面向于系统的，而不是面向于某一类，某一组，原子的。一般是系统
宏观信息的数据。处理这些数据的命令主要有如下几个 thermo, thermo_modify, thermo_style[这个命令对于初学者要
认真研究和调试]，还有相关的把单原子信息转换为【global quantities】的辅助命令：fix ave/time，fix ave/
spatial， compute reduce 这些命令可以自己设定输出的频率，文件名等等。thermo_style 和 compute/
fix/variable命令结合进行数据的处理和输出是个大学问，这个需要不断的调试才能熟练掌握。其实研究variable compute和少数
关于数据处理的fix可以节约你大量后期数据处理的时间。

3.单原子数据。相关命令主要有dump, dump_modify,undump.时刻牢记这些命令用于处理atom的数据对于你出现的错误就有敏感
性了，呵呵。

4。echo,print,fix print结合variable可以用于调试你的脚本，纠错。

5.秀个例子，用于输出setforce， group原子于其他相互作用力

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fix 3 tetras setforce 0.0 0.0 0.0
variable fx equal f_3[1]
variable fy equal f_3[2]
variable fz equal f_3[3]
fix 4 tetras print 1 “-- ${fx} ${fy} ${fz} --”
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thermo 2
thermo_style custom step f_3[1] f_3[1] f_3[1]
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