分子动力学开源分析软件MDAnalysis安装介绍及使用

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分类专栏： MD 文章标签： python lammps

于 2021-11-17 20:50:58 首次发布

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MD Analysis安装和介绍

一、MD Analysis 安装

MD Analysis (以下简称mda) 是一款分子动力学后处理代码，具有优秀的后处理函数库，高效的处理速度，可并行的计算功能。通过mda可以读取LAMMPS的单个data、连续dump轨迹文件，做一些基本结构计算不是问题。但其对dump文件的读取仅限于id, type, x, y, z这几类。对于dump的不足，本人改动了一下源文件，支持读取dump的其他列的数据信息，需要的同学可以留言或邮件(yunai2384@163.com)。In addition, for beginner of molecular dynamics, ASE is more suggested.

一、MD Analysis 安装

MD Analysis相关网站见：
官方网站
 官方文档

普通安装

(1) 从pip:

pip install --upgrade MDAnalysis
# pip install --upgrade MDAnalysisTests   # 安装测试数据

(2) 从Conda:

conda install -c conda-forge mdanalysis
# conda update mdanalysis # 升级
# conda install -c conda-forge MDAnalysisTests  # 安装测试数据

从源码安装：

# git clone https://github.com/MDAnalysis/mdanalysis.git  # 下载mda
git clone https://gitee.com/yunai9/mdanalysis.git # 我已备份至gitee，速度更快
cd mdanalysis/package/
pip install -r requirements.txt  --upgrade
python setup.py install

二、MD Analysis使用

mda支持二十多种文件格式，包括LAMMPS (dump, data格式)，xyz格式，CHARMM，Gromacs (xtc, trr格式)，AMBER相关格式，DL_Poly，MOL2，NAMD相关格式。而就我所知，支持的LAMMPS的dump格式中，对除了id type x y z 之外的列并不读取。之所以还要选择mda，主要是能够直接接触底层数据，并直接进行相关处理，包括近邻相关计算，结构分析等。
LAMMPS read and write info
基本使用方法：

读取文件

import MDAnalysis as mda
from MDAnalysis.lib import NeighborSearch
u = mda.Universe('lammps.data', atom_style='id type charge x y z imx imy imz')
# 选择原子种类
Type1 = u.select_atoms("type  1")
# Type1原子总数
nType1 = Type1.atoms.n_atoms
# 所搜Type1每个原子在截断半径2 A中的其他原子
for i in range(nType1):
    neAtom = ns.search(Type1.atoms[i], 2.0)
    # do something else
# 读取lammps dump轨迹文件
u = mda.Universe('lammps.data', format='LAMMPSDUMP')
# 对dump文件的每一帧进行处理
for ts in u.trajectory:
	# ts 中的选项和u中的选项有所区别，请注意
	# do something else