Johnnay_Song-CSDN博客

原创【22】Eigen的常见用法总结

1 向量和矩阵的运算主要包含（1）矩阵和矩阵的运算（2）向量和向量的运算（3）矩阵和向量的运算（4）矩阵和向量的标量运算（5）矩阵的自身运算、分解、逆矩阵、伴随矩阵2 易犯错误点（1）向量的叉乘只能针对三维向量，向量的点乘对于向量长度没有限制；（2）向量默认为行向量；（3）矩阵和矩阵的除法，需要转换为数组运算（4）向量和向量的乘法和除法则需要转换为数组运算；（5）数组运算是支持所有数学运算的，数组和矩阵可以互相转化。3 使用说明#include<.

2022-04-17 20:53:33 4913

原创【4】np.linalg.eig()和np.linalg.svd()区别

【1】np.linalg.eig()函数输入：计算奇异值和右奇异值的方阵输出：特征值和特征向量计算过程：（1）输入计算的矩阵；（2）矩阵每个维度减去均值；（3）计算矩阵的协方差矩阵；（4）eig分解参考代码：def SVDInArray(sitk_img): numpy_img=sitk.GetArrayFromImage(sitk_img) numpy_img[numpy_img<0]=0 sitk_ex=sitk.GetImageFr

2021-11-14 14:54:33 3189

原创【3】机器学习中高斯混合模型的求解

【1】机器学习中的函数GaussianMixture求解各个模型的分量【1.1】GaussianMixture参数解释可参考文献：【sklearn篇】mixture.GaussianMixture各参数详解以及代码实现_Yakuho的博客-CSDN博客_gaussianmixture【1.2】代码from matplotlib import colorsimport numpy as npimport matplotlib.pyplot as pltfr...

2021-10-23 13:11:09 1578

原创【2】cmake编译.cpp文件案例

首先需要新建三个文件夹：cmaketest存放编写的.cpp工程，build存放cmke编译的结果，斌存放编辑器最终编译的结果。（1）vs2017编写.cpp文件// testcmake.cpp : 此文件包含 "main" 函数。程序执行将在此处开始并结束。//#include "pch.h"#include <iostream>using namespace std;int main() { cout << "Hello Worl

2021-09-25 15:04:36 875

原创【1】批量获取文件夹下文件名

注意：lib是文件的后缀，可以更换为自己的类型，例如.py .jpg等，name则表示新生成文件的文件名。（1）新建txt文件，输入DIR *.lib/B >name.txt保存，（2）将后缀名.txt改为.bat，双击生成name.txt参考文献：VS2017配置VTK8.2.0和ITK4.13.2_oucc257的博客-CSDN博客...

2021-09-25 14:26:06 107

原创【5】 ITK5.2.1编译与vs2017的配置

【1】ITK编译参考文献：参考下面博客可完整安装vs2017配置安装ITK4.13.3（详细版本）_A2333fun的博客-CSDN博客_vscode2017主要流程：创建一个文件夹itk，里面三个文件夹：Bin：vs2017最终的编译结果,包含include lib binBuild: Cmake编译的结果，需要vs2017编译后Bin文件夹里面才有文件。Sorce: 下载的itk的解压文件（1）下载itk 。（2）cmake编译itk。一定要注意编译时候平台x8.

2021-09-12 17:14:17 482

原创【2】Cmake编译报错解决 could not find any instance of Visual Studio

【1】Cmake编译报错CMake Error at CMakeLists.txt:63 (project):GeneratorVisual Studio 15 2017could not find any instance of Visual Studio.【2】原因vs2017中的组件没有安装完整解决方法：启动vs_installer重新添加组件参考文献：解决：CMake Error ：Visual Studio 15 2017 -could not find any ins.

2021-09-12 11:15:07 1615

原创【4】w10配置两个cuda版本参考资料

安装了CUDA11.4和CUDA9.2,因为9.2不支持vs2019参考文献，重点参考了VS2019 + CUDA10.1 安装和配置博客VS2019 + CUDA10.1 安装和配置CUDA10.1+VS2019的开发环境安装步骤：（1）先安装cuda9.2,可以参考VS2019 + CUDA10.1 安装和配置（2）安装vs2019（3）配置环境（vs2019或者torch）（4）安装cuda11.4,注意，安装过程中不会覆盖v9.2，会自动添加v11..4会和v9.2

2021-08-19 11:31:58 629

原创 [10]simpleITK读取dcm格式维度变化

simpleitk在读取dcm格式时存储是xyz形式的，转换为数组后则为zyx.Simpleitk中图像形式：使用GetSize()的输出为：(Width, Height, Depth)，也即原始SimpleITK数据的存储形式转换为数组的形式：使用GetArrayFromImage()方法后，X轴与Z轴发生了对调，输出形状为：(Depth, Height, Width)Width: 宽度，X轴，矢状面（Sagittal）Height: 高度，Y轴，冠状面（Coronal）Depth

2021-08-13 20:15:50 961

原创【7】python中同级包模块引用

目的： packg2中test模块调用packg1中的test1模块中test1函数？import sysimport ossys.path.append(os.path.abspath(os.path.dirname(__file__)+'/'+'..'))from packg1.test1 import test1test1()注意一定要加上以下代码import sysimport ossys.path.append(os.path.abspath(os.pat...

2021-08-12 22:16:45 504

原创【9】simpleitk和OpenCV处理医学图像流程

【1】simpleitk打开，OpenCV处理simpleitk打开dcm格式的数据，通常是一个序列，随后转换为三维数组，然后采用OpenCV处理单个界面的图形（二维操作），随后保存到三维矩阵中，最后导出三维矩阵，设置格式。# here put the import libimport numpy as npimport SimpleITK as sitkimport cv2import copypath="F:\mediacldata\dcmimage\series-0000

2021-08-08 14:42:55 1233

原创【1】vscode配置git后推送项目文件到码云

【1】git安装参考文献：https://blog.csdn.net/weixin_40965293/article/details/80319982【2】码云注册开仓库（1）创建新仓库，仓库名字最好与本地项的名字一样（2）将分支的权限设置为常规分支【3】本地文件推送到码云参考文献：https://www.jianshu.com/p/22aa9f630d72（1）右键打开git bash（2）输入以下代码git config --global user...

2021-07-11 21:29:39 307 1

原创【1】图像处理常用函数

#!/usr/bin/env python# -*- encoding: utf-8 -*-import osimport cv2import numpy as npfrom numpy.core.fromnumeric import resize#创建一个不存在的文件夹def makefilepath(folder_path): if not os.path.exists(folder_path): os.makedirs(folder_path)..

2021-06-17 17:06:03 232

原创【28】sys模块的使用方法

【1】模块介绍提供对解释器使用或维护的一些变量的访问，以及与解释器强烈交互的函数。它始终可用。【2】代码#!/usr/bin/env python# -*- encoding: utf-8 -*-'''@File : mytest.py@Time : 2021/06/17 15:06:19@Author : Jian Song @Contact : [email protected]@Desc : None'''# here put the

2021-06-17 15:43:09 272

原创【27】unet网络复现及学习（1）

【1】config.ini#配置文件[base]batchsize=10ckptpath='./dowoload/weights_19.pth'train_path="F:/PytorchTes/torchdeeplearnmodel/unetdata/train"val_path="F:/PytorchTes/torchdeeplearnmodel/unetdata/val"【2】main.py#!/usr/bin/env python# -*- encoding: utf-8 -*-

2021-06-11 17:37:43 989

原创【26】unet网络复现及学习（总述）

【1】模型介绍 Layer (type) Output Shape Param #================================================================Conv2d-1 [-1, 64, 512, 512] 640BatchNorm2d-2 [-1, 64, 512, 512] 128ReLU-3

2021-06-11 17:33:16 417

原创【25】搭建FCN语义分割网络完成自己数据库图像分割（2）

【1】程序文件夹【2】训练数据库【3】数据库介绍（训练图片jpg,标签为png格式，名称相互对应）

2021-06-09 15:57:40 111

原创【24】搭建FCN语义分割网络完成自己数据库图像分割（1）

【1】batchimageprocess.py #批量图片处理、改名字、改类型#!/usr/bin/env python# -*- encoding: utf-8 -*-'''@File : batchimageprocess.py@Time : 2021/06/03 11:19:16@Author : Jian Song @Contact : [email protected]@Desc : None'''# here put the impo

2021-06-09 15:30:50 947

原创【23】搭建FCN语义分割网络完成自己数据库图像分割（总述）

【1】模型介绍搭建了一个分割网络，以此网络为基础完成图像的分割并计算最终的分割精度。---------------------------------------------------------------- Layer (type) Output Shape Param #================================================================ Conv...

2021-06-04 20:19:55 285

原创【8】labelme的安装及使用简介

【1】安装参考文献深度学习图像标注工具汇总Github参考代码：https://github.com/wkentaro/labelmewindows安装方法（本文选用w7+py36）打开Anconada输入以下命令即可# python3conda create --name=labelme python=3.6conda activate labelmepip install labelme【2】分割方法【1】打开终端（shift+鼠标右键）【2】打开.

2021-05-26 15:25:12 686 2

原创【7】SimpleITK输入终端参数将dicom转换为mha文件

【1】代码#!/usr/bin/env python# -*- encoding: utf-8 -*-'''@File : 03test.py@Time : 2021/05/21 10:50:10@Author : Jian Song @Contact : [email protected]@Desc : None'''# here put the import lib#!/usr/bin/env pythonfrom __future

2021-05-21 11:40:46 521

原创【6】SimpleITK 与imageJ的联合使用

SimpleITK需要一个外部图像查看器来显示图像（ImageJ，3DSlicer，ITK-Snap等）此处以ImageJ为例【1】背景SimpleITK 用于完成医学图像处理，imageJ显示图像处理的结果。【2】安装SimpleITK 直接在python中安装，imageJ则是一个第三方的软件，需要安装好设置环境变量。【3】下载imageJ以及相关资源参考stack overflow别人给的意见https://stackoverflow.com/questions/43215

2021-05-21 10:09:37 385

原创【5】nibabel三维显示

【1】参考代码#!/usr/bin/env python# -*- encoding: utf-8 -*-'''@File : test8.py@Time : 2021/04/30 16:53:05@Author : Jian Song @Contact : [email protected]@Desc : None'''# here put the import libimport matplotlibmatplotlib.use('

2021-05-14 21:07:23 1688

原创【4】SimpleITK读取.dcm图像的基本操作

【1】参考代码#!/usr/bin/env python# -*- encoding: utf-8 -*-'''@File : test1.py@Time : 2021/04/29 20:40:56@Author : Jian Song @Contact : [email protected]@Desc : None'''# here put the import libimport SimpleITKimport numpyimpor

2021-05-14 21:02:44 1490

原创【3】SimpleIKT读取.nii文件

【1】参考文献医学图像处理SimpleITK、pydicom的安装使用——踏上python生物医学图像处理的初学之路【2】代码#!/usr/bin/env python# -*- encoding: utf-8 -*-'''@File : test10.py@Time : 2021/04/30 17:56:59@Author : Jian Song @Contact : [email protected]@Desc : None'''

2021-05-14 20:58:02 829

原创【1】常见手术机器人公司及产品介绍

【1】ROSA手术机器人【1.1】产品介绍ROSA专门用于脑部手术辅助，ROSA脑部手术机器人可应用于多种神经外科手术包括：DBS术：帕金森病、肌张力障碍、梅杰综合征、特发性震颤等；SEEG癫痫；脑内血肿排空、脑组织活检、脑脓肿穿刺引流、脑内异物摘除；颅骨开放性手术中导航包括脑室镜等。我们对ROSA机器人手术过程中融合、注册、矫正等方面不断改进，ROSA机器人更有效的解决了神经外科精度要求高、手术时间长、计算繁琐、缺乏三维精度视野等问题；在提高手术操作的精确性的基础上，减小手术创伤、简化手术操作，.

2021-05-10 11:03:23 3108

原创【2】NIFTI图像格式

【1】格式介绍.nii文件是NIFTI格式的文件，出现的原因是原来一种图像格式是ANALYZE 7.5 format，但是这个图像格式缺少一些信息，比如没有方向信息，病人的左右方位等，如果需要包括额外的信息，就需要一个额外的文件，比如ANALYZE7.5就需要一对<.hdr, .img>文件来保存图像的完整信息。因此，解决这个问题Data Format Working Group (DFWG) 将图像格式完整的定义为NIFTI（Neuroimaging Informatics Technol

2021-04-30 18:08:26 1729 1

原创【1】DICOM图像格式

【1】DICOM介绍医学数字成像与通信（digital imaging and communicationsin medicine，DICOM）标准的制定和发展与图像存档与通信系统（picture archiving and communication systems，PACS）的发展有密切的关系。PACS在20世纪80年代初有较大发展，但由于各成像设备厂家所用数据格式不统一，因而影响它们之间的信息交换、互连与通信，并阻碍本身的发展。这些问题促使美国放射协会（American college of ra

2021-04-29 19:48:08 1854 2

空空如也

空空如也