Rosetta软件套件包括用于蛋白质结构计算建模和分析的算法。它使计算生物学取得了显著的科学进步,包括蛋白质从头设计、酶设计、配体对接以及生物大分子和大分子复合物的结构预测。PyRosetta是一个Python为基础的Rosetta交互套件。
Rosetta安装
# 从这里 https://www.rosettacommons.org/software/license-and-download下载
# 进入Rosetta目录
cd main/source
nohup ./scons.py -j8 bin &
PyRosetta安装
下载
从这里https://www.pyrosetta.org/downloads#h.6vttn15ac69d 下载 Latest PyRosetta
解压,安装
tar -vjxf PyRosetta-<version>.tar.bz2
## 可以建立,激活conda环境再安装,注意PyRosetta的python版本
# 进入PyRosetta directory,
cd setup
python setup.py install
# 如果提供Python wheel packages
pip install <path-to-wheel-package>
测试
# 进入python,输入
import pyrosetta
# 载入成功,表示pyrosetta包安装成功
参考:
https://new.rosettacommons.org/demos/latest/tutorials/install_build/install_build
# Rosetta使用教程
https://www.rosettacommons.org/demos/latest/Home#tutorials
# PyRosetta使用教程
https://www.pyrosetta.org/documentation/pymol_mover-tutorial