linux安装Rosetta,PyRosetta

Rosetta是一个用于蛋白质结构计算建模和分析的软件套件,涵盖了从头设计、酶设计和结构预测等多个领域。PyRosetta是其Python接口,提供便捷的交互式使用。文章详细介绍了Rosetta和PyRosetta的下载、安装步骤,并提供了测试方法和使用教程链接。
摘要由CSDN通过智能技术生成

Rosetta软件套件包括用于蛋白质结构计算建模和分析的算法。它使计算生物学取得了显著的科学进步,包括蛋白质从头设计、酶设计、配体对接以及生物大分子和大分子复合物的结构预测。PyRosetta是一个Python为基础的Rosetta交互套件。

Rosetta安装
# 从这里 https://www.rosettacommons.org/software/license-and-download下载
# 进入Rosetta目录

cd main/source
nohup ./scons.py -j8 bin &

PyRosetta安装

下载

从这里https://www.pyrosetta.org/downloads#h.6vttn15ac69d 下载 Latest PyRosetta

解压,安装

tar -vjxf PyRosetta-<version>.tar.bz2

## 可以建立,激活conda环境再安装,注意PyRosetta的python版本

# 进入PyRosetta directory, 
cd setup
python setup.py install

# 如果提供Python wheel packages 
pip install <path-to-wheel-package>

测试

# 进入python,输入

import pyrosetta
# 载入成功,表示pyrosetta包安装成功

参考:
https://new.rosettacommons.org/demos/latest/tutorials/install_build/install_build

# Rosetta使用教程

https://www.rosettacommons.org/demos/latest/Home#tutorials

# PyRosetta使用教程

https://www.pyrosetta.org/documentation/pymol_mover-tutorial

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