wsl中rosetta的安装（Ubuntu20.04）

安装rosetta需要提前安装许多依赖。由于笔者第一次用子系统安装rosetta，本来就没怎么用过ubuntu，这次就更抓瞎了。下面把踩过的坑记录一下。

其实安装rosetta的过程不是很复杂。需要以下装备：

1. rosettacommons官网注册并下载rosetta稳定版本。可以找网友提供的账号密码。

License and Download | RosettaCommons

2. 安装依赖，python2.7等

sudo apt-get install essential
sudo apt-get install libboost-dev
sudo apt-get install python
sudo apt-get install zlib1g zlib1g-dev
sudo apt-get install libsqlite3-dev

3.安装OPENMPI

openmpi官网下载安装包，我放在了/mnt/d/home。openmpi的安装路径最好与解压后的源码目录路径不相同，指定安装目录。安装后，以安装路径内有bin文件夹为准。

cd /mnt/d/home
tar -zxvf openmpi-4.0.1.tar.gz
cd openmpi-4.0.1
./configure --prefix="/usr/local/openmpi"
sudo make -j 4
sudo make install

./configure以及后续两步很多报错。make时报错就make clean，make install报错就make uninstall，调整后再重新make和make install。

因为是新安装的wsl子系统，很空。为了安装OPENMPI，还安装其他依赖，印象里还安装了hwloc，jasson，autoconfig，等等。俄罗斯套娃一样。根据报错信息，缺啥装啥。

可以mpirun --version，测试是否安装成功。

4.安装编译器gcc-7，g++-7，有版本要求，太高了不行，比如gcc-9不行。

sudo apt-get install gcc-7 g++-7

如果同时安装了gcc-7和gcc-9，会优先调用gcc-9，也会导致失败，因此需要修改优先调用级别，优先使用gcc-7。

sudo update-alternatives --install /usr/bin/gcc gcc /usr/bin/gcc-9 70 --slave /usr/bin/g++ g++ /usr/bin/g++-9 --slave /usr/bin/gcov gcov /usr/bin/gcov-9
sudo update-alternatives --install /usr/bin/gcc gcc /usr/bin/gcc-7 90 --slave /usr/bin/g++ g++ /usr/bin/g++-7 --slave /usr/bin/gcov gcov /usr/bin/gcov-7

5.配置环境

将openmpi的路径写入bash。然后source让环境变量和动态库生效，需要权限时加上sudo。

vi ~/.bashrc
#键入i，开始写入
export PATH="usr/local/openmpi/bin:$PATH"  #根据自己的安装路径调整
#退出Esc，键入冒号，wq，退出

source ~/.bashrc
sudo ldconfig

将rosetta的路径写入bash。

vi ~/.bashrc
# 添加以下内容
export ROSETTA="/mnt/d/home/rosetta"  #根据自己的实际路径和文件夹名称填写
export ROSETTA3_DB="$ROSETTA/main/database"
export ROSETTA_BIN="$ROSETTA/main/source/bin"
export PATH="$PATH:$ROSETTA_BIN"
export LD_LIBRARY_PATH="$ROSETTA/main/source/bin:$LD_LIBRARY_PATH"

如果出现修改bash之后，不能调用/bin，/usr/bin等目录下的命令的问题，就修改PATH，将这些路径都加进去。

6.编译和安装rosetta

解压安装包，cd进$ROSEETA/main/source/，开始编译。报错时，有网友表示可以去掉nover。编译过程挺久的。-j用了4个核，可以写更多点，会编译得更快。

cd $ROSETTA/main/source/

# 使用gcc编译:
./scons.py --nover -j 4 mode=release bin extras=mpi

7.安装完成后测试

antibody.mpi.linuxgccrelease