Rosetta和PyRosetta的安装与使用

下载Rosetta

官网链接： [^1]: Rosetta

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需要注意的是下载Rosetta需要学术账号和密码，本人已经将Rosetta下载上传至百度网盘，用者自取
Rosetta3： [^1]: Rosetta密码: 0hoe

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安装和编译Rosetta

这一部分参考自知乎作者: 吴炜坤坤哥的教程，非常详细，感谢！
坤哥教程
Rosetta安装依赖OPENMPI、BOOST、Python2.7

1. BOOST&Python2.7.15

sudo apt-get install build-essential
sudo apt-get install libboost-dev
sudo apt-get install python
sudo apt-get install zlib1g zlib1g-dev

这一部分按着教程来即可，试过无问题
2. openmpi下载地址
openmpi下载地址
下载好了之后，将openmpi移至桌面
打开终端输入以下命令：

cd ~/Desktop
tar -zxvf ~/Desktop/openmpi-3.1.0.tar.gz
cd ~/Desktop/openmpi-3.1.0
./configure
make -j 4
sudo make instal

配置环境变量

# 进入vim编辑器, 打开bashrc文件
vi ~/.bashrc

# 按下i, 输入以下命令，然后按“:”输入q和回车，保存退出
export PATH=~/Desktop/openmpi-3.1.0/bin:$PATH

让配置的环境变量生效：

source ~/.bashrc
sudo ldconfig

4. Rosetta的编译与安装

环境bash变量配置：

# 打开bashrc文件
vi ~/.bashrc

# 添加以下内容
#Rosetta
export ROSETTA=/mnt/sdd/software/rosetta_src_2019.21.60746_bundel(此处根据自己的实际路径填写即可)
export ROSETTA3_DB=$ROSETTA/main/database
export ROSETTA_BIN=$ROSETTA/main/source/bin
export PATH=$PATH:$ROSETTA_BIN
export LD_LIBRARY_PATH=$ROSETTA/main/source/bin:$LD_LIBRARY_PATH

以上部分涉及到vim操作，当我们使用vim命令：vi ~/.bashrc后，首先进入的是命令模式，在该模式下我们无法进行编辑和写入操作

然后我们输入i，进入编辑模式

可以看到左下角多了--插入--说明进入了编辑模式，在编辑模式下，我们将设置好的路径复制粘贴上即可
我们可以通过右击桌面上的rosetta_src_2019.07.60616_bundle文件属性，获取其路径，将其添加到

# 打开bashrc文件
vi ~/.bashrc

# 添加以下内容
#Rosetta
export ROSETTA=/mnt/sdd/software/rosetta_src_2019.21.60746_bundel(此处根据自己的实际路径填写即可)
export ROSETTA3_DB=$ROSETTA/main/database
export ROSETTA_BIN=$ROSETTA/main/source/bin
export PATH=$PATH:$ROSETTA_BIN
export LD_LIBRARY_PATH=$ROSETTA/main/source/bin:$LD_LIBRARY_PATH

那么根据路径，我应当将ROSETTA=/mnt/sdd/software/rosetta_src_2019.21.60746_bundel(此处根据自己的实际路径填写即可)
改为：
ROSETTA=/home/zls/Desktop/rosetta_src_2019.07.60616_bundle
更改过后按esc返回至命令模式，在命令模式下输入:
在左下角也会出现冒号，然后输入wq(写入退出)

然后enter，为了确保成功，可以再次输入命令vi ~/.bashrc
查看是否写入成功
然后输入命令进入rosetta_src_2019.07.60616_bundle所在文件夹下的main/source文件夹下


可以按照上图的命令执行

# 使用gcc编译:
./scons.py -j 4 mode=release bin extras=mpi

这一部分需要很长时间，请耐心等待

下载PyRosetta

下载链接密码：fe72

解压安装：

下载完成之后，将文件移动至桌面，在终端输入命令：

tar -vjxf PyRosetta4.Debug.python27.ubuntu.release-185.tar.bz2
#tar -vjxf后面跟上空格和下载后的文件夹的名字，要求一抹一样

输入enter后，会在桌面上生成一个解压后的文件夹
名字与原文件夹一样

CD进入PyRosetta4.Debug.python27.ubuntu.release-185，然后进入setup文件夹，输入

sudo python setup.py install

其实还有一种方法就是就通过conda来下载pyrosetta
可以参照这一篇链接链接