latex 制作汇报ppt

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\title{Individual based ecology and modeling}
\subtitle{基于个体的生态学与建模}
\institute{江南大学生物工程系}
\date{}
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\begin{document}
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\titlepage
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\begin{center}
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\end{center}
\end{figure}
\end{frame}

\begin{frame}
\tableofcontents[sectionstyle=show,subsectionstyle=show/shaded/hide,subsubsectionstyle=show/shaded/hide]
\end{frame}

% 页面设计
\section{生态研究中解析复杂系统的研究方法}
\subsection{生态学中两种重要的模型}
\begin{frame}{模型种类}
\begin{itemize}\setlength{\itemsep}{15pt}
\item 解析模型
\begin{itemize}\setlength{\itemsep}{10pt}
\item 常微分方程（ODE）
\item 偏微分方程（PDE）
\end{itemize}
\item 基于个体适应度建立的模型
\begin{itemize}\setlength{\itemsep}{10pt}
\item 基于个体的模型（IBM、IBM${}_{\mu }$）
\item 基于代理的模型（ABM${}_s$)）
\end{itemize}
\end{itemize}
\end{frame}

\subsection{解析模型简介}
\begin{frame}{解析模型简介}
\begin{itemize}\setlength{\itemsep}{15pt}
\item 常用于探究特定尺度下的问题
\item 采用常微分方程和偏微分方程进行描述问题
\begin{itemize}
\item ODE 适合于稳态的同类环境或者同种属，解决不具有空间特异性的问题
\item PDE 适合于解决具有空间特异性和边界条件限制的连续性或离散的问题
\end{itemize}
\item 针对宏观上可以连续划分的属性（例如：能量、生长速率、物质消耗速率等）
\end{itemize}
\end{frame}
\begin{frame}{模型比较}
\begin{minipage}{0.4\linewidth}
\begin{figure}[h]
\centering
\includegraphics[width=1\linewidth]{pic/1A.png}
\caption{生物中的群落模型}
\end{figure}
\end{minipage}
\begin{minipage}{0.5\linewidth}
\begin{figure}[h1]
\centering
\includegraphics[width=0.8\linewidth]{pic/1B.png}
\caption{生物中的群落模型}
\end{figure}
\end{minipage}
\end{frame}
\section{IBM/ABM的介绍}
\subsection{IBM模型介绍}
\begin{frame}{IBM模型的特点}
\begin{itemize}\setlength{\itemsep}{15pt}
\item[1.] 可以用于解决复杂系统的动力学问题
\item[2.] 对处理具有空间特异性的问题比较擅长
\item[3.] 对离散体系的预测具有优势
\item[4.]生态学中适应度和适应性行为进行建模能很好的解释自然界中生物相互作用
\end{itemize}
\end{frame}

\begin{frame}{IBM模型的优势}
    \begin{itemize}
          \item 预测复杂系统
          \begin{itemize}
              \item 预测微生物在空间中的行为
              \item 预测混合培养下的相互作用
          \end{itemize}
          \item 预测进化
           \begin{itemize}
              \item 自然选择过程
              \item 生物在不同环境中的表现作用
          \end{itemize}
          \item 多尺度、多格局
    \end{itemize}
\end{frame}

\begin{frame}{IBM模型使用时的注意事项}
    \begin{itemize}
      \item 考虑计算量减少大体系的全部模拟
      \item 需要以个体行为中的关键适应度与适应性行为作为分析指导
      \item 合理的设计模型的复杂度避免过度复杂无法进行理论分析
       \begin{itemize}
          \item 自然选择过程
          \item 生物在不同环境中的表现作用
      \end{itemize}
      \item 多尺度、多格局
     \end{itemize}
\end{frame}

\subsection{IBM模型的建立}
\begin{frame}{适应度与适应性行为介绍}
\begin{itemize}
\item 有机体通常会通过各种机制对它们自身及其所处环境的变化做出响应。据推测，是进化提供了这些机制，因为它们提高了个体的适合度一高个体成功繁殖和将基因遗传给后代的能力。我们用适应性性状(adaptivetraits)这–术语来表示IBM中个体以提高其潜在适合度为目的选择行为的决策法则(Zhivotovsky etal. 1996)。
\end{itemize}
\begin{itemize}
\item
适应性性状并不是简单地指示个体应该采取的行为;它赋予个体一个能够针对具体环境做出相应决策的程序。适应性性状产生适应性行为，当个体做决策时该行为随个体所处的环境或状态的变化而变化。
\end{itemize}
\end{frame}

\begin{frame}{IBM模型的关键}
        \begin{itemize}
            \item[1.] 涌现
            \item[2.] 适应性性质和行为
            \item[3.] 适应度
            \item[4.] 预测
         \end{itemize}
        \begin{itemize}
            \item[5.] 相互作用
            \item[6.] 感知
            \item[7.] 随机性
            \item[8.] 集群
            \item[9.] 调度
            \item[10.] 观察
        \end{itemize}
\end{frame}
\begin{frame}{IBM模型的关键}
        \begin{itemize}\setlength{\itemsep}{15pt}
            \item[阶段1.] 定义性状和感兴趣的生态学环境
            \item[阶段2.] 提出备选理论
            \item[阶段3.] 确认测试模式
            \item[阶段4.] 在IBM中实现提出的理论
            \item[阶段5.] 分析IBM来测试提出的理论
            \item[阶段6.] 重复上述周期以精炼理论和测试
         \end{itemize}
\end{frame}

\subsection{IBM模型应用例子}
\begin{frame}{IBM模型应用例子}
\begin{minipage}{0.5\linewidth}
\begin{figure}[h]
\centering
\includegraphics[width=1\linewidth]{pic/b1.png}
\caption{混合培养中个体模型的预测}
\end{figure}
\end{minipage}
\begin{minipage}{0.4\linewidth}
\begin{figure}[h1]
\centering
\includegraphics[width=1\linewidth]{pic/b2.png}
\caption{交叉互养的模拟}
\end{figure}
\end{minipage}
\end{frame}
\begin{frame}{IBM模型应用例子}
\begin{minipage}{0.5\linewidth}
\begin{figure}[h]
\centering
\includegraphics[width=1\linewidth]{pic/b3.png}
\caption{生物膜的竞争与入侵}
\end{figure}
\end{minipage}
\begin{minipage}{0.4\linewidth}
\begin{figure}[h1]
\centering
\includegraphics[width=1\linewidth]{pic/b4.png}
\caption{自然环境中的进化选择建模}
\end{figure}
\end{minipage}
\end{frame}
\section{基于IBM案例文献分享}
\subsection{文献分析}
\begin{frame}{文献信息}
\begin{itemize}
\item[题 目：] The evolution of tit-for-tat in bacteria via the type VI secretion system
\quad
\item{期 刊：} 自然通讯
\quad
\item{发表时间：} 2020年11月发布 2019年10投稿
\quad
\item{单位：} 牛津大学动物系 福特实验室
\end{itemize}
\end{frame}

    \begin{frame}{研究科学问题}
         \begin{itemize}\setlength{\itemsep}{15pt}
         \item 善有善报恶有恶报是生物间常用的相互作用策略，但细菌之间的报复行为如何影响相互进化的研究还比较少。
         \item
         本文尝试探究以牙还牙策略在哪些情况有意义？如何起作用的？以及细菌之间不同策略的博弈？
        \end{itemize}
    \end{frame}
    
    % \begin{frame}{研究内容}
    %         % \begin{itemize}
               
    %         % \end{itemize}
    % \end{frame}
    \begin{frame}{摘要框架}
            \begin{itemize}
                \item【背景句1： 善有善报恶有恶报是的策略在生物相互作用中普遍存在。】Tit-for-tat is a familiar principle from animal behavior: individuals respond in kind to being helped or harmed by others.
                 \item
                 【问题句1：以牙还牙的这种策略在细菌中存在，但目前对这种行为对进化策略的影响意义尚不明确。】 Remarkably some bacteria appear to display tit-for-tat behavior, but how this evolved is not understood.  \item
                 【方法说明1：本文使用结合进化博弈论与个体模型研究细菌在毒素上使用策略的选择差异。】Here we combine evolutionary game theory with agent-based modelling of bacterial tit-for-tat, whereby cells stab rivals with poisoned needles (the type VI secretion system) after being stabbed themselves. 
            \end{itemize}
    \end{frame}
            \begin{frame}{摘要框架}
            \begin{itemize}
         \item
         【方法说明1：本文使用结合进化博弈论与个体模型研究细菌在毒素上使用策略的选择差异。】Here we combine evolutionary game theory with agent-based modelling of bacterial tit-for-tat, whereby cells stab rivals with poisoned needles (the type VI secretion system) after being stabbed themselves. 
            \item
            【结果句1：通过模型模拟发现：当细菌选择只反击一次不会带来足够的优势，而且是一个糟糕的策略。因为反击一次缺乏先发优势（更容易被免疫）】Our modelling shows tit-fortat retaliation is a surprisingly poor evolutionary strategy, because tit-for-tat cells lack the fifirst-strike advantage of preemptive attackers. 
            \end{itemize}
    \end{frame}
    \begin{frame}{摘要框架}
            \begin{itemize}
            \item
            【结果句2：如果细菌选择强烈的报复行为那么反击行为将获得更高的收益。】However, if cells retaliate strongly and fifire back multiple times, we fifind that reciprocation is highly effective. 
            \item
            【模型验证1：通过将模型推导的结果与实际铜绿单胞菌的反击模式对比，发现铜绿单胞菌实际过程中是多次反击霍乱弧菌的随机进攻。】We test our predictions by competing Pseudomonas aeruginosa (a tit-for-tat species) with Vibrio cholerae (random-fingering), revealing that P. aeruginosa does indeed fifire multiple times per incoming attack.  \item【研究的意义：强烈的报复行为和以牙还牙的策略在细菌进化过程中有特殊的回报收益】Our work suggests bacterial competition has led to a particular form of reciprocation, where the principle is that of strong retaliation, or ‘tits-for-tat’.
            \end{itemize}
    \end{frame}
    \begin{frame}{前言框架(1-3段)}
            \begin{itemize}
            \item
        第一段：（研究背景）第六分泌系统（T6SS）是一种接触式依赖的细菌毒液注射武器，在生态环境中广泛的存在。
    \end{itemize}
     \begin{itemize}
     \item
         第二段：（研究对象特点）不同菌使用T6SS进攻的方式不同，主要分为两种：1.）表面持续存在进攻能力的随机进攻策略 例 如霍乱弧菌、马氏杆菌和巴伊不动杆菌2）只在特定环境进行作用从特点部位进攻或者是应激报复策略 例如：铜绿假单胞菌。
    \end{itemize}
 \begin{itemize}
 \item
    第三段：（研究现状综述，引出研究的依据）铜绿假单胞菌的进攻方式已经有了一些生物机制的研究。研究发现多种的方式的刺激都能激发铜绿假单胞菌的反击行为其中也包括抵御外界其他种群的入侵行为。
\end{itemize}
    \end{frame}
    \begin{frame}{前言框架(4-5段)}
        \begin{itemize}
        \item
        第四段:(阐述目前研究还有待完善部分)目前的研究主要集中在这种机制的生物学基础，但缺乏研究T6SS不同的使用行为对细菌之间生态竞争的影响以及对生物适应性状和进化的意义。
        \end{itemize}
         \begin{itemize}
         \item
        第五段：（本文研究的内容与研究方法）本文基于代理（个体）模型来模拟这种策略的博弈收益，描述不同策略的优势。通过改变细菌的策略的方式和代价来解析这个进化意义并与实际环境过中的现象进行对比。
            \end{itemize}
    \end{frame}
    \begin{frame}{IBM/ABM的方法流程多全文分析}
    \begin{itemize}\setlength{\itemsep}{10pt}
            \item[阶段1.]关注于自然界中存在不同使用T6SS的策略
            \item[阶段2.] 不同的使用策略与竞争优势有关
            \item[阶段3.] 将几种不同的策略菌进行混合模拟
            \item[阶段4.] 能量代价、命中率、种群密度是竞争的关键
            \item[阶段5.] 通过调整攻击能量代价会呈现出不同的适应度结果和入侵现象
            \item[阶段6.] 再调整其他参数，探究反击策略只在特定环境才能获得优势。解释了反击行为在自然界稀少的原因。
         \end{itemize}
    \end{frame}
    \begin{frame}{研究策略}
            \begin{itemize}\setlength{\itemsep}{15pt}
               \item[1.] 攻击行为的能量代价
               \item[2.] 反击行为的命中率
               \item[3.] 报复行为的猛烈程度（回击次数）
               \item[4.] 初始种群密度影响
               \item[5.] 全局适应度与局部适应度比较
             \end{itemize}
    \end{frame}
    \begin{frame}{研究内容}
             \begin{minipage}{0.5\linewidth}   
        \begin{figure}[h]
            \centering
            \includegraphics[width=1\linewidth]{pic/atr1a.png}
            \caption{随机攻击对无攻击能力细菌}
        \end{figure}
    \end{minipage}
    \begin{minipage}{0.4\linewidth}   
        \begin{figure}[h1]
            \centering
            \includegraphics[width=1\linewidth]{pic/atr1b.png}
            \caption{不同攻击次数下R菌的种群比例}
        \end{figure}
    \end{minipage}
    \end{frame}
     \begin{frame}{研究内容}
             \begin{minipage}{0.5\linewidth}   
        \begin{figure}[h]
            \centering
            \includegraphics[width=1\linewidth]{pic/atr1c.png}
            \caption{局部入侵和全局入侵}
        \end{figure}
    \end{minipage}
    \begin{minipage}{0.4\linewidth}   
        \begin{figure}[h1]
            \centering
            \includegraphics[width=1\linewidth]{pic/atr1d.png}
            \caption{混合生长下的变化过程}
        \end{figure}
    \end{minipage}
    \end{frame}
     \begin{frame}{研究内容}
        \begin{figure}[h]
            \centering
            \includegraphics[width=1\linewidth]{pic/atr1e.png}
            \caption{致命程度对比生长速率的影响}
        \end{figure}
    \end{frame}
\begin{frame}{研究内容}
             \begin{minipage}{0.5\linewidth}   
        \begin{figure}[h]
            \centering
            \includegraphics[width=1\linewidth]{pic/atr2a.png}
            \caption{反击策略的演示}
        \end{figure}
    \end{minipage}
    \begin{minipage}{0.4\linewidth}   
        \begin{figure}[h1]
            \centering
            \includegraphics[width=1\linewidth]{pic/atr2b.png}
            \caption{反击策略下的结果}
        \end{figure}
    \end{minipage}
    \end{frame}
\begin{frame}{研究内容}
        \begin{figure}[h]
            \centering
            \includegraphics[width=0.4\linewidth]{pic/atr2c.png}
            \caption{单次反击的入侵能力和反入侵能力}
        \end{figure}
    \end{frame}
   \begin{frame}{研究内容}
        \begin{figure}[h]
            \centering
            \includegraphics[width=0.3\linewidth]{pic/atr3a.png}
            \caption{两次反击的结果}
        \end{figure}
    \end{frame}
    \begin{frame}{研究内容}
        \begin{figure}[h]
            \centering
            \includegraphics[width=0.6\linewidth]{pic/atr3b.png}
            \caption{两次反击的适应能力}
        \end{figure}
    \end{frame}
      \begin{frame}{研究内容}
        \begin{figure}[h]
            \centering
            \includegraphics[width=0.8\linewidth]{pic/atr5a.png}
            \caption{实际实验观察到的现象}
        \end{figure}
    \end{frame}
    \subsection{基于文献的思考和启示}
 \begin{frame}{基于文献的思考和启示}
        \begin{itemize}
          \item[1.]基于IBM评价强弱相互作用的策略差异意义
          \item[2.] 乳酸菌产胺行为与竞争进化中适应度的关系
          \item[3.] 如何将实验观察的现象通过个体模型模拟探究出基础理论
          \item[4.] 乳酸菌产胺的差异行为能否通过能量、酸胁迫、生长速率等适应度和适应性形状进行探究。
        \end{itemize}
    \end{frame}

\begin{frame}
\begin{center}
{\Huge\calligra Thanks!}
\end{center}
\end{frame}

\end{document}