zotero+logseq联合阅读文献具体设置

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啦啦啦小石头

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title: zotero+logseq联合阅读文献具体设置
date: 2022-05-16 16:10:41
tags: literature research logseq zotero

zotero+logseq联合阅读文献具体设置

使用zotero+logseq记录科研工作流程
- 首先得有一个比较大范围的方向，并在wos中搜索
- 搜到2000~10000篇文献，导出文献（包括名称，作者，期刊，Abstract）
- 把这些文献导入到zotero中
- 按照词频进行分组，先把大的组分出来，再细分小的组，或者也可以按照研究具体兴趣来进行分组
- 把与自己相关的文献选中，右键选择获取pdf来使用sci-hub下载文献
- 使用mdnotes把文献meta信息导出到logseq的literature文件夹
- 使用自定义的快捷导出文献（Ctrl+Shift+C）把文献导出到对应页面中去（方便之后进行管理）
- 在文献主页选择attachment部分，使用quicker（Ctrl+鼠标中键）来对attachment信息进行处理使其能够在logseq中打开
- 在attachment下方使用[[文献笔记]]关联，在下方分小点进行记录
- 对于每一篇文献进行切块，Shift框选图片，Ctrl+V复制到文献笔记中，使用tags::进行打标签分类，文字同理
- 使用query对于切块的文献资料进行索引（或者使用tags）
- 该部分主要目标是切块、重组、归纳，把同类信息放在一起进行高通量式的学习

对于其中的具体操作，这里作如下记录

zotero进行分组

按住shift进行拖动，可以把文献从一个分组中剪切到另一个分组中

组别之间找出重复的文献

使用temp标签，先把一个分组全部打上temp标签（全选，拖到temp标签上），在另一个分组中选择temp标签，获取重复的文献

在zotero中使用sci-hub进行文献下载

在高级配置编辑器中，找到extensions.zotero.findPDFs.resolvers变量

把变量值设置为

{
    "name":"Sci-Hub",
    "method":"GET",
    "url":"https://sci-hub.ren/{doi}",
    "mode":"html",
    "selector":"#pdf",
    "attribute":"src",
    "automatic":true
}

点击OK
选中需要下载的文献，右键，点击找pdf

mdnotes模板设置

参考mdnotes的官网教程，编写4份templete文件

由于这里只需要文献的metadata，4份文件中只修改了Zotero Metadata Template.md文件，修改内容如下

{{author}}
{{tags}}, #literature
{{collections}}
{{itemType}}
{{DOI}}
{{citekey}}
{{date}}
{{dateAdded}}
publicationTitle:: {{publicationTitle}}
proceedingsTitle:: {{proceedingsTitle}}
{{related}}



{{abstractNote}}



- Attachment

  {{pdfAttachments}}

在zotero高级配置编辑器中，修改mdnotes的placeholder相关变量，这里举例如下：
- extensions.mdnotes.placeholder.dateAdded（没有的话需要自己新建变量）
```
{"content":"Date_Added:: {{field_contents}}", "field_contents": "{{content}}"}
```
- extensions.mdnotes.placeholder.url
```
{"content":"URL:: {{field_contents}}", "field_contents": "{{content}}"}
```
- extensions.mdnotes.placeholder.publicationTitle
```
{"content":"{{field_contents}}", "field_contents": "{{content}}"}
```
修改完成选择OK，选取需要的文献，导出为markdown，把导出文件夹设置为logseq的文件夹
logseq打开应该如下所示（和logseq的zotero插件导出相似）

快捷导出文献，自定义引用格式

使用可视化csl编辑器编辑引用格式
导出并在zotero中使用

示例

<?xml version="1.0" encoding="utf-8"?>
<style class="in-text" version="1.0" xmlns="http://purl.org/net/xbiblio/csl">
  <!-- This style was edited with the Visual CSL Editor (https://editor.citationstyles.org/visualEditor/) -->
  <info>
    <title>title_only</title>
    <id>http://www.zotero.org/styles/title_only</id>
    <link href="http://www.zotero.org/styles/title_only" rel="self"/>
    <link href="http://www.sllr.j.u-tokyo.ac.jp/" rel="documentation"/>
    <link href="http://www.j.u-tokyo.ac.jp/students/wp-content/uploads/sites/5/2017/11/20180115quote.pdf" rel="documentation"/>
    <link href="https://ysmatsud.hatenablog.com/entry/2020/03/05/200900" rel="documentation"/>
    <author>
      <name>MATSUDA Yoshiro</name>
      <email>ysmatsud@gmail.com</email>
    </author>
    <category citation-format="author-date"/>
    <category field="law"/>
    <issn>2187-2902</issn>
    <eissn>2188-0689</eissn>
    <updated>2022-05-12T16:27:35+00:00</updated>
    <rights license="http://creativecommons.org/licenses/by-sa/3.0/">This work is licensed under a Creative Commons Attribution-ShareAlike 3.0 License</rights>
  </info>
  <macro name="author">
    <names variable="author" delimiter="＝">
      <name delimiter="＝" et-al-min="3" et-al-use-first="1"/>
    </names>
  </macro>
  <macro name="title">
    <choose>
      <if type="book">
        <text variable="title"/>
      </if>
      <else>
        <text variable="title"/>
      </else>
    </choose>
  </macro>
  <macro name="publisher">
    <text variable="publisher"/>
  </macro>
  <macro name="volume">
    <text variable="volume" suffix="巻"/>
  </macro>
  <macro name="issue">
    <text variable="issue" suffix="号"/>
  </macro>
  <macro name="pageno">
    <text variable="page" suffix="頁"/>
  </macro>
  <macro name="container">
    <text variable="container-title"/>
  </macro>
  <macro name="issued-date">
    <date variable="issued" prefix=" (" suffix=")">
      <date-part name="year"/>
    </date>
  </macro>
  <macro name="book_suffix">
    <text variable="publisher"/>
    <date variable="issued">
      <date-part name="year"/>
    </date>
  </macro>
  <macro name="webpage_suffix">
    <date variable="issued">
      <date-part name="year" suffix="年"/>
      <date-part name="month" suffix="月" form="numeric"/>
      <date-part name="day" suffix="日"/>
    </date>
    <text variable="URL" prefix=" (" suffix=","/>
    <date variable="accessed" suffix=")">
      <date-part name="year" suffix="年"/>
      <date-part name="month" suffix="月" form="numeric"/>
      <date-part name="day" suffix="日最終閲覧"/>
    </date>
  </macro>
  <citation>
    <layout prefix="- [[" suffix="]]">
      <group delimiter=" ">
        <choose>
          <if type="book">
            <text macro="title"/>
          </if>
          <else-if type="article-journal article-magazine article-newspaper" match="any">
            <text macro="title"/>
          </else-if>
          <else-if type="webpage">
            <text macro="title"/>
          </else-if>
          <else>
            <text macro="title"/>
          </else>
        </choose>
      </group>
    </layout>
  </citation>
  <bibliography>
    <layout prefix="- [[" suffix="]]">
      <group delimiter=" ">
        <choose>
          <if type="book">
            <text macro="title"/>
          </if>
          <else-if type="article-journal article-magazine article-newspaper" match="any">
            <text macro="title"/>
          </else-if>
          <else-if type="webpage">
            <text macro="title"/>
          </else-if>
          <else>
            <text macro="title"/>
          </else>
        </choose>
      </group>
    </layout>
  </bibliography>
</style>

设置quicker动作，把pdf attachment变成可以在logseq中打开

写了一个简易版，大家可以借鉴使用

https://getquicker.net/Sharedaction?code=2a907d83-a004-4d00-e259-08da36e2ef90

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title: zotero+logseq联合阅读文献具体设置date: 2022-05-16 16:10:41tags: literature research logseq zoterozotero+logseq联合阅读文献具体设置使用zotero+logseq记录科研工作流程首先得有一个比较大范围的方向，并在wos中搜索搜到2000~10000篇文献，导出文献（包括名称，作者，期刊，Abstract）把这些文献导入到zotero中按照词频进行分组，先把大的组分出来.
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