Puchem化合物数据批量抓取采集_宝典_教程_Python爬虫

已于 2022-10-15 13:12:53 修改
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分类专栏： Python自动下载数据集 文章标签： python 爬虫 数据库
于 2021-10-12 18:41:57 首次发布
版权声明：本文为博主原创文章，遵循 CC 4.0 BY-SA 版权协议，转载请附上原文出处链接和本声明。
本文链接：https://blog.csdn.net/qq_34843422/article/details/120589522
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本文详细介绍了如何使用Python爬虫批量抓取Pubchem化合物数据，包括通过cid、name、SMILES、InChIKey、InChI、Molecular Formula和CAS等方式获取化合物属性。通过理解Pubchem API并模拟请求，实现化合物信息的全面获取。

摘要生成于 C知道 ，由 DeepSeek-R1 满血版支持， 前往体验 >

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本文共计6500字，导出到PDF达42页（含代码）。从0教你如何抓取Pubchem化合物数据。

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1、 Pubchem介绍

        Pubchem是美国国立卫生研究院（NIH）的开放式化学数据库，自2004年推出以来，pubchem已成为科学家、学生和公众的重要化学信息资源。其专门针对化学结构搜索，是网络药理学研究经常用到的数据库之一，不仅使用方便而且免费。
        PubChem主要包含小分子，但也包含较大的分子，例如核苷酸，碳水化合物，脂质，肽和化学修饰的大分子。收集有关化学结构，标识符，化学和物理性质，生物活性，专利，健康，安全，毒性数据等许多信息。
        PubChem中的数据来自哪里？ PubChem记录由数百个数据源提

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使用Python爬虫批量抓取PubChem化合物信息
qq_34843422的博客
09-30 6953
我本科是学生物工程的，研究生转到经济学，但是周围也有很多学生物和医学方面的朋友，经常帮他们抓取一些数据。最近帮他们抓取pubchem上的一些数据，pubchem是一个开放的数据库，爬起来难度不是很大，网上也有一个库叫pubchempy，之前也用来抓取过化合物的结构信息。今天主要是来看看如何通过网站的api来自定义抓取。 首先打开网址：https://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/ 通过cid来搜索，输入9809 进去之后获得这个地址：https://pubchem.ncbi.nlm.
PubChem-compound全部分子SDF文件下载/SMILES下载-记录
yue_ailuo的博客
04-08 5469
操作流程： PubChem分子库_DrugAI的博客-CSDN博客_pubchemhttps://blog.csdn.net/u012325865/article/details/77148242 Windows下操作： 1. 下载Git for windows 2.登入服务器： ssh 账号名@ip password:(输入密码，无显示) wget -m -np ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/pubchem/Compound_3D/01_conf_per_cm
pubchem批量下载
08-04
可以一次性下载pubchem数据库下的所有的compound信息
使用Python爬虫批量抓取PubChem化合物CAS
weixin_47634487的博客
11-09 1987
【代码】使用Python爬虫批量抓取PubChem化合物CAS。
使用Python爬虫抓取PubChem化合物CAS
weixin_47634487的博客
11-09 1137
【代码】使用Python爬虫抓取PubChem化合物CAS。
利用化合物名称从PubChempy中批量下载化合物信息
跳动的喵尾巴
03-07 1万+
利用化合物名称从PubChempy中批量下载化合物信息 已知信息：化合物名称 所用软件及package：python, PubChempy 目的：批量获取化合物的CID, molecular_weight, molecular_mass, CAS等信息。 通过不断的搜索，最终有两种方式进行下载： 第一种：化合物较多 第二种：分次查询单个化合物 第一种：批量下载大量化合物 需要先将待下载化合物名称保存为text格式文件。 输入示例： import urllib import pubchempy impor
使用 Pubchempy 一行命令从 Pubchem 数据库中批量下载化合物 3D 构象的 sdf 文件
qq_37364789的博客
02-11 7566
利用python批量下载化合物3D构象
2019.4.5 pubchem批量下载信息的网站
qq_43569210的博客
04-05 3634
PubChem Download Service
Query Chem 一键获取PubChem物性数据及其参考文献
最新发布
piesss的博客
09-04 430
一个简单的 python 小程序，用于在线获取 PubChem 属性数据及其参考文献。使用方法：选择数据库—>属性—>输入化合物，点击“Entrez”。如果本文对您有帮助，欢迎star⭐代码。
化合物InChI格式详解
lihui261431的博客
01-28 3959
化合物描述符InChI详解
pychem数据库（适用于Python3.0）
09-18
在官网发布的基于Python2.0的基础上修改了一些，在Python3.0上能够顺利运行。 对于想要从pychem数据库中得到化合物分子描述符的小伙伴来说还是非常有帮助的。 这个里面的一些包之前我在运行的时候总是出问题，也是很难受，但是后来通过查找一些修改方法，最终还是克服了。所以，如果小伙伴们在运行程序时遇到什么难题，不要着急，可以多对那个问题进行细致的搜索，也可以在CSDN这个网站进行搜索或是请教别人，相信一切困难都会迎刃而解的。
结果数据调整并使用knime计算inchikey
recher_He1107的博客
12-02 1258
首先我的数据结构是csv格式,columns为化合物id.值为化合物所对应的uniprots: 现在想把格式转化为更方便后续处理的格式: 上代码: import numpy as np import pandas as pd import os import re def iter_files(path): # get all file_path under one folder f...
【drug】获取化合物的3D结构
xll_bit的博客
04-30 3568
如何从化合物的SMILES字符串获取化合物的3D结构？以下几种方法供参考： 1，借助pubchem的py查询接口进行查询 首先需要安装pubchempy（conda install pubchempy) sdf = pubchempy.get_sdf(canonical_smi,'smiles') if(sdf != None): cid = sdf.split('\n')[0] if canonical_...
PubChem分子库
热门推荐
DrugAI
08-13 3万+
PubChem PubChem，即有机小分子生物活性数据，是一种化学模组的数据库，由美国国家健康研究院（ US National Institutes of Health，NIH）支持，美国国家生物技术信息中心负责维护。 PubChem数据库包括 3个子数据库： PubChem BioAssay 库用于存储生化实验数据，实验数据主要来自高通量筛选实验和科技文献； PubChem Compoun...
pubchem的官方API - PUG REST的使用教程(持续更新)
recher_He1107的博客
08-20 1万+
以URL为基础的API分为4个部分 input specification--------------------------------------------------------输入 operation specification--------------------------------------------------操作 output specification---...
【Python】根据CID获取化合物数据（调用Pubchem官方API）
XavierJ的博客
07-30 8386
简介 根据CID从PubChem爬取化合物的数据（基于PubChem PUG REST API）。 下载 小编已将程序打包为可执行文件，下载即可使用：pubchem-1.0.2-win64.zip 演示 安装 pip install requests 用法 克隆仓库。 git clone https://github.com/XavierJiezou/python-pubchem-api.git Cd到根目录。 cd python-pubchem-api 将cid列表复制到cid.tx
puchem化合物数据批量抓取采集
04-30
puchem化合物数据批量抓取采集是指利用自动化技术，从puchem数据库中获取大量化合物数据的过程。puchem是一个化学信息平台，提供了丰富的化合物信息，包括分子式、分子量、化学结构、物化性质等等。在研究化学领域，我们需要大量的化合物数据来进行统计分析和建模，以便开发新药物或改进化学技术。 puchem化合物数据批量抓取采集需要运用到各种自动化技术，如网页抓取、数据清洗、数据存储和数据处理等。具体过程包括访问puchem网站，搜索和筛选所需化合物信息，将获取的数据进行清洗和整合，最终存储到数据库或其他数据仓库中。 批量抓取化合物数据的好处在于高效、准确、可靠，可以为实验室的研究提供低成本、快速的数据支持。但是需要注意的是，数据的质量和获取的合规性，需要仔细考虑和筛选，以避免数据误差和法规问题。 总之，puchem化合物数据的批量抓取采集是一项重要的信息自动化技术，可以为化学研究和实验工作提供高效、可靠的数据支持。
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