【drug】获取化合物的3D结构

如何从化合物的SMILES字符串获取化合物的3D结构？以下几种方法供参考：

1，借助pubchem的py查询接口进行查询

        首先需要安装pubchempy（conda install pubchempy)

 sdf = pubchempy.get_sdf(canonical_smi,'smiles')
          if(sdf != None):
              cid = sdf.split('\n')[0]
              if canonical_smi in smiles:
                  if cid != smiles[canonical_smi]:
                      print("Waining: different cids(%s,%s) for smiles:%s; ori_smiles:%s" %(cid, smiles[canonical_smi],canonical_smi,l))
                  else:
                      continue
          #pubchempy.download("SDF",output_base + canonical_smi + '.sdf',canonical_smi,"smiles")
              #pubchempy.download("SDF",out,canonical_smi,"smiles")
              pubchempy.download("SDF",output_base + cid + '.sdf',sdf,"sdf")
              smiles[canonical_smi] = cid
          else:
              not_found.add(l)

然后通过 get_sdf函数，获取当前SMILES的sdf结构，通过download函数，下载sdf文件

2，通过openbabel 查询

        首先安装openbabel，然后通过以下命令进行查询

obabel -i smi "ccccc" -o mol2 --gen3D

3,通过pybel进行查询

        首先通过conda安装openbabel，然后通过make3D或者localopt函数进行生成化合物的3D结构即可，最后通过write函数写入到文件

from openbabel import pybel
mol = pybel.readstring("smi", e)
#mol.make3D()
mol.localopt()
mol.write("mol2","./generateMol2/" + fname + ".mol2", True)