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Phd丨jay的博客

起风了,唯有努力生存;纵有疾风起,人生不言弃。

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转载 如何做一名优秀的博士生:(二)方法论的转变

【序: 本文主要来自我在2008年清华大学研究生入学教育里一次2.5小时的讲座,又综合了一些随后的思考和总结。在那次讲座中,我一再强调,我的目的不是要求研究生完全按照我讲的去做,而是希望从根本上冲击、振荡一下研究生的思考角度,启发大家找到最适合自己的成才之路。本文比较长,将分四部分陆续在博客上发表出来。这是第二部分。第一部分请见:http://blog.sciencenet.cn/home.php...

2018-08-29 15:43:14 794

转载 如何做一名优秀的博士生:(一)时间的付出

转载自科学网-施一公的博客【 序:我从获得博士学位至今已经整整16个春秋,但博士阶段的感受仍然历历在目。我从指导自己独立实验室的第一个博士生到现在也已经13年了,其中的博士研究生和博士后中已经有11人在美国和中国的大学里担任独立实验室的PI。他们的成长过程差别极大,性格、能力也各有不同。应该说,没有任何一个学生可以简单地遵循另外一个优秀科学家的足迹脱颖而出。从这个意义上讲,科学家的成功是不可能...

2018-08-29 15:42:38 514

GROMACS windows双精度5.11版

GROMACS windows双精度5.11版 在cmd下使用,非常方便,适合做能量优化和其他一些小计算量工作 MD最好还是在服务器上运行

2018-12-18

tutorial of carma

carma is a molecular dynamics analysis program 这是carma的教程,很详细。

2018-06-05

计算蛋白Ca的RMSF

计算蛋白backbone的RMSF的TCL脚本 一般在VMD中使用 一般在蛋白中我们选取Ca,RNA中我们选取C5‘

2018-06-04

计算蛋白backbone的RMSD

计算蛋白backbone的RMSD的TCL脚本 一般在VMD中使用 The protein backbone is defined as C, N, and O atoms composed of the amide bonds, and the RNA backbone is defined as C, O, and P atoms composed of sugar-phosphate moieties.

2018-06-04

计算核酸backbone的RMSF

计算核酸backbone的RMSF的TCL脚本 一般在VMD中使用 一般在蛋白中我们选取Ca,RNA中我们选取C5‘

2018-06-04

计算核酸backbone的RMSD

计算核酸backbone的RMSD的TCL脚本 一般在VMD中使用 The protein backbone is defined as C, N, and O atoms composed of the amide bonds, and the RNA backbone is defined as C, O, and P atoms composed of sugar-phosphate moieties.

2018-06-04

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