拆分整合轨迹CatDCD

CatDCD - Concatenate DCD files
查看轨迹eq01.dcd和eq02.dcd 有多少帧
catdcd -num eq01.dcd eq02.dcd   
拆分轨迹文件
catdcd -o eq_first.dcd -first 1000 -last 2000 -stride 10 eq01.dcd 
-o 输出文件
-first 起始帧
-last 最后一帧
-stride 步长
eq01.dcd 输入的轨迹
根据编号（cas.ind）取出轨迹文件   
catdcd -o 1ggg-cas.dcd -i cas.ind 1ggg-pro.dcd
组合轨迹文件
catdcd -o eq_all.dcd eq01.dcd eq02.dcd eq03.dc
Combines eq01.dcd, eq02.dcd, and eq03.dcd into eq_all.dcd.


提取DCD文件中的某一部分的DCD时，先生成这一部分的索引文件：如蛋白质的index，在vmd中加载原始的psf和pdb文件，然后：
例子1
set sel [ atomselect top "not resid 239 to 339 and protein"] 
set ind [ $sel get index ] 
set fout [open "indexfile.ind" w] 
puts $fout $ind 
close $fout 
例子2
把残基号：239-339 去掉（只提取CA）
set sel [atomselect top "not resid 239 to 339 and backbone and name CA " ]
set ch [open "cas.ind" w]
puts $ch [$sel get index]
close $ch


再运行：catdcd -o 1ggg-cas.dcd -i indexfile.ind 1ggg-pro.dcd就会得到只包含氨基酸的dcd轨迹文件




写对应的没有水和磷脂的psf和pdb文件（删除细胞素，位置239-339）：
在vmd中加载原来的pdb和psf文件，然后打开VMD的tkconsole，输入如下命令：


 set all [atomselect top "not resid 239 to 339 and protein"] （该部分的选择和上一步相同）
 $all writepsf protein.psf 
 $all writepdb protein.pdb