前言:
绘制ROC曲线的R包有很多,例如pROC、ROCR等,并可以获得AUC,有的顺便可以绘制PR曲线,但不能获得AUPR。最近需要获取AUPR,但查询网上几乎没有关于AUPR的,这里查找到一个简单的R包-modEvA,写下使用的简单案例。
术语:
PR曲线:precision-recall curve,以recall作为横坐标轴,precision作为纵坐标轴
AUPR:Area under the precision-recall curve,PR曲线下的面积
参考:
Barbosa A.M., Real R., Muñoz A.R. & Brown J.A. (2013) New measures for assessing model equilibrium and prediction mismatch in species distribution models. Diversity and Distributions 19: 1333-1338 (DOI: 10.1111/ddi.12100)