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原创 张量以及函数

张量张量模态参考文章1参考文章2张量模态import tensorly as tlX = tl.tensor(np.arange(24).reshape(3, 4, 2))``` - **张量矩阵化**(Matricization)输出张量的三个矩阵模态```print(tl.unfold(X, mode=0)) #1模展开print(tl.unfold(X, mode=1))print(tl.unfold(X, mode=2))```![在这里插入图片描述](https://i

2021-04-26 19:52:20 779 2

原创 编程

编程知识点关于Python数组中-1的用法遍历前序遍历(中左右)中序遍历(左中右)后序遍历(左右中)关于Python数组中-1的用法Python中数组的用法灵活多样,常用的记下来了,但是遇到-1就容易混淆。在这里记录一下。一个数组a=[0,1,2,3,4],a[-1]表示数组中最后一位,a[:-1]表示从第0位开始直到最后一位,a[::-1]表示倒序,从最后一位到第0位。遍历前序遍历(中左右)图1对于当前节点,先输出该节点,然后输出他的左孩子,最后输出他的右孩子。以上图为例,递归的过程如下:

2021-04-23 09:49:39 126

原创 CSS基础练习500题

基础部分浏览区缺省设置,外部样式表,内部样式表,内联样式,这四个的优先度如何。颜色的表示方式有哪些。怎样同时使用多个选择器使用一下ID选择器使用一下类选择器现有10个div,有的有title属性,有的没有,使用属性选择器选中有title这个属性的div现有10个div,有的有title属性,有的没有这个属性,带有title属性的,值也不一样,现使用属性选择器选中属性值是demo的div。现有10个div,有的有title属性,有的没有这个属性,带有title属性的,值也不一样,现使用属性选择

2021-04-23 09:47:30 609

原创 网页中遇到的问题

问题问题1:导航栏导航栏怎么实现鼠标移入不点击的时候就切换到超链接上且导航栏变颜色如何实现一个梯形margin能设置三条边吗,左右一样,上下不一样,一定要分开设置吗margin,padding和position怎么判断用什么vertical-align:middle什么时候用,什么效果问题1:导航栏导航栏怎么实现鼠标移入不点击的时候就切换到超链接上且导航栏变颜色如何实现一个梯形通过vertical-align:middle实现现图片与文字水平对齐,需要区分html是行内元素,还是块状元素;例如:标

2021-04-23 09:47:06 93

翻译 基于深度信念网络的表示学习用于lncrna -疾病关联预测

基于深度信念网络的表示学习用于lncrna -疾病关联预测摘要介绍摘要在本文中,我们从lncRNA、疾病和miRNA的相互作用出发,提出了一种基于DBN(深度信念网络)的lncRNA-疾病关联预测模型(DBNLDA)。该体系结构包含三个主要模块:网络构建、基于DBN的特征学习和基于神经网络的预测。首先,我们构建了三个异质网络,如lncRNA-miRNA相似性(LMS)、疾病- mirna相似性(DMS)和lncrna -疾病关联(LDA)网络。通过相似网络的节点嵌入矩阵,通过两个基于DBN的子网网络分别

2021-04-23 09:46:21 1491 2

原创 js

小点\ 转义字符在字符串中换行,通过一个反斜杠\JavaScript 对象无法进行对比,比较两个 JavaScript 将始终返回 falselastIndexOf() 方法向后进行检索(从尾到头),这意味着:假如第二个参数是 50,则从位置 50 开始检索,直到字符串的起点。indexOf() 与 search()所有字符串方法都会返回新字符串。它们不会修改原始字符串。属性访问JavaScript 数值始终是 64 位的浮点数Infinity 无穷大\ 转义字符在字符串中换行,通过一个反斜杠\Jav

2021-04-23 09:45:40 69

原创 css

cssoutlineborder-collapse 属性outlineoutline (轮廓)是绘制于元素周围的一条线,位于边框边缘的外围,可起到突出元素的作用。border-collapse 属性设置表格的边框是否被合并为一个单一的边框,还是象在标准的 HTML 中那样分开显示。border-collapse: separate;border-collapse: collapse;...

2021-04-23 09:45:14 74

翻译 LncMirNet:基于核糖核酸序列深度学习预测LncRNA miRNA相互作用

LncMirNet: Predicting LncRNA miRNA Interaction Based on Deep Learning of Ribonucleic Acid Sequences摘要1 介绍2 材料与方法2.1 材料2.1.1 数据集2.1.2 构建正样本和负样本2.2 方法2.2.1 总体工作流程2.2.2 构造特征RNA序列的k-mer特征组成/转换/分布(CTD)特性doc2vec对RNA序列的分布式表示特征图嵌入方法表示RNA序列利用直方图- dd构造矩阵特征2.2.3 基于卷积

2021-04-23 09:44:41 2307

翻译 DTF:预测抗癌药物协同作用的深度张量分解

DTF: Deep Tensor Factorization for predicting anticancerdrug synergy摘要1 介绍2 材料与方法2.1 数据采集和预处理2.2 DTF:深张量因式分解2.2.1 符号2.2.2 张量分解算法2.2.3 CP-WOPTdrug synergy)摘要联合疗法已被广泛用于治疗癌症。然而,由于可能的药物组合数量庞大,实验筛选协同药物对需要大量的时间和成本。因此,计算方法已成为预测和优选协同药物对的重要方法。我们提出了一种深度张量因子分解(D

2021-04-23 09:44:06 1176

原创 jQuery下载安装

jQuery链接开始或链接开始或将下载好的jQuery资源包进行解压,将解压好的.js文件移动到自己的web项目js包里面。

2021-04-23 09:42:34 119

原创 matlab tensor toolbox 3.1的安装与测试(sptensor)

官网连接开始解压后复制文件tensor_toolbox-v3.1到matlab子文件里,改名为tensor_toolbox添加路径并测试

2021-04-22 15:29:42 1779

翻译 使用辅助信息进行张量分解

Tensor Factorization Using Auxiliary Information摘要介绍2 辅助信息张量补全问题2.1使用低秩分解的张量分析摘要现有的大多数张量(或多路阵列)分析方法仅假设要完成的张量等级较低。 但是,例如,当将它们应用于张量完成问题时,如果仅观察到有限的条目,则它们的预测精度往往会大大变差。 在本文中,除了低秩假设之外,我们还建议使用数据之间的关系作为辅助信息,以提高张量分解的质量。 我们介绍了两种使用从关系式导出的图拉普拉斯算子的正则化方法,并为近似解设计了迭代算法。

2021-03-21 17:37:45 903

翻译 DrugCom: Synergistic Discovery of Drug Combinations using Tensor Decomposition

DrugCom:药物×药物×疾病,利用耦合张量分解首先从药物(如化学结构)和疾病(如疾病表型)的多个数据源中构建一个初级三阶张量(即药物×药物×疾病)和几个相似矩阵。

2021-03-16 19:37:36 422 1

翻译 基于张量分解的药物重定位预测药物、靶点和疾病之间的关联

Predicting associations among drugs,targets and diseases by tensor decomposition for drug repositioningfrom BMC Bioinformatics摘要介绍**药物重定位三类方法**基于机器学习基于矩阵分解基于网络from BMC Bioinformatics摘要药物重定位:发现现有药物的新用途为目标我们构建并分解包含药物、靶标和疾病之间关联的三维张量,推导出反映这三种实体功能模式的潜在因子。大

2021-03-16 19:36:42 2845 2

原创 驱动基因的个性化优先排

PRODIGY:驱动程序的个性化优先级基因专有词汇分条列出读书笔记基因)专有词汇分条列出1、 topic 主题是什么(重要吗?)2、 theory 理论背景是什么(充分吗?)3、 issue 要研究的问题是什么(有趣吗?/有意义吗?)4、 hypothesis 研究假设是什么,推导的逻辑是什么(合理吗?)5、 study 求证的方法是什么(科学吗?)6、 result 主要的结...

2021-03-16 19:36:04 147

翻译 Reinforcement Learning to Optimize Long-term User Engagement in Recommender Systems

强化学习可优化推荐系统中的长期用户参与度摘要CCS概念关键词ACM参考格式:1 介绍2 相关工作2.1 传统推荐系统2.2 基于强化学习的推荐系统问题公式化3.1 提要流建议3.2 进料流的MDP配方摘要推荐系统在我们的日常生活中起着至关重要的作用。 Feed流机制已广泛用于推荐系统,尤其是在移动应用程序上。 提要流设置为用户提供了永无休止的提要中的交互式推荐方式。在这种情况下,良好的推荐系...

2021-03-16 19:35:02 606

翻译 张量分解的鲁棒图像哈希

Robust Image Hashing with Tensor Decomposition一算法步骤预处理构造张量张量分解计算图像哈希相似性实验摘要一多媒体哈希是从多媒体中提取出来的、基于内容的一种简洁表示。通过多媒体哈希算法可将任意的多媒体数据映射成一串短小的哈希序列。在实际应用中,用哈希序列来代表多媒体本身,能够有效降低多媒体数据的存储代价和多媒体相似计算的复杂度。一般而言,多媒体哈希必须满足两个基本条件,即鲁棒性和唯一性。鲁棒性指是即使两个多媒体的具体数据表示不同,如果它们在视觉上相同,那么它们

2021-03-16 19:33:12 580

翻译 Higher-Order Factorization Machines

高阶分解机器摘要介绍分解机器(FMs)二阶FMs摘要因式分解机(FMs)是一种有监督的学习方法,即使数据是高维的,也可以使用二阶特征组合。在本文中,我们提出了第一个训练任意阶HOFMs的通用而有效的算法。我们还提出了具有共享参数的HOFMs的新变种,这大大减少了模型大小和预测时间,同时保持相似的精度。我们在四个不同的链路预测任务上演示所建议的方法。介绍FMs的核心思想是利用低秩矩阵对特征组合的权值进行建模。好处:首先,FMs可以达到与多项式回归或核方法相当的经验精度,但对模型的评估更小、更快

2021-03-16 19:32:08 371

原创 FM

FM独热编码Logistic Regression(LR)poly2FM原文:https://blog.csdn.net/realnuannuan/article/details/93401214?locationNum=8&fps=1独热编码由FM引进的embedding思想将原始的高维稀疏数据嵌入为低维稠密特征.独热编码(one-hot encoding)后的总的特征数量为n=10,特征领域(field)为f=3,如。embedding后的每个领域(field)内的特征向量维度设为k=5

2021-03-16 19:31:37 96

原创 miRNA与 lncRNA的相互调控作用

miRNA与 lncRNA的相互调控作用在肿瘤 中的研究进展miRNAlncRNAmiRNA与 IncRNA 的相互调控作用对肿瘤的影响miRNAmiRNA在肺癌、乳腺癌和前列腺癌等多种肿瘤中较正常组织存在差异性表达,其机制包括:miRNA定位于癌症相关的基因组区域 (CAGR);miRNA表达的表观遗传调控;miRNA加工基因和蛋白质的发育异常。这些机制使 miRNA既可发挥诱癌作用 (例如:miR-21和 miR一345能引起转基因鼠模型肿瘤的发生),又可抑制肿瘤发生 (例如:缺失miR-15a/1

2021-03-16 19:28:18 10245 2

翻译 comboFM: leveraging multi-way interactions for systematic prediction of drug combination effects

comboFM摘要摘要我们提出了comboFM,一种机器学习框架,用于预测临床前研究中药物组合的反应,如基于细胞系或患者来源的细胞。comboFM通过高阶张量对细胞环境特定的药物相互作用进行建模,并使用强大的因子分解机器有效地学习张量的潜在因子。该方法使comboFM能够利用之前在类似药物和细胞上进行的实验的信息,预测新组合药物在迄今未测试的细胞中的反应;因此,尽管数据张量稀少,它仍然可以实现高度精确的预测。我们使用癌细胞株药物筛选的数据证明了comboFM在各种预测方案中的高预测性能。随后对一组之前未

2021-03-16 19:27:36 1051

翻译 PRODIGY: personalized prioritization of driver genes

PRODIGY:驱动程序的个性化优先级基因基因)#摘要##动机癌症的进化是由少数破坏细胞进程,导致异常增殖和肿瘤发展的体细胞突变驱动的,而大多数体细胞突变对进展没有影响。 区分那些驱动患者肿瘤发生的突变基因是癌症治疗的主要目标:对这些基因及其作用途径的了解可以阐明疾病的机制,并指明潜在的治疗方法和药物靶标。 当前的研究主要集中在队列水平的驱动基因识别上,但是患者特异性驱动基因的识别仍然是...

2021-03-16 19:16:50 513

翻译 论文读书笔记怎么写

论文读书笔记怎么写读书笔记的要求:    1、 topic 主题是什么(重要吗?)2、 theory 理论背景是什么(充分吗?)3、 issue 要研究的问题是什么(有趣吗?/有意义吗?)4、 hypothesis 研究假设是什么,推导的逻辑是什么(合理吗?)5、 study 求证的方法是什么(科学吗?)6、 result 主要的结果是什么(令人惊奇吗?surprise?)7、 e...

2020-04-24 09:19:28 443

原创 体细胞选择区分癌基因和抑癌基因

笔记知识点专有词汇驱动基因和乘客基因知识点专有词汇OGs:致癌基因TSGs:抑癌基因PG:乘客基因复发性错义突变:无义突变:移码突变:遗传漂移:荟萃分析:CpG位置:框内插入缺失和移码插入缺失突变:比例度量:突变热点:保护度:驱动基因和乘客基因1、 topic 主题是什么(重要吗?)体细胞选择区分癌基因和抑癌基因2、 theory 理论背景是什么(充分吗?)...

2020-04-24 09:16:32 1048

翻译 Somatic selection distinguishes oncogenes and tumor suppressor genes

体细胞选择区分癌基因和抑癌基因摘要动机癌症驱动基因的功能在不同的组织和器官中有很大的差异。区分每种癌症类型的乘客基因、致癌基因(OGs)和抑癌基因(TSGs)对于理解肿瘤生物学和确定临床可操作的靶点至关重要。虽然有许多计算工具可用来预测假定的癌症驱动基因,但用于OGs和tsg的上下文感知分类的资源是有限的。结果我们发现,蛋白质编码突变的体细胞选择方向和大小在乘客基因、OGs和tsg上存在...

2020-04-07 01:56:33 386

翻译 IFOS3D(一)

IFOS3D1 介绍1.1 全波形反演(FWI)目的方法从2D到3D1.2 IFOS3D概念目的方法2 理论与实践2.1 反演问题梯度法2.2 使用SOFI3D进行正向建模2.2.1 有限差异建模2.2.2 SOFI3D的其他特性2.3反转过程概述2.4梯度计算2.4.1单色场的提取2.4.2波场计算2.4.3时域和频域的梯度方程1 介绍1.1 全波形反演(FWI)目的最大程度地减少建模数...

2020-04-07 01:54:31 899

翻译 IFOS3D

IFOS3D1 介绍1.1 全波形反演(FWI)方法从2D到3D1.2 IFOS3D从SOFI3D到IFOS3D新的改变功能快捷键合理的创建标题,有助于目录的生成如何改变文本的样式插入链接与图片如何插入一段漂亮的代码片生成一个适合你的列表创建一个表格设定内容居中、居左、居右SmartyPants创建一个自定义列表如何创建一个注脚注释也是必不可少的KaTeX数学公式新的甘特图功能,丰富你的文章UML...

2020-04-02 19:38:29 228

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