细胞注释
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TOP生物信息
这个作者很懒,什么都没留下…
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【TOP生物信息】使用R包Symphony自动注释细胞类型
Symphony 最早发表于 2021 年 Nature Communications 杂志上的一篇文章,文章题目为"Efficient and precise single-cell reference atlas mapping with Symphony"。发表该文章的曾于 2019 年在 Nature Methods 杂志上发表单细胞数据整合算法Harmony。原创 2023-06-04 19:22:17 · 1788 阅读 · 1 评论 -
【TOP生物信息】使用Seurat包自带的方法进行单细胞类型注释
本次推文带来其中一种方法的演示,来自大家已经非常熟悉的Seurat包所自带的单细胞注释方法,该方法首次于2018年发表在Nature Biotechnology,题为《Integrating single-cell transcriptomic data across different conditions, technologies, and species》。原创 2023-05-28 20:00:00 · 2291 阅读 · 0 评论 -
【TOP生物信息】使用SingleR注释细胞类型
SingleR最早发表在2019年Nature Immunology杂志的一篇文章上,文章题目为"Reference-based analysis of lung single-cell sequencing reveals a transitional profibrotic macrophage"。截止至2023年3月10日,引用量已经达到了947。SingleR的基本原理是利用已知类型细胞的基因表达谱和单个细胞的基因表达谱的相关性进行细胞类型鉴定。原创 2023-05-13 20:05:41 · 2771 阅读 · 0 评论