单细胞分析实录(8): 展示marker基因的4种图形（一）

今天的内容讲讲单细胞文章中经常出现的展示细胞marker的图：tsne/umap图、热图、堆叠小提琴图、气泡图，每个图我都会用两种方法绘制。

使用的数据来自文献：Single-cell transcriptomics reveals regulators underlying immune cell diversity and immune subtypes associated with prognosis in nasopharyngeal carcinoma. 去年7月发表在Cell Research上的关于鼻咽癌的文章，数据下载：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE150430

髓系细胞数量相对少一些，为了方便演示，选它作为例子。

library(Seurat)
library(tidyverse)
library(harmony)
Myeloid=read.table("Myeloid_mat.txt",header = T,row.names = 1,sep = "\t",stringsAsFactors = F)
Myeloid_anno=read.table("Myeloid_anno.txt",header = T,sep = "\t",stringsAsFactors = F)

导入数据的时候需要注意一个地方：从cell ranger得到的矩阵，每一列的列名会在CB后面加上"-1"这个字符串，在R里面导入数据时，会自动转化为".1"，在做匹配的时候需要注意一下。我已经提前转换为"_1"

> summary(as.numeric(Myeloid["CD14",]))
Min. 1st Qu.  Median    Mean 3rd Qu.    Max. 
0.000   0.000   0.689   1.080   2.111   4.500
> summary(as.numeric(Myeloid["PTPRC",]))
Min. 1st Qu.  Median    Mean 3rd Qu.    Max. 
0.000   1.200   1.681   1.607   2.124   3.520