【单细胞高级绘图】近期代码更新 绘图代码交流群已经成立半年多了，群里的氛围，还算是不错的。通常群里的提问我都会尽量回答；大家对代码有啥建议，我也会优化。针对高级绘图系列中，大家讨论得比较多的几个代码近期进行了更新。
【TOP生物信息】基于Scanpy的单细胞数据质控、聚类、标注 「写在前面」Python作为一种高级编程语言，被广泛用于单细胞数据分析，有着以下的优势：「大量的生物信息学库：」 Python拥有大量的生物信息学库，如scikit-learn、scanpy[1]等，可以用于单细胞数据的预处理、聚类、可视化等。「可扩展性：」 Python的开放性和可扩展性使得它可以轻松集成其他的工具和库，例如Jupyter Notebook、PyTorch等，为单细胞研究提供了更多的分析工具和资源。
【TOP生物信息】使用R包Symphony自动注释细胞类型 Symphony 最早发表于 2021 年 Nature Communications 杂志上的一篇文章，文章题目为"Efficient and precise single-cell reference atlas mapping with Symphony"。发表该文章的曾于 2019 年在 Nature Methods 杂志上发表单细胞数据整合算法Harmony。
【TOP生物信息】使用Seurat包自带的方法进行单细胞类型注释 本次推文带来其中一种方法的演示，来自大家已经非常熟悉的Seurat包所自带的单细胞注释方法，该方法首次于2018年发表在Nature Biotechnology，题为《Integrating single-cell transcriptomic data across different conditions, technologies, and species》。
【TOP生物信息】CNS图表复现，单细胞marker基因展示的另一种方式——蜂巢图 Sten Linnarsson大神的单细胞绘图堪称极致美学，在这里，小编选择了发表在nature上展示marker基因的绘图进行复现。
【TOP生物信息】使用SingleR注释细胞类型 SingleR最早发表在2019年Nature Immunology杂志的一篇文章上，文章题目为"Reference-based analysis of lung single-cell sequencing reveals a transitional profibrotic macrophage"。截止至2023年3月10日，引用量已经达到了947。SingleR的基本原理是利用已知类型细胞的基因表达谱和单个细胞的基因表达谱的相关性进行细胞类型鉴定。
文献(8): 单细胞和空间分析揭示FAP+成纤维细胞和SPP1+巨噬细胞在结直肠癌中的相互作用 结直肠癌 (CRC) 是第三大最常见的恶性肿瘤（仅次于肺癌和乳腺癌），每年在全世界造成约 800,000 人死亡
推荐几个细胞注释网站 细胞注释是单细胞分析中很关键的环节，初期会比较痛苦，做多了才会悟出一些规律。我公众号早期写过几篇细胞注释相关的帖子：单细胞分析实录(7): 差异表达分析/细胞类型注释SingleR如何使用自定义的参考集除了写代码，我其实也用过三个不错的网站去辅助单细胞数据的注释，自己用了很长时间，觉得确实不错，所以想推荐给大家。不包含CellMarker，主要是我个人觉得它不好用，经常输入一个marker，会出来好几种细胞类型，让人很难选择（也可能是我的用错了？）。比如我输入一个CPA3，它会显示：如果不
【单细胞高级绘图】10.KEGG富集结果的圆圈图 本次教程的figure仍然是读者求助的图，算得上是kegg富集图的新流派。据我的调查，该图应该是基迪奥云平台首创(https://www.omicshare.com/tools/Home/Soft/enrich_circle)，之后公众号小白鱼的生统笔记进行了复现(仿一个网图，使用circlize包绘制圈图可视化基因集富集分析结果)。最开始也是跟着上述的帖子学习，之后自己对代码进行了改写，重新安排图形的布局，使之（在我看来）更有意义。另一个改动是增加了kegg pathway的注释信息，我在之前的帖子中
【单细胞高级绘图】08.细胞通讯_两组比较_气泡图 细胞通讯分析，我很早之前就写过，当时详细介绍了CellPhoneDB的原理、实操、可视化。单细胞分析实录(18): 基于CellPhoneDB的细胞通讯分析及可视化 (上篇)单细胞分析实录(19): 基于CellPhoneDB的细胞通讯分析及可视化 (下篇)今天说的这个问题还是很常见的：「在进行细胞通讯分析之后，如何比较两组的受配体对的差异？」 如果你的数据包含两个以上的组别，大概率是要做这个事情的。CellPhoneDB这个软件很简单(这也是用得多的原因)，在几组数据分别运行之后，是不能直接比较的
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