文献解读
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这个作者很懒,什么都没留下…
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【空间&单细胞组学】第2期:乳腺癌患者经anti-PD1治疗后,肿瘤内变化的单细胞图谱
这周的文献分享,jw给大家讲解了一篇和治疗相关的单细胞文献,内容为:乳腺癌患者经过anti-PD1治疗后,肿瘤内变化的单细胞图谱。视频已同步到B站:讲解很细致,大家可以移步B站学习。下文结合jw的讲解和原文内容,简单介绍一下背景前期相关研究已经表明,乳腺癌患者接受免疫治疗后,整体上可以得到一定缓解和延长生存。尽管如此,还是有一部分人没有响应。是否有一些潜在机制或者标志物可以预测治疗响应,显得十分重要,这也是这篇文章的目的。PD1、PD-L1、淋巴细胞浸润、TMB等等这些都是已知的标志物,此外.原创 2022-07-08 21:30:11 · 309 阅读 · 0 评论 -
【空间&单细胞组学】第2期:联合单细胞和bulk转录组鉴定了结直肠癌中两种上皮肿瘤细胞状态,并完善了CMS分型
这次的文献分享,dy讲解的文献标题为:联合单细胞和bulk转录组鉴定了结直肠癌中两种上皮肿瘤细胞状态,并完善了CMS分型。(Single-cell and bulk transcriptome sequencing identifies two epithelial tumor cell states and refines the consensus molecular classification of colorectal cancer)我读第2遍的时候,才有点懂这篇文章的创新点,其实就是构思了.原创 2022-07-08 21:30:46 · 628 阅读 · 0 评论 -
【空间&单细胞组学】第1期:单细胞结合空间转录组研究PDAC肿瘤微环境
❝6.19那天我在公粽号发布了创建「空间&单细胞组学文献学习小组」的帖子,同时出了几个思考题。因为人数有所控制,最终的小组成员只确定了9位,还有十多位联系我的朋友,没有赶上这次的班车,向你们「表示歉意」。以后如果有其他小组,我会再通知大家。学习小组的教程、视频等等以后都会在「公粽号发布」,大家可以关注一下。❞上周日,小组进行了第1期分享,由TOP菌和Jeffery主讲,分别介绍了:2020年单细胞结合空间转录组研究PDAC肿瘤微环境的论文science最新发表的单细胞空间代谢组学技术本篇原创 2022-06-28 11:48:39 · 880 阅读 · 0 评论 -
文献(8): 单细胞和空间分析揭示FAP+成纤维细胞和SPP1+巨噬细胞在结直肠癌中的相互作用
结直肠癌 (CRC) 是第三大最常见的恶性肿瘤(仅次于肺癌和乳腺癌),每年在全世界造成约 800,000 人死亡原创 2023-02-07 17:58:59 · 971 阅读 · 0 评论 -
文献(7): 在非小细胞肺癌中,浆细胞signature可用于PD-L1免疫治疗的响应预测
到今天为止,几乎所有的肿瘤类型都已经发表了对应的单细胞图谱。肿瘤单细胞转录组还有必要做吗?还能做出新意吗?今天分享的这篇文献给出了答案:和免疫治疗结合是不错的点。除了文献整体思路可借鉴程度高,在分析层面也有很值得参考的细节(比如找亚群特异基因、单细胞结合bulk转录组),我会在下文重点标注。这篇文献最近发表于cancer cell上面,文献标题:Intratumoral plasma cells predict outcomes to PD-L1 blockade in non-small cell.原创 2022-03-18 19:24:56 · 798 阅读 · 0 评论 -
文献(5): 单细胞转录组揭示人类纤维化皮肤病中成纤维细胞的异质性
一句话评价:小样本量单细胞转录组在冷门疾病领域应用前景尚可,常规套路也能发NC1. Title标题可以看出本研究的主要内容:①构建成纤维细胞的图谱/揭示成纤维细胞的异质性;②找到一群(相对于正常样本)在纤维化皮肤病中含量升高的间充质成纤维细胞2. Background纤维化的特点是成纤维细胞增殖、迁移、侵袭能力增加以及胞外基质 (ECM) 的过度积累,在全球范围内都有较高的发病率和死亡率。 纤维化皮肤病主要是 ECM 在真皮中积累纤维化可影响任何器官,导致进行性组织瘢痕形成和器官功能障碍.原创 2021-10-23 01:24:20 · 552 阅读 · 0 评论 -
文献(4): Nature子刊_晚期非小细胞肺癌的单细胞图谱
今天介绍的这一篇文献[Ref1],发表在NC上,中规中矩,分析内容很全面也很常见(话说,NC上面好多这种描述性的单细胞文章)。下面我会简单介绍一下文献内容,涉及到以下内容,大家可能会感兴趣:这篇文章是如何鉴定肿瘤细胞的?(我之前专门写过一篇推文讲这个)肿瘤细胞和非肿瘤细胞一起降维聚类时,需不需要去批次?肿瘤细胞的异质性可以从哪几个角度说明?肿瘤细胞的拟时序/轨迹分析怎么做?monocle2的经典图怎么看?细胞通讯分析怎么做?有哪些经典的受配体对?后台回复20210528获取完整P.原创 2021-05-29 11:30:48 · 1049 阅读 · 0 评论 -
文献(2): 综述_癌症相关成纤维细胞(CAF)的异质性【建议收藏】
上一个单细胞课题做了一些关于CAF的工作,当时就参考了这一篇综述。细胞亚群的解读算是单细胞课题中耗时耗力的内容,非免疫细胞更是如此,因为非免疫细胞的文献比免疫细胞少多了。这一篇综述系统总结了2020年之前单细胞领域CAF的一些工作,值得仔细读读。我个人觉得CAF是TME里面比较有趣的一块内容,欢迎大家在公众号后台留言交流呀~如果需要文献原文和翻译,可在后台直接回复20210309摘要尽管近几十年来癌症治疗取得了显著进展,但晚期癌症的预后仍然很差。传统的以肿瘤细胞为中心的观点只能解释部分癌症进展,因.原创 2021-03-09 16:00:27 · 6951 阅读 · 0 评论