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RSS订阅原创 Miniconda HTTP 000 connection（改镜像源失效）
windows子系统的Ubuntu，安装新环境时出现HTTP 000更改 miniconda 安装的文件和目录权限sudo chmod -R 777 /opt/miniconda3成功
2022-03-10 11:35:58
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原创 【阅读笔记】分子动力学模拟理论
第一章-分子模拟概况量子力学方法(QM)精确但十分缓慢适用于简单分子。分子力学方法(MM)简单快速，在部分情况下也能获得和量子力学方法一致的结果。第二章-力场简单数学表达的势能函数被称为力场。总势能=非键结合势能+（键收缩势能+键角弯曲势能+二面角扭曲势能+离平面震动势能）+库伦静电势=LJ势能（van der Waals force）+键能+库伦静电势势能函数由常数、距离（r，Δr）、和角度（键角和二面角）组成，是距离和角度的函数。力场的参数由理论计算、实验数据或者量子
2022-03-01 21:12:07
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原创 【读文献】SARS-COV-2肽抑制剂综述
原文：Peptide and peptide-based inhibitors of SARS-CoV-2 entry摘要：1. 总结了抑制SARS-CoV-2进入的肽的现状2. 概述了用于设计靶向ACE2受体或病毒棘突蛋白及其激活蛋白酶furin、跨膜丝氨酸蛋白酶2（TMPRSS2）或组织蛋白酶L的肽的方法3. 介绍了用于对抗相关病毒（如SARS-CoV-1）的方法，这些病毒可能用于抑制SARS-CoV-2感染INTRODUCTION肽和肽基抑制剂的优势：肽可能比小分子药物更有
2022-01-20 15:52:47
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原创 分子动力学模拟计算新冠病毒S蛋白和抗体结合自由能
参照教程,为了适合S蛋白和抗体，对原教程进行了大量适用性修改，得到结果不保证准确性（甚至是错误的），但好在流程走通，得到了一个数据。伞形采样(Umbrella Sampling)http://www.mdtutorials.com/gmx/umbrella/index.html...
2021-11-25 17:29:52
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原创 Gromacs 伞形采样
GROMACS教程：伞形采样|Jerkwin参考教程如下，准备计算蛋白质结合的自由能。GROMACS教程：伞形采样|Jerkwin新建文件夹 opt/work5 做为计算文件夹第一步: 准备拓扑文件下载2BEG文件，放在work5文件夹，重命名为input.pdbpymol里看起来是这样的，Pymol可以官网免费下载教育版。先改文件夹权限，方便后面不会permission deniedsudo chmod 777 -R /opt/work5使用gmx pdb2..
2021-11-21 18:02:35
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转载 Gromacs学习记录-漏斗网蜘蛛毒素肽的溶剂化研究
学习 教程GROMACS教程：漏斗网蜘蛛毒素肽的溶剂化研究：Amber99SB-ILDN力场|Jerkwin (coding-pages.com)http://t066v5.coding-pages.com/GMX/GMXtut-0/#%E5%88%86%E5%AD%90%E5%8A%A8%E5%8A%9B%E5%AD%A6%E6%A8%A1%E6%8B%9F完全按教程进行，不同的地方进行了加粗1.在/opt/work1 进行下载文件：wget http://www.rcsb.org/pdb/.
2021-11-07 14:14:28
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空空如也
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