GROMACS教程:伞形采样|Jerkwin参考教程如下,准备计算蛋白质结合的自由能。
新建文件夹 opt/work5 做为计算文件夹
第一步: 准备拓扑文件
下载2BEG文件,放在work5文件夹,重命名为input.pdb
pymol里看起来是这样的,Pymol可以官网免费下载教育版。
先改文件夹权限,方便后面不会permission denied
sudo chmod 777 -R /opt/work5
使用gmx pdb2gmx
处理结构:
gmx pdb2gmx -f input.pdb -ignh -ter -o complex.gro
选水模型 选1
选N端 选2
下一个选 COO-
会选很多次,选错会报错。
现在的文件
在topol_Protein_chain_B.itp
文件的末尾加上下面几行:
#ifdef POSRES_B
#include "posre_Protein_chain_B.itp"
#endif
看一下complex文件
第二步: 定义单元晶胞