Gromacs 伞形采样

GROMACS教程：伞形采样|Jerkwin参考教程如下，准备计算蛋白质结合的自由能。

 

GROMACS教程：伞形采样|Jerkwin

新建文件夹 opt/work5 做为计算文件夹

第一步: 准备拓扑文件

下载2BEG文件，放在work5文件夹，重命名为input.pdb

 pymol里看起来是这样的，Pymol可以官网免费下载教育版。

先改文件夹权限，方便后面不会permission denied

sudo chmod 777 -R /opt/work5

使用gmx pdb2gmx处理结构: 

 gmx pdb2gmx -f input.pdb -ignh -ter -o complex.gro

选水模型 选1

选N端 选2

下一个选 COO-

会选很多次，选错会报错。

现在的文件

在topol_Protein_chain_B.itp文件的末尾加上下面几行:

#ifdef POSRES_B
#include "posre_Protein_chain_B.itp"
#endif

看一下complex文件

 第二步: 定义单元晶胞

 gmx editconf -f complex.gro -o newbox.gro -center 3.280 2.181 2.4775 -box 6.560 4.362 12

第三步: 添加溶剂和离子

gmx solvate -cp newbox.gro -cs spc216.gro -o solv.gro -p topol.top

加完溶液的样子

 添加离子 使用ions.mdp文件

; ions.mdp - used as input into grompp to generate ions