先讲原理：
前三项是标准的键能项（MM，包括键，角，和二面角的变化引起的能量变化、库伦势、范德瓦尔斯相互作用），Gpol和Gnp是溶剂化自由能的极性和非极性贡献。Gpol通常通过求解PB方程或使用广义Born（GB）模型获得，而非极性项通过与溶剂可及表面积（SASA）的线性关系进行估计。最后一项是绝对温度T乘以熵S，通过振动频率的正常模式分析进行估计。
Gpol
周围的水，电解质会对盒子内的蛋白质原子电荷做出反应，涉及到的就是溶剂的极性部分贡献。
泊松-玻尔兹曼方程 （英语：Poisson- Boltzmann Equation)是用来计算电解质溶液中离子浓度和电荷密度分布的一个微分方程。PB方程长这样，求解方程可以得到溶剂对蛋白质分子的自由能贡献的极性部分。
是一个非线性偏微分方程，很难解，一般采用数值解法，APBS就是可以解这个方程的软件。
近似解法是在稀溶液中，进行下面展开近似，
得到德拜－休克尔方程
是线性方程，更容易解。所以在稀溶液中，德拜－休克尔方程对于泊松－玻尔兹曼方程而言是很好的近似。
个人理解影响这一部分主要的参
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