fanc

本文介绍了一个Shell脚本示例,用于在特定目录下执行基因组数据处理任务,包括设置环境变量,调用特定的生物信息学工具进行FASTQ文件处理和基因组比对。

摘要生成于 C知道 ,由 DeepSeek-R1 满血版支持, 前往体验 >

#!/bin/bash                 
#
#$ -cwd                     
#$ -S /bin/bash             
#$ -l p=10  

cd /data/zhangyong/yyp/yypold/hic/hdf5-build/examples
export PATH=$PATH:~/miniconda3/envs/hic37/bin

export PATH=$PATH:~/miniconda3/envs/hic37/bin

fanc auto SRR4271982_chr18_19_1.fastq.gzip SRR4271982_chr18_19_2.fastq.gzip \
          ./example_output/ -i bwa-index/hg19_chr18_19.fa \
          -g hg19_chr18_19_re_fragments.bed

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