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最新推荐文章于 2024-10-11 07:25:36 发布

qq_39306047

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分类专栏： Linux

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本文介绍了一个Shell脚本示例，用于在特定目录下执行基因组数据处理任务，包括设置环境变量，调用特定的生物信息学工具进行FASTQ文件处理和基因组比对。

摘要生成于 C知道，由 DeepSeek-R1 满血版支持，前往体验 >

#!/bin/bash
#
#$ -cwd
#$ -S /bin/bash
#$ -l p=10

cd /data/zhangyong/yyp/yypold/hic/hdf5-build/examples
export PATH=$PATH:~/miniconda3/envs/hic37/bin

export PATH=$PATH:~/miniconda3/envs/hic37/bin

fanc auto SRR4271982_chr18_19_1.fastq.gzip SRR4271982_chr18_19_2.fastq.gzip \
./example_output/ -i bwa-index/hg19_chr18_19.fa \
-g hg19_chr18_19_re_fragments.bed

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