fanc

#!/bin/bash                 
#
#$ -cwd                     
#$ -S /bin/bash             
#$ -l p=10  

cd /data/zhangyong/yyp/yypold/hic/hdf5-build/examples
export PATH=$PATH:~/miniconda3/envs/hic37/bin

export PATH=$PATH:~/miniconda3/envs/hic37/bin

fanc auto SRR4271982_chr18_19_1.fastq.gzip SRR4271982_chr18_19_2.fastq.gzip \
          ./example_output/ -i bwa-index/hg19_chr18_19.fa \
          -g hg19_chr18_19_re_fragments.bed