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Linux
文章平均质量分 60
qq_39306047
这个作者很懒,什么都没留下…
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docker的conda环境中安装mindspore(CPU版本?)
华为mindspore安装原创 2022-11-11 13:19:02 · 807 阅读 · 0 评论 -
mysql安装development
mysql安装development_如何正确安装MySQL Development版本?及配合PyMySQL工作所以按要求安装Visual Studio 2015、2017或者2019(我安装的是vs 2019,下载地址是:https://visualstudio.microsoft.com/zh-hans/downloads/)同时,要注意在安装Visual Studio,一定要在同时安装“数据存储和处理”组件,可以不勾选红色框,不然安装包会很大(同时,为了避免出现不必要的问题,我的安装路径是默认路原创 2022-02-19 15:22:14 · 689 阅读 · 0 评论 -
ubuntu20.10报错问题
ubuntu20.10报错问题container error: cgroup subsystem devices not foundhttps://blog.csdn.net/Raink_LH/article/details/109595717https://cloud.tencent.com/developer/article/1853467https://blog.csdn.net/qq_38747027/article/details/120817248https://www.jianshu原创 2021-12-25 11:41:03 · 1377 阅读 · 0 评论 -
outSAMattributes NH HI AS nM CR CY UR UY
注意–outSAMattributes ALL指输出所有tag,如:NH:i:1 HI:i:1 AS:i:202 nM:i:3 NM:i:2 MD:Z:57T14C32 jM:B:c,-1 jI:B:i,-1 MC:Z:45S105M默认情况下(指不加该参数)只有: NH:i:1 HI:i:1 AS:i:292 nM:i:3 这几个(好像是,待验证),也可以指定只输出哪几个。因为有些下游分析软件会要求bam中药有NM才能统计。作者:巴拉巴拉11链接:https://www.jianshu.com/p/原创 2021-12-13 21:09:49 · 464 阅读 · 0 评论 -
Ubuntu系统安装ghostscript seq2logo
Ubuntu系统安装ghostscript seq2logo(py2) zhul@DESKTOP-574GPKI:/mnt/e/yyp/data/newclean$ conda install ghostscriptghostscript(以下简称gs)是Ubuntu系统下查看GMT生成的ps、eps格式图片文件的软件,利用源码安装的方式介绍如下:首先,要在Github上下载gs最新的源码,网站为: https://github.com/ArtifexSoftware/ghostpdl-downloa原创 2021-12-07 19:10:42 · 1136 阅读 · 0 评论 -
picard报错的问题
picard报错的问题parallel --will-cite --jobs 2 --delay 0.5 'picard MarkDuplicatesINPUT={}OUTPUT={.}.rmdupMETRICS_FILE={.}.dups.logREMOVE_DUPLICATES=trueBARCODE_TAG=RGTMP_DIR=/mnt/f/temp/ ’ ::: SubBarcodes.Name.Name.Name.Species.*.bam#####失败报错 Name的问题Nam原创 2021-10-31 20:02:31 · 2491 阅读 · 2 评论 -
wsl转wsl2与局域网内网访问填坑
wsl转wsl2与局域网内网访问填坑 https://www.cnblogs.com/allen167/p/14775844.html原创 2021-10-27 17:09:23 · 796 阅读 · 0 评论 -
全外显子测序
全外显子测序 https://www.jianshu.com/p/3a146573a239原创 2021-06-17 19:27:22 · 654 阅读 · 0 评论 -
学习资源Gwas
CaseIS0a017f15-1c6b-45e7-8d55-e0a71df1b2e8ANDData CategoryISTranscriptome Profilinghttps://portal.gdc.cancer.gov/auth/api/data?annotations=true&related_files=trueGWAS数据分析专题https://mp.weixin.qq.com/s?src=11×tamp=1623895271&ver=3135原创 2021-06-17 11:58:13 · 178 阅读 · 0 评论 -
shell脚本中单行或多行注释(屏蔽)方法
shell脚本中单行或多行注释(屏蔽)方法方法二:<<eof被注释的多行内容eofhttps://blog.csdn.net/u014472548/article/details/88977287?ops_request_misc=%257B%2522request%255Fid%2522%253A%2522162304475016780271510613%2522%252C%2522scm%2522%253A%252220140713.130102334…%2522%257D&原创 2021-06-07 13:52:15 · 534 阅读 · 0 评论 -
用wsl版本1的同步固定ip远程登录
用wsl版本1的同步固定ip远程登录wsl2是windows内置的linux子系统,安装步骤如下:1.Win10 版本号为 2004(内部版本19041或更高)即可,如果低于此版本可使用 Windows 10 易升工具手动升级。下载 Windows 10 易升工具:https://www.microsoft.com/zh-cn/software-download/windows10如果之前没有用过 WSL,那么首先需要为Linux启用Windows子系统:dism.exe /online /e原创 2021-06-04 16:18:19 · 618 阅读 · 0 评论 -
wls2 与宿主机的ip不在同一网段的问题
wls2 与宿主机的ip不在同一网段的问题总结:1、当wsl2的ip为172开头的网段,宿主机为192开头的时候。主机可以访问wsl2,wls2由于防火墙不能访问宿主机的ip2、当上面的ip不是同一网段在局域网时候,wls2(172)不能之间连同另外一台主机的wls2(172开头)。但是另外一台主机的wls2ip也是192开头,则可以单向连同。所以综上所述,只有wls2的ip跟主机的ip都在同一网段,才能互相连通。sudo ifconfig eth0 172.20.121.18 netmask 255原创 2021-06-03 20:19:47 · 9420 阅读 · 3 评论 -
含spike-in的单细胞分析
含spike-in的单细胞分析#需要格外注意的一点是:如果实验设计中加入的spike-in #transcripts(比如ERCC),在比对时一定要将这些参考序列加入到我们的参考基因组中,再进行比对。否则可以理解加了也是白加。#数据包,提供很多示例scRNA-seq表达矩阵信息https://www.jianshu.com/p/a70c831c95f5$ head fastqid.txtftp.sra.ebi.ac.uk/vol1/fastq/SRR679/001/SRR6790711/SRR67原创 2021-06-03 14:10:35 · 2580 阅读 · 0 评论 -
复现单细胞
复现单细胞https://www.jianshu.com/p/009f67e057cahttps://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE137869原创 2021-06-01 17:18:39 · 425 阅读 · 0 评论 -
docker run -it -v
ls *.bam1 | while read i ;do (i=$(basename $i “.bam1”);echo ${i}.bam1 ${i}.rmdup.bam ${i});donels *.bam1 | while read i ;do (i=$(basename i".bam1");picardMarkDuplicatesINPUT=i ".bam1");picard MarkDuplicates INPUT=i".bam1");picardMarkDuplicatesINPUT={原创 2021-05-26 14:13:39 · 2339 阅读 · 0 评论 -
有效解决CondaHTTPError: HTTP 000 CONNECTION FAILED for url问题
有效解决CondaHTTPError: HTTP 000 CONNECTION FAILED for url问题核对 “.condarc” 文件sudo vim ~/.condarc我这里是将前面的https更改为了httpchannels:http://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free/http://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/main/defaults1234原创 2021-05-19 09:42:31 · 327 阅读 · 0 评论 -
安装coopup
conda env list109 pip install https://github.com/open2c/coolpuppy/archive/master.zip110 pip install Cython111 pip install https://github.com/open2c/coolpuppy/archive/master.zip112 pip install numpy113 pip install https://github.com/open2c/coolpup原创 2021-05-18 00:39:40 · 225 阅读 · 0 评论 -
scp和rsync
#从新下载 下载完才覆盖原来已有scp zhangyong@13:/datM_BL-HiC_Rep2/hic_results/data/MKO_DM_BL-HiC_Rep2/MKO_DM_BL-HiC_Rep2_mm9.bwt2pairs.DEPairs /mnt/d/myodvalid/####u参数同步,不覆盖已有文件,会跳过!rsync -avzut --progress zhangyong@223.113:/dat/MKODM_data/MKO_DM_BL-HiC_Rep2/hic_resu原创 2021-05-11 10:58:24 · 143 阅读 · 0 评论 -
Cannot uninstall ‘dill‘. It is a distutils installed project and thus we cannot accurately determine
pip install https://github.com/open2c/coolpuppy/archive/master.zipERROR: Cannot uninstall ‘dill’. It is a distutils installed project and thus we cannot accurately determine which files belong to it which would lead to only a partial uninstall.(py36) [zh原创 2021-05-06 16:12:58 · 224 阅读 · 0 评论 -
bed12tobed6
bed12tobed6#convert2bed#convert2bed --input=gtf [–output=fmt] [options] < input > output#sort -k 1,1 -k 4,4n gencode.vM1.annotation.gtf > gencode.vM1.annotation.sort.gtf#convert2bed -i gtf < gencode.vM1.annotation.sort.gtf > mm9.sorted.b原创 2021-05-04 11:30:12 · 702 阅读 · 0 评论 -
官方网站下载conda包并本地安装
官方网站下载conda包并本地安装https://anaconda.org/bioconda/coolbox/files?cf_chl_jschl_tk=0cc583559f512202651e780fb4c53e9f426a94cc-1619758142-0-Ae1dmZJ4U2ecfvgYvUnOhnB-QCRjUANxX4TAjnCraMrIPnGTGlZ9wTW5xPdFg9h02e32F0I9S0GDqDKBLLO7jKM3J2xIL3yMvN9H6JHgF3anJKJNpSkWyFW-6KPr原创 2021-04-30 13:08:18 · 842 阅读 · 0 评论 -
java 版本
更新juicertools的jde支持(base) [fdfdf@cluster WT_DM_merge]$ JUICER=/data/fdfdf/juicer/scripts/common/(base) [fdfdf@cluster WT_DM_merge]$ java -jar ${JUICER}/juicer_tools122.jar apaException in thread “main” java.lang.UnsupportedClassVersionError: juicebox/to原创 2021-04-18 14:10:00 · 624 阅读 · 0 评论 -
frp 进行内网穿透Sambamba 去除重复
通过 frp 进行内网穿透并实现Rstudio server远程访问https://www.jianshu.com/p/52956240685bSambamba 去除重复工具https://www.jianshu.com/p/18fc84d4fbba原创 2021-04-14 13:49:24 · 341 阅读 · 0 评论 -
dump
dump expected KR(期望,平均的矩阵)dump norm KRdump observed NONE(观测的矩阵)dump norm VC (dump the VC normalization vector)dump oe NONE ( dump the O/E matrix with no normalization。观测除以期望的矩阵)dump domainsThe “dump” command for matrices takes 8 arguments and produce原创 2021-04-12 14:59:29 · 176 阅读 · 0 评论 -
WSL2(子系统)开机启动配置与固定ip
Windows中的WSL2(子系统)开机启动配置https://blog.csdn.net/hiqiming/article/details/105244147?utm_medium=distribute.pc_relevant.none-task-blog-2%7Edefault%7EBlogCommendFromBaidu%7Edefault-6.control&dist_request_id=1328769.82132.16177855941243535&depth_1-utm_so原创 2021-04-07 16:55:56 · 2922 阅读 · 0 评论 -
ubuntu 基于 docker 搭建 hadoop 3.2 集群【成功】
ubuntu 基于 docker 搭建 hadoop 3.2 集群【成功】https://blog.csdn.net/itnerd/article/details/105362967?ops_request_misc=%257B%2522request%255Fid%2522%253A%2522161700559816780274196129%2522%252C%2522scm%2522%253A%252220140713.130102334.pc%255Fall.%2522%257D&reques原创 2021-03-29 16:15:15 · 165 阅读 · 0 评论 -
远程之间传文件夹
远程之间传文件夹scp -r -P999 /data/z8ng/y8/yy8ld/h8c/18ic/X18J007/H8andata/cs f8g@18.41:/d83/fe8ng/t8/M8/原创 2021-03-26 10:47:08 · 128 阅读 · 0 评论 -
归纳:bam去重
####rmdup一般已经过时,一般不要用这个方法!picardPicard也是一款去重的软件,只不过要用Java来启动它,所以你的服务器上要安装Java下载地址:https://github.com/broadinstitute/picard/releases/tag/2.21.6选择第一个,直接下载就可以用了但是利用picard去重所用的sam文件或者bam文件是需要加header的,如果你的文件没有,我们可以用samtools加个表头:#加headersamtools view -Sb原创 2021-03-10 11:29:07 · 2594 阅读 · 1 评论 -
samtools及bam文件的相关知识
samtools及bam文件的相关知识如果flag值是0,那么说明测序为单端测序且这条read是primary line,一般是该read的最佳比对。这里说一下secondary alignment和supplementary alignment的区别,secondary alignment代表的是该条read比对到多个位置,该条记录为次优比对,在双端测序中,代表hardclip,而supplementary alignment标记为该条比对记录为该read的补充比对记录,关于补充比对记录其实就是上文提原创 2021-03-09 22:00:05 · 2954 阅读 · 0 评论 -
在win10的ubuntu子系统下(WSL)对于新插入硬盘的挂载方法
在win10的ubuntu子系统下(WSL)对于新插入硬盘的挂载方法应用场景操作步骤应用场景WSL想使用移动硬盘里面的一些数据,结果进去了/mnt却无法ls到移动硬盘,或者发现了移动硬盘符,却没有相应的数据。操作步骤假设你的移动硬盘在windows下显示为 E:\新建文件夹e(如果/mnt下没有e的话)sudo mkdir /mnt/e挂载e盘sudo mount -t drvfs E: /mnt/esudo mount -t drvfs D: /mnt/d弹出移动硬盘sudo u原创 2021-03-09 16:53:28 · 991 阅读 · 0 评论 -
pheat
#!/bin/bash#$ -cwd#$ -S /bin/bash#$ -l p=10export PATH=$PATH:~/miniconda3/envs/rna/bincd /data/zhangyong/yyp/yypold/myod_project/data/chip26_77/wt_myodmkdir output#ls *.merge.bam |xargs -i samtools index {}#bamCoverage --normalizeUsing RPKM -b $i原创 2021-03-07 12:23:46 · 304 阅读 · 0 评论 -
hisat2构建转录组索引的问题
hisat2构建转录组索引的问题目前最新版为为hisat2. 安装过程如下wget ftp://ftp.ccb.jhu.edu/pub/infphilo/hisat2/downloads/hisat2-2.1.0-Linux_x86_64.zipunzip hisat2-2.1.0-Linux_x86_64.zip下载解压缩即可。在进行比对前,首先需要对参考基因组建立索引, 基本用法如下hisat2-build -p 20 hg19.fa hg19对于转录组数据,在构建索引时,可以通过gt原创 2021-03-05 20:26:33 · 8266 阅读 · 1 评论 -
FPKM计算
FPKM计算1有时候用gtf提取和计算取基因长度时候,很多基因的名字是一样的,就是同一个基因有不同长度分别计算fpkm然后家和取平均值(对?)。2htseq计算counts的时候,定量出来的某些基因名称在gtf文件上找不不到,这样fpkm基因的数量比read count的基因数量少一点https://www.jianshu.com/p/5b9aa8ec8cc7https://www.jianshu.com/p/49f2030e937chttps://www.jianshu.com/p/b5c35原创 2021-03-04 15:46:36 · 4300 阅读 · 1 评论 -
RNAseq需要标准化的原因(长度和深度):
需要标准化的原因:样本内:相对定量而不是绝对定量:仅表示在35次抽样中,B基因抽样到了20次,(而不是其表达了20次。也不能说其会比geneA表达量高,因为基因的长度不同,所以落到基因上的reads数量也不同)样本件:不同样本的测序深度也是不同的,测序深度更深的会得到更多的reads。故,需要标准化。对基因长度和测序深度的不同进行标准化。PKM 流程gene长度标准化(真实转录序列的长度,不考虑可变剪接情况)测序深度标准化(除以每个样品总的reads数目,能够比对到参考序列上的reads数目):原创 2021-02-26 15:40:30 · 1290 阅读 · 0 评论 -
only use good-quality or uniquely-mapped reads your bam files
only use good-quality or uniquely-mapped reads your bam filesjava -jar picard.jar MarkDuplicates I=input.bam O=rmdup.bam M=rmdup_metrics.txtCREATE_INDEX=true ASSUME_SORTED=false REMOVE_DUPLICATES=true"samtools view -hb -q 1 rmdup.bam > rmdupq1.原创 2021-02-25 11:26:46 · 662 阅读 · 0 评论 -
bdg2bw(macs2的peak要修正坐标)
bdg2bw(macs2的peak要修正坐标)Run MACS2 combining replicates.You don’t need to use “samtools merge”, just$ macs2 callpeak -t H3K36me1_EE_rep1.bam H3K36me1_EE_rep2.bam -c Input_EE_rep1.bam Input_EE_rep2.bam -B --nomodel --extsize 147 --SPMR -g ce -n H3K36me1_EE原创 2021-02-24 15:37:08 · 2773 阅读 · 0 评论 -
combining replicates(bam)
Run MACS2 combining replicates.You don’t need to use “samtools merge”, just$ macs2 callpeak -t H3K36me1_EE_rep1.bam H3K36me1_EE_rep2.bam -c Input_EE_rep1.bam Input_EE_rep2.bam -B --nomodel --extsize 147 --SPMR -g ce -n H3K36me1_EEhttps://www.sogou.com/l原创 2021-02-23 14:38:51 · 120 阅读 · 0 评论 -
NGS可变剪切之STAR+rmats软件使用
NGS可变剪切之STAR+rmats软件使用https://cloud.tencent.com/developer/article/1587437原创 2021-01-18 11:08:07 · 804 阅读 · 0 评论 -
修改Docker Desktop Installer的镜像
修改Docker Desktop Installer的镜像{“experimental”: false,“debug”: true,“registry-mirrors”: [“https://xxxxxx.mirror.aliyuncs.com”,“http://hub-mirror.c.163.com”]}原创 2021-01-17 21:31:10 · 294 阅读 · 0 评论 -
WSL2 安装 Docker
WSL2 安装 Docker方式一:Docker Desktop+WSL2 运行 DockerDocker Desktop 将 Docker CE、Docker Compose、Kubernets 等软件整合在了一起进行安装,省去了一一安装的烦恼。Docker Daemon 由于是安装在宿主机上的,因此可以直接使用宿主机的网卡信息对容器进行访问。下载安装Docker Desktop运行 Docker,可以让你在Windows中方便的管理配置DockerDocker for Windows:http原创 2021-01-17 15:48:42 · 2091 阅读 · 0 评论