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R
文章平均质量分 63
qq_39306047
这个作者很懒,什么都没留下…
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无法对wsl-docker-data本身的unbutu镜像扩容操作
docker原创 2022-11-16 13:28:18 · 514 阅读 · 0 评论 -
边际图和组合折线图
可视化原创 2022-11-14 16:55:01 · 627 阅读 · 0 评论 -
Rsudio service
R原创 2022-11-14 11:27:44 · 2628 阅读 · 2 评论 -
计算机内用新的conda 环境迁移以及手工安装pybedtoolsconda 打包环境
安装pybedtools原创 2022-11-12 22:39:52 · 1110 阅读 · 0 评论 -
conda 导出环境文件的方法(文件方法)
conda原创 2022-11-11 10:15:04 · 13959 阅读 · 0 评论 -
创建永久库和临时库以及@@的作用
创建永久库和临时库以及@@的作用@@表示执行下一个操作,指针保持在当前记录。2、通过data步自主创建版本问题不好解决且训练集比较小的情况下,决定通过data步创建,代码格式:注:此处创建永久的数据集Libname ex ‘c:\SAS\dataset’ ; /* 创建永久数据库*/Data ex.GDP;Input year gdp1 gdp2 gdp3 @@; /* @@表示 连续输入*/cards;1978 28.18857 47.87643 23.9351979 31.26565原创 2022-02-10 16:55:41 · 714 阅读 · 0 评论 -
R绘图集合
R绘图集合R绘图(2): 离散/分类变量如何画热图/方块图 present TOP生物信息 2021-01-03 00:05R绘图(4): 散点图添加相关系数/回归方程密度图 R绘图(6): 拯救初学者——发表级绘图全能包ggpubr答读者问(5):提取monocle2的拟时序/坐标重新画图...原创 2022-01-02 19:16:25 · 269 阅读 · 0 评论 -
had non-zero exit status安装R包
https://blog.csdn.net/weixin_44343226/article/details/113776261?spm=1001.2101.3001.6650.1&utm_medium=distribute.pc_relevant.none-task-blog-2%7Edefault%7ECTRLIST%7Edefault-1.no_search_link&depth_1-utm_source=distribute.pc_relevant.none-task-blog-2%7原创 2021-11-25 15:23:54 · 784 阅读 · 0 评论 -
PCA方差为0的列
我认为您没有在正确地寻找零方差列。让我们尝试一些伪数据。首先,可接受的矩阵:10x100:PCA不能将常数的列/全部为零的列的方差重新调整为一mat <- matrix(rnorm(1000, 0), nrow = 10)还有一个带有零方差列的列。我们称之为oopsmat。const <- rep(0.1,100)oopsmat <- cbind(const, mat)oopsmat的前几个元素如下所示: const原创 2021-11-02 14:38:33 · 4260 阅读 · 0 评论 -
R语言循环里正常保存python 中 sparse matrix的应用和基本操作GO term heatmap and dot pic
R语言里一些画图程序不能在循环里正常保存的解决办法 (2020-07-06 11:42:47)转载▼标签: 生物信息 科学 分类: 学术-R这个目前只知其然不知其所以然,但是解决问题是可以的。Seurat里的DimPlot画图,单独使用的时候没有问题,用pdf+dev.off()可以正常输出保存图片,但是放在循环里却无法实现,原因不明。但是解决办法也很简单,加一个print函数就可以了。示例代码如下:pdf(“abc.pdf”)p1<-DimPlot(mouse.data)print(p原创 2021-09-30 09:24:19 · 196 阅读 · 0 评论 -
全外显子测序
全外显子测序 https://www.jianshu.com/p/3a146573a239原创 2021-06-17 19:27:22 · 654 阅读 · 0 评论 -
学习资源Gwas
CaseIS0a017f15-1c6b-45e7-8d55-e0a71df1b2e8ANDData CategoryISTranscriptome Profilinghttps://portal.gdc.cancer.gov/auth/api/data?annotations=true&related_files=trueGWAS数据分析专题https://mp.weixin.qq.com/s?src=11×tamp=1623895271&ver=3135原创 2021-06-17 11:58:13 · 178 阅读 · 0 评论 -
【R】如何去掉数据框中包含非数值的行?
【R】如何去掉数据框中包含非数值的行?https://www.cnblogs.com/jessepeng/p/12581180.html2. 去掉指定列中包含其他乱七八糟字符串的行总结下推荐用法指定列,且只含有NA/Inf/NaN:d[is.finite(dx),]指定列,含有其他字符:d[is.finite(as.numeric(as.character(dx),]指定列,含有其他字符:d[is.finite(as.numeric(as.character(dx),]指定列,含有其他字符:原创 2021-04-28 15:49:02 · 1042 阅读 · 0 评论 -
boxplot加显著性
boxplot加显著性library(ggplot2)library(ggsignif)head(iris)#自动添加显著性标记compaired <- list(c(“versicolor”, “virginica”))ggplot(iris, aes(x=Species, y=Sepal.Width, fill=Species)) +geom_boxplot() +geom_signif(comparisons = compaired,map_signif_level = T)原创 2021-04-27 09:59:58 · 1187 阅读 · 0 评论 -
归一化
归一化R语言:频数柱形图、直方图,数据归一化,标准化,取平方根,log10处理https://www.jianshu.com/p/987a01ccbd13scale函数对矩阵归一化是按行归一化,还是按列归一化?https://www.jianshu.com/p/115d07af30292 各种Size Factors的计算2.1 文库相关的size factor | library size normalization这个的计算也是最简单最常用的文库大小指的就是:每个细胞中所有的基因表达量之和原创 2021-04-14 14:33:56 · 1346 阅读 · 0 评论 -
数学建模
https://blog.csdn.net/qq_46126118/article/details/113242557?ops_request_misc=%257B%2522request%255Fid%2522%253A%2522161836383416780264094736%2522%252C%2522scm%2522%253A%252220140713.130102334.pc%255Fall.%2522%257D&request_id=161836383416780264094736&am原创 2021-04-14 09:51:52 · 108 阅读 · 0 评论 -
R 向量可以有属性的名字,apply可以生成一个向量,再把向量组合到数据框里面就可以了!
R 向量可以有属性的名字属性以列表形式保存,其中所有元素都有名字。R学习笔记(2):R中的数据类型和数据结构 本文最新版已更新至:http://thinkinside.tk/2013/05/09/r_notes_2_data_structure.htmlclass(size)[1] “numeric”typeof(size)[1] “double”attributes(size)$names[1] “MKO_DM_BL.HiC_Rep1” “MKO_DM_BL.HiC_Rep2” “MK原创 2021-04-01 10:25:40 · 241 阅读 · 0 评论 -
R语言对文件夹及文件的操作
R语言对文件夹及文件的操作rm(list=ls())path = ‘J:/lab/EX29 –在R语言中进行文件(夹)操作’setwd(path)cat(“file A\n”, file=”A”) #创建一个文件A,文件内容是’file A’,’\n’表示换行,这是一个很好的习惯cat(“file B\n”, file=”B”) #创建一个文件Bfile.append(“A”, “B”) #将文件B的内容附到A内容的后面,注意没有空行file.create(“A”) #创建一个文件A, 注意会原创 2021-03-22 11:14:14 · 2529 阅读 · 0 评论 -
bar的柱状图
https://www.cnblogs.com/renping/p/7399830.html博客:6、R语言绘制带errorbar 的柱状图转载:http://www.cnblogs.com/xudongliang/p/7283733.htmldata <- data.frame(mean = c(10, 15), sd = c(12, 17))rownames(data) <- c(“case”, “control”)par(lwd = 2)b <- barplot(dat原创 2021-03-17 16:33:52 · 189 阅读 · 0 评论 -
FPKM计算
FPKM计算1有时候用gtf提取和计算取基因长度时候,很多基因的名字是一样的,就是同一个基因有不同长度分别计算fpkm然后家和取平均值(对?)。2htseq计算counts的时候,定量出来的某些基因名称在gtf文件上找不不到,这样fpkm基因的数量比read count的基因数量少一点https://www.jianshu.com/p/5b9aa8ec8cc7https://www.jianshu.com/p/49f2030e937chttps://www.jianshu.com/p/b5c35原创 2021-03-04 15:46:36 · 4300 阅读 · 1 评论 -
invalid multibyte string, element 1
invalid multibyte string, element 1options(“download.file.method” = “wininet”)getOption(“download.file.method”)[1] “wininet”install_github(‘stjude/ChIPseqSpikeInFree’, host = “api.github.com”)错误: Failed to install ‘unknown package’ from GitHub:inval原创 2021-02-25 10:39:01 · 2783 阅读 · 0 评论 -
PCA
这篇Nature子刊文章的蛋白组学数据PCA分析竟花费了我两天时间来重现|附全过程代码…https://blog.csdn.net/qazplm12_3/article/details/106089137?ops_request_misc=&request_id=&biz_id=102&utm_term=%E8%9B%8B%E7%99%BD%E7%BB%84%E5%AD%A6%E6%95%B0%E6%8D%AE%E5%88%86%E6%9E%90&utm_medium=dis原创 2021-02-03 11:36:09 · 107 阅读 · 0 评论 -
R语言:读取csv文件后,数据变成了因子? 说说R语言的转置
R语言:读取csv文件后,数据变成了因子?https://www.jianshu.com/p/06d873b82d49原创 2021-01-29 14:52:51 · 1204 阅读 · 1 评论 -
advanced R
advanced Rhttps://adv-r.hadley.nz/index.html原创 2021-01-14 11:25:14 · 188 阅读 · 0 评论 -
prcomp 报错
prcomp 报错:Error in prcomp.default(pca_data, center = T, scale = T) :cannot rescale a constant/zero column to unit varianceHow to solve prcomp.default(): cannot rescale a constant/zero column to unit varianceI have a data set of 9 samples (rows) with原创 2021-01-02 23:27:22 · 3529 阅读 · 0 评论 -
CHipQC在PC环境成功运行
#SampleID Tissue Factor Condition Treatment Replicate bamReads ControlID bamControl Peaks PeakCaller#BT4741 BT474 ER Resistant Full-Media 1 reads/Chr18_BT474_ER_1.bam reads/Chr18_BT474_input.bam reads/Chr18_BT474_input.bam peaks/BT474_ER_1.bed.gz bed#BT.原创 2020-12-13 23:29:28 · 453 阅读 · 0 评论 -
Basics of ChIP-seq data analysis
https://www.bioconductor.org/help/course-materials/2016/CSAMA/lab-5-chipseq/Epigenetics.htmlBasics of ChIP-seq data analysis夏目沉吟:https://rpkgs.datanovia.com/ggpubr/reference/ggpie.html夏目沉吟:https://stackoverflow.com/questions/3397885/how-do-you-read-in原创 2020-12-03 09:18:44 · 337 阅读 · 0 评论 -
32位系统加载不了64位的dll。。。是不是没有为此架构安装?
32位系统加载不了64位的dll。。。是不是没有为此架构安装?Error: package or namespace load failed for ‘DiffBind’ in library.dynam(lib, p错误: package or namespace load failed for ‘openxlsx’ in library.dynam(lib, package, package.lib):没有这个DLL ‘zip’:是不是没有为此架构安装?本文来自: 人大经济论坛 R语言论坛 版原创 2020-11-22 17:34:39 · 1216 阅读 · 0 评论 -
R语言标准化(归一化)之scale()函数、sweep()函数
R语言标准化(归一化)之scale()函数、sweep()函数https://blog.csdn.net/yitianguxingjian/article/details/51820758原创 2020-09-22 22:12:20 · 1569 阅读 · 0 评论 -
转换基因名称
转换基因名称library(org.Mm.eg.db)library(“clusterProfiler”)gas<-read.csv(‘C:/Users/Administrator/Desktop/ts11/gas9.csv’)gene.df <- bitr(gas$gene, fromType = “ENSEMBL”, #fromType是指你的数据ID类型是属于哪一类的toType = c(“SYMBOL”), #toType是指你要转换成哪种ID类型,可以写多种,也可以只写一种原创 2020-09-11 22:32:20 · 852 阅读 · 0 评论 -
2020-09-04
write.table(wt4count,"/home/bioinfor312/桌面/hanchumiao/1111/wt组/wt4.csv",row.names=TRUE,col.names=NA,sep=",")##设置为true则错了烈名没有对上,#如果设置为NA则对应上了原创 2020-09-04 23:12:53 · 92 阅读 · 0 评论 -
ubuntu添加源后安装高版本R环境
https://blog.csdn.net/weixin_44783366/article/details/108078846ubuntu添加源后安装高版本R环境Linux 使用 apt-get 安装最新版本Rhttps://www.jianshu.com/p/d1b456e2375a原创 2020-08-22 15:24:24 · 215 阅读 · 0 评论 -
GENOVA相关代码
GENOVA相关代码library(GENOVA)centromeres = read.delim(‘C:/Users/admin/Desktop/陈*兵/GENOVA-master/data/hg19_cytobandAcen.bed’, sep = ‘\t’, h = F, stringsAsFactors = F)head(centromeres)Hap1_WT_20kb <- load_contacts(signal_path = ‘C:/Users/admin/Desktop/WT_原创 2020-07-21 20:46:43 · 453 阅读 · 0 评论 -
linux上使用R保存图片
dir="/data/zhangyong/yyp/yypold/hic/chenhebing/cs" ##定义工作的文件夹sedwd=(dir)options(scipen = 20)Args <- commandArgs(T)library(GENOVA)Ha40 <- load_contacts(signal_path = '/data/zhangyong/yyp/yypold/hic/chenhebing/cs/hic_results/matrix/GSE125129_原创 2020-07-09 15:11:54 · 1873 阅读 · 0 评论 -
linux上使用R的方法
dir=getwd()dir[1] “C:/Users/admin/Documents”dir=getwd()sedwd=(dir)options(scipen = 20)Args <- commandArgs(T)if(Args[2]==“hg19”){tss=read.table("/home/reference/fchen/tss.bed")tss=data.frame(chr=tss[,1],bin=floor((tss[,2]+tss[,3])/2/100000))….原创 2020-07-08 08:20:22 · 2215 阅读 · 0 评论 -
GENOVA依赖
remotes::install_github(“aidenlab/straw/R”)https://github.com/aidenlab/straw/tree/master/R原创 2020-06-24 11:30:59 · 208 阅读 · 0 评论 -
GENOVA
vignettes/GENOVA.Rmd@@ -1,409 +1,409 @@title: “GENOVA: explore the Hi-C’s”author:name: Robin H. van der Weideaffiliation:Division of Gene Regulation, the Netherlands Cancer Institutename: Teun van den Brandaffiliation:Division of Gene Regulat原创 2020-06-24 11:01:20 · 25680 阅读 · 0 评论 -
安装低版本的R语言、和自行下载安装各个版本的R语言包、以及多环境运行R
安装低版本的R语言、和自行下载安装各个版本的R语言包、以及多环境运行Rhttps://blog.csdn.net/ChenQihome9/article/details/81949965?locationNum=3&fps=1原创 2020-06-17 13:42:03 · 2122 阅读 · 0 评论 -
chip画图
library(ChIPseeker)library(ggplot2)library(dplyr)library(org.Mm.eg.db)require(TxDb.Mmusculus.UCSC.mm10.knownGene)txdb <- TxDb.Mmusculus.UCSC.mm10.knownGene#TxDb文件#f <- getSampleFiles()[[4]]#.bed文件,这里用包里的测试数据DM1 <- "C:\\Users\\admin\\Desk.原创 2020-06-07 14:09:26 · 1613 阅读 · 0 评论 -
差异分析流程 (一)数据预处理
差异分析流程(一)数据预处理https://blog.csdn.net/weixin_45161743/article/details/103495069https://blog.csdn.net/weixin_45161743/article/details/103536340?depth_1-utm_source=distribute.pc_relevant.none-task&ut...原创 2020-03-25 17:25:01 · 657 阅读 · 0 评论