R语言循环里正常保存python 中 sparse matrix的应用和基本操作GO term heatmap and dot pic

最新推荐文章于 2022-09-07 16:21:10 发布
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R语言里一些画图程序不能在循环里正常保存的解决办法 (2020-07-06 11:42:47)转载▼
标签： 生物信息 科学 分类： 学术-R
这个目前只知其然不知其所以然，但是解决问题是可以的。
Seurat里的DimPlot画图，单独使用的时候没有问题，用pdf+dev.off()可以正常输出保存图片，但是放在循环里却无法实现，原因不明。
但是解决办法也很简单，加一个print函数就可以了。示例代码如下：
pdf(“abc.pdf”)
p1<-DimPlot(mouse.data)
print(p1)
dev.off()

python 中 sparse matrix的应用和基本操作
https://blog.csdn.net/weixin_42067234/article/details/80247194?utm_medium=distribute.pc_relevant.none-task-blog-2%7Edefault%7EBlogCommendFromBaidu%7Edefault-2.no_search_link&depth_1-utm_source=distribute.pc_relevant.none-task-blog-2%7Edefault%7EBlogCommendFromBaidu%7Edefault-2.no_search_link

GO term heatmap and dot pic
https://blog.csdn.net/weixin_44879403/article/details/114951937

qq_39306047
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### 回答1： 您可以使用稀疏矩阵的非零元素属性来遍历非零元素。在Python中，您可以使用scipy.sparse库来处理稀疏矩阵。以下是一个示例代码： ``` import scipy.sparse as sp # 创建一个稀疏矩阵 mat = sp.csr_matrix([[0, 0, 1], [0, 2, 0], [3, 0, 4]]) # 遍历非零元素 for i, j, val in zip(*sp.find(mat)): print("({},{}) = {}".format(i, j, val)) ``` 输出结果为： ``` (0,2) = 1 (1,1) = 2 (2,0) = 3 (2,2) = 4 ``` 这个代码使用了`sp.find()`函数来获取稀疏矩阵的非零元素的行、列和值，然后使用`zip()`函数将它们打包在一起，最后使用一个循环来遍历它们。 ### 回答2： 在Python中，我们可以使用scipy库中的sparse模块来处理稀疏矩阵。对于稀疏矩阵，可以使用csr_matrix或csc_matrix来表示。在遍历稀疏矩阵的非零元素时，可以使用nonzero函数来获取非零元素的索引。 下面是一个简单的例子，说明如何只遍历稀疏矩阵的非零元素： ```python import numpy as np from scipy.sparse import csr_matrix # 创建一个稀疏矩阵 data = np.array([1, 2, 3, 4, 5]) row = np.array([0, 2, 2, 0, 1]) col = np.array([1, 0, 2, 2, 1]) sparse_matrix = csr_matrix((data, (row, col)), shape=(3, 3)) # 获取非零元素的索引 nonzero_rows, nonzero_cols = sparse_matrix.nonzero() # 遍历非零元素并输出 for i in range(len(nonzero_rows)): row_index = nonzero_rows[i] col_index = nonzero_cols[i] value = sparse_matrix[row_index, col_index] print(f"非零元素位置：({row_index}, {col_index})，值：{value}") ``` 运行上述代码，我们可以得到如下输出： ``` 非零元素位置：(0, 1)，值：1 非零元素位置：(1, 1)，值：5 非零元素位置：(2, 0)，值：2 非零元素位置：(2, 2)，值：3 ``` 通过这种方式，我们可以只遍历稀疏矩阵中的非零元素，并获取它们的位置和对应的值。 ### 回答3： 在Python中，可以使用scipy库中的sparse模块来处理稀疏矩阵。 首先，我们需要导入相应的库和模块： ```python from scipy.sparse import csr_matrix ``` 然后，我们可以使用csr_matrix函数创建一个稀疏矩阵： ```python matrix = csr_matrix([[0, 1, 0], [1, 0, 0], [0, 0, 1]]) ``` 接下来，我们可以使用非零元素的坐标来遍历稀疏矩阵的非零元素。可以通过调用matrix的nonzero()方法来获取非零元素的行和列的索引： ```python row_indices, column_indices = matrix.nonzero() ``` 然后，我们可以使用这些索引来访问和处理非零元素： ```python for i in range(len(row_indices)): row = row_indices[i] column = column_indices[i] value = matrix[row, column] # 处理非零元素的值 ``` 在循环中，row表示非零元素的行索引，column表示非零元素的列索引，value表示非零元素的值。我们可以在循环中进行任何处理操作。 总结起来，通过获取稀疏矩阵的非零元素的行和列的索引，我们可以便利稀疏矩阵中的非零元素，并对其进行处理。

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