简介
GROMACS是用于研究生物分子体系的分子动力学程序包。它可以用分子动力学、随机动力学或者路径积分方法模拟溶液或晶体中的任意分子,进行分子能量的最小化,分析构象等。它的模拟程序包包含GROMACS力场(蛋白质、核苷酸、糖等),研究的范围可以包括玻璃和液晶、到聚合物、晶体和生物分子溶液。GROMACS是一个功能强大的分子动力学的模拟软件,其在模拟大量分子系统的牛顿运动方面具有极大的优势。
安装GROMACS-2019.3软件
详细步骤
(一)、mpich-3.2
支持版本号:3.2及以上
源码包位置:
/home/pct13/gromacs
已经安装好的版本链接位置:
/home/pct13/gromacs/mpich-3.2
安装步骤:
涉及到的源码安装包:
mpich-3.2.tar.gz
编译安装mpich-3.2
1. #解压缩
2. tar -zxvf mpich-3.2.tar.gz
3. #进入解压缩后的文件夹
4. cd mpich-3.2
5. #安装路径设置
6. ./configure --prefix=/home/pct13/gromacs/install --disable-shared
7. #编译
8. Make
9. #安装
10. Make install
(二)cmake-3.10.2
支持版本号:3.10.2
源码包位置:
/home/pct13/gromacs/cmake-3.10.2.tar.gz
已经安装好的版本链接位置:
/home/pct13/gromacs/cmake-3.10.2
安装步骤:
编译安装cmake-3.10.2
1. #解压
2. tar -zxvf cmake-3.10.2-Linux-x86_64.tar.gz
3. #进入解压后的文件目录
4. cd cmake-3.10.2-Linux-x86_64
5. #进入bin文件夹
6. cd bin
7. #查看版本信息
8. cmake -version
(三)fftw-3.3.8
支持版本号:3.3.8
源码包位置:
/home/pct13/gromacs/fftw-3.3.8.tar.gz
已经安装好的版本链接位置:
/home/pct13/gromacs/fftw-3.3.8
安装步骤:
编译安装fftw-3.3.8
1. #解压
2. tar -zxvf fftw-3.3.8.tar.gz
3. #进入解压后的文件目录
4. cd fftw-3.3.8
5. #设置安装参数
6. ./configure --prefix=/home/pct13/gromacs/fftw338 --enable-sse2 --enable-avx --enable-float --enable-shared
7. #编译
8. make
9. #安装
10. make install
(四)gromacs-2019.3
支持版本号:2019.3
源码包位置:
/home/pct13/gromacs/gromacs-2019.3.tar.gz
已经安装好的版本链接位置:
/home/pct13/gromacs/gromacs-2019.3
安装步骤:
编译安装gromacs-2019.3
1. #解压缩
2. tar -zxvf gromacs-2019.3.tar.gz
3. #进入压缩后的文件夹
4. cd gromacs-2019.3
5. #创建build文件夹
6. mkdir build
7. #进入build文件夹
8. cd build
9. #设置安装参数
10. ../../cmake-3.10.2-Linux-x86_64/bin/cmake .. -DCMAKE_C_COMPILER=mpicc -DCMAKE_CXX_COMPILER=mpicxx -DGMX_MPI=on -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=/home/pct13/gromacs/gromacs-2019.3 -DGMX_FFT_LIBRARY=fftw3 -DGMX_SIMD=SSE2
11. #编译
12. make
13. #安装
14. make install
15. #进入bin文件夹
16. cd ../bin
检查是否成功
1. gmx_mpi -version
GROMACS软件算例
详细步骤
(一)、官网下载测试数据包并上传
进入gromacs官网
https://manual.gromacs.org/documentation/current/install-guide/index.html#testing-gromacs-for-correctness,点击下载回归测试包。
将下载的回归测试包上传至新集群机器并解压
(二)、执行
#进入回归测试文件夹
1. cd /home/pct13/gromacs/gromacs-2019.3/regressiontests-2021.1
#设置GMXRC源。
2. source /home/pct13/gromacs/gromacs-2019.3/bin/GMXRC
#执行测试
3. ./gmxtest.pl alldouble-only expanded