软件相关的

zsh下的homebrew安装与使用

安装

用中科大的镜像：

/usr/bin/ruby -e "$(curl -fsSL https://cdn.jsdelivr.net/gh/ineo6/homebrew-install/install)"

如果出现下面问题：

==> Tapping homebrew/core
Cloning into '/usr/local/Homebrew/Library/Taps/homebrew/homebrew-core'...

用control+c中断并执行以下命令：

cd "$(brew --repo)/Library/Taps/"
mkdir homebrew && cd homebrew
git clone git://mirrors.ustc.edu.cn/homebrew-core.git

安装成功，会有提示。
安装教程参见：https://blog.csdn.net/Alphoseven/article/details/104373758

使用

用brew --help查看可用命令，brew可用命令如下：

Example usage:
  brew search TEXT|/REGEX/
  brew info [FORMULA|CASK...]
  brew install FORMULA|CASK...
  brew update
  brew upgrade [FORMULA|CASK...]
  brew uninstall FORMULA|CASK...
  brew list [FORMULA|CASK...]

Troubleshooting:
  brew config
  brew doctor
  brew install --verbose --debug FORMULA|CASK

Contributing:
  brew create URL [--no-fetch]
  brew edit [FORMULA|CASK...]

Further help:
  brew commands
  brew help [COMMAND]
  man brew
  https://docs.brew.sh

MACBOOK如何编辑pdf文件

macbook自带的preview功能很强大，可以插入文字，签名，还能插入图片。
插入文字，签名：tools -> annotate
或者直接点工具栏的铅笔外面有圆圈的图标就好了。
插入图片，原文在这里url：先用preview打开你要插入的图片。command+A 选中图片，command+C 复制图片，command+V 粘贴图片成物体(object)，注意这个时候你粘贴的图片会覆盖原来的图片，所以最好把原图copy一个再操作。然后再command+C 复制这个object，现在可以打开pdf文件，粘贴了。

SExtractor使用

格式：

sex xxx.fits -c xxx.sex

关于sextractor中的模型拟合：

如果需要sextractor去拟合sersic模型等，需要提供psf文件。这个psf官方是用psfex来生成的，当然可以自己叠加恒星生成psf图像。
但是通过自己叠加恒星生成的图像需要修改才能被sextractor用。
具体改以下几项，下面是生成108x108的psf，x都是根据数据来改的，其他的都固定，除了3个PSFAXIS：

LOADED=X
ACCEPTED=X
CHI2=X
POLNAXIS=0
POLNGRP=0
PSF_FWHM=X
PSF_SAMP=X
PSFNAXIS=3
PSFAXIS1=108
PSFAXIS2=108
PSFAXIS3=1

WebbPSF

webbpsf的网址在这里

安装之前要卸载系统里已经有的webbpsf和poppy！
可以直接

$ pip install webbpsf

但是这种方法没办法及时获取更新，比如会使用jwst还没上天的psf模型等，这个没上天之前的psf的大小比上天之后在轨测试的psf小。
使用官网的github安装方式：

$ pip install -e git+https://github.com/spacetelescope/poppy.git#egg=poppy
$ pip install -e git+https://github.com/spacetelescope/webbpsf.git#egg=webbpsf

有时候会报错：

error: subprocess-exited-with-error
note: This error originates from a subprocess, and is likely not a problem with pip.

这是因为你系统中安装的setuptools版本太低了，这种错通常还伴随提示：

/private/var/folders/ml/2xwf3qp50n90n4n64349v4gr0000gn/T/pip-build-env-5j_uea_y/overlay/lib/python3.8/site-packages/setuptools_scm/integration.py:27: RuntimeWarning:
    ERROR: setuptools==41.2.0 is used in combination with setuptools_scm>=6.x
    
    Your build configuration is incomplete and previously worked by accident!
    setuptools_scm requires setuptools>=45
    
    
    This happens as setuptools is unable to replace itself when a activated build dependency
    requires a more recent setuptools version
    (it does not respect "setuptools>X" in setup_requires).
    
    
    setuptools>=31 is required for setup.cfg metadata support
    setuptools>=42 is required for pyproject.toml configuration support
    
    Suggested workarounds if applicable:
     - preinstalling build dependencies like setuptools_scm before running setup.py
     - installing setuptools_scm using the system package manager to ensure consistency
     - migrating from the deprecated setup_requires mechanism to pep517/518
       and using a pyproject.toml to declare build dependencies
       which are reliably pre-installed before running the build tools

解决方法就是，先卸载系统里的低版本setuptools，然后再安装高版本setuptools：

$ sudo pip uninstall setuptools
$ pip install setuptools

然后再从github上安装webbpsf和poppy。或者从github上clone下来，然后直接进到文件夹里pip安装。

$ git clone https://github.com/spacetelescope/poppy.git#egg=poppy
$ git clone https://github.com/spacetelescope/webbpsf.git#egg=webbpsf
$ pip install -e webbpsf
$ pip install -e poppy

参考这个网址

DS9

哈佛网站，之前更新过一次，后来的新下载地址在这里

FAST code

Mariska Kriek (University of California, Berkeley)
网址，现在这个网址进不去了。。。可能开始使用FASTpp了，不推FAST了
找到download，选择最新的版本下载
下载好解压以后，运行execution，然后报错，说是idl版本太低。
然后查上面的网址的FAQ，说是可以通过从新制作execution解决，解决方法如下：
在下载fast的根目录里还有一个文件是mkexe.idl，也一并下载下来
然后把这个文件拷到刚刚下载的fast包中的idl文件夹，然后从这个idl文件夹下进入终端，输入下列命令：
idl mkexe.idl -arg fast
然后就会在当前目录生成一个新的fast的execution，替换原来fast文件夹下的execution就可以了。
起初我以为是把mkexe.idl拷到当时安装idl语言的文件夹下，然后就出错了。

• 使用
  运行FAST就是在配置文件的上一层，比如/users/mm/fast/test中存储着配置文件，fast的exe在/users/mm/fast中，然后运行就输入…/fast xxx.param就可以了。

best fit的图纵坐标有问题

运行fast后会给出一个best_fits文件夹，里面有所有的输入和拟合的最好的sed模版，然后可以把测光点在sed template上，发现纵坐标是有问题的。然后师兄说，是因为零点的问题，就是（25-23.93）/2.5，差这么一个系数。

FASTpp code

Mariska Kriek (University of California, Berkeley)
github网址
升级版的FAST，速度快了

TexShop

TexShop 使用 .bib 文件来引用参考文献：

在同一目录下放 .bib 文件，然后在编辑页面，typeset 的顺序如下：

LaTex
BibTex
LaTex
LaTex

然后就可以识别 .bib 文件中的参考文献了。
解决方法来源stackexchange这里

Photutils, GALFIT, Source Extractor 坐标问题

Photutils 关于坐标转换的问题（网址链接），提到几个常用的软件在处理图像的坐标时是不同的。主要还是python的起始坐标是0导致的。

• Photutils：起始(0,0)且image[y,x]才是坐标(x,y)处的像素值
• GALFIT、Source Extractor、DS9、IRAF等：起始(1,1)