JWST使用

JWST安装

访问github的jwst查看细致的安装操作。

• 有两种安装方式：一种直接pip，这种方式不指定安装的版本的话，会默认安装最新的版本：

pip install jwst
pip install jwst==1.5.3

当然也可以安装最新的没做过测试的版本：

pip install git+https://github.com/spacetelescope/jwst

• 第二种方法就是，通过JWST的DMS(data management system来安装：
  DMS的github网址中，给出了不同的jwst版本所使用的其他包的版本号。

pip install -r https://ssb.stsci.edu/releases/jwstdp/1.5.2/reqs_macos-stable-deps.txt

其中1.5.2就是你想安装的版本号，还可以安装其他版本，见DMS的github网址。

• 这两种方法中推荐使用DMS来安装，因为在直接使用pip安装jwst 1.7.2之后，在jupyter里面使用的时候，出现了各种问题。

No such file or directory: '/usr/local/astromatic/crds_cache/jwst_ops/config/jwst/server_config'

等一系列的找不到各种文件，我猜测是因为crds的版本或者其他包的版本不匹配，导致的jwst第一次用的时候没办法远程下载各种配置文件和数据处理的文件。有人也遇到了同样的问题，他的解决方法在这里。
具体就是要在导入jwst各种函数之前，先把crds的环境变量设置了。

CRDS问题

关于CRDS的各种使用方法：

$ crds --help

处理JWST数据的时候能用到的几个CRDS命令是：

$ crds sync
$ crds list

用sync命令来从网上同步各种处理数据需要的文件。
指定下载那个文件用：

$ crds sync --files xxxxx.pmap

不指定，全部同步用（慎用，文件巨大）：

$ crds sync --all

为什么要介绍crds，因为如果jwst的pipeline不能用的话，可能需要手动同步各种文件。。。（JWST的CRDS包含的内容）

数据处理

JWST（STScI）数据处理网站在这里，或者参照程老师的学习笔记。

终端运行数据处理pipeline

具体看STScI JWST官方文档
JWST的pipeline有三步，第一步(calwebb_detector1)是把像素值根据不同的曝光节点修正好，第二步(calwebb_image2)是定标，第三部(calwebb_image3)是叠加图像。

$ strun calwebb_detector1 xxx_uncal.fits
$ strun calwebb_image2 xxx_asn.json
$ strun calwebb_image3 xxx_asn,json

在终端运行的时候如果想修改各种参数，用下面的命令查看可以修改的参数和使用格式：

$ strun calwebb_detector1 -h
$ strun calwebb_image2 -h
$ strun calwebb_image3 -h

比如你想指定输出文件的位置到当前目录下的calibrated文件夹下，且具有xxx_stage1.fits的名字：

$ strun calwebb_detector1 xxx_uncal.fits --output_dir=calibrated --output_file='xxx_stage1.fits

以此类推，这里再举一个例子，修改输出文件的pixel scale（我常用）：

$ strun calwebb_image3 xxx_asn.json --steps.resample.pixel_scale

脚本或jupyter运行数据处理pipeline

处理图像第三步可能得到的图像的WCS会有问题，pipeline用的是gaia的星表来找对应的输入图像的源。但是在红外可能，能和gaia匹配上的源很少。但是pipeline给了可以自己修改每个步骤的方法，参见官网。用户可以自己提供参考的星表(reference catalog)，让pipeline去匹配，来得到更加精确的WCS。

from jwst.pipeline import calwebb_image3
params = dict()
params["tweakreg"] = {'abs_refcat': 'path_to_reference_catalog/reference_catalog.ecsv'}
result = calwebb_image3.Image3Pipeline.call('jwxxxxx-o016_yyyymmddtxxxxxx_image3_00001_asn.json', output_dir = './result', save_results = True, steps=params)

当然可以修改resample的步骤，比如修改pixel scale：

params["resample"] = {'output_dir':'./result', 'save_results':True, "pixel_scale":0.03}
result = calwebb_image3.Image3Pipeline.call('jwxxxxx-o016_yyyymmddtxxxxxx_image3_00001_asn.json', output_dir = './result', save_results = True, steps=params)

JWST数据

Proposal ID

proposal ID 都在MAST网站上，CYCLE1-CYCLE2。
General Observer (GO) Programs: Observations and archival research proposed by the community and selected by peer review.
Guaranteed Time Observations (GTO) Programs: Observations defined by members of the instrument and telescope science teams, as well as a number of interdisciplinary scientists.
Director’s Discretionary Time (DDT): Time-critical observations that cannot be scheduled for a regular proposal cycle.
Director’s Discretionary Early Release Science (DD-ERS) Programs: Observations to be executed within the first five months of science operations and immediately released to the community.
Calibration Programs: Observations used to calibrate the science instruments in support of all the other science programs.
First Image Observations: The first observations following commissioning to demonstrate the observatory’s capabilities.

• CEERS project github上的网站
  CEERS的项目介绍：MAST网站
  CEERS不同波段的pointing，从它observe mode标签页看
• PRIMER project github上的网站