python实现Ensembl ID和gene symbol的相互转换

最新推荐文章于 2024-05-08 09:49:55 发布
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文章标签： python 生物信息 Ensembl
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本文介绍了如何使用Python从Ensembl数据库下载基因对照表，并编写转换函数实现Ensembl ID与gene symbol之间的相互转换。首先，访问Ensembl网站下载所需数据，然后通过编程读取并利用数据进行转换操作。
摘要由CSDN通过智能技术生成

python实现Ensembl ID和gene symbol的相互转换

文章目录

从Ensembl 数据库下载对照表

访问Ensembl网站http://www.ensembl.org/index.html，点击上方“downloads”，再点击“Customise your download”。 由于网站版本更新，这种访问方式已失效，请直接访问http://asia.ensembl.org/biomart/martview/。
在“-CHOOSE DATABASE-”处选择“Ensembl Gene 98”数据库，在“-CHOOSE DATASET-”处根据物种选择相应的dataset。此处演示选择人类，即选择“Human genes (GRCh38.p13)”。进入以下界面。
在这里插入图片描述
点击左侧Attributes调整需要下载的条项。点击“GENE”，在下面仅勾选“Gene stable ID”和“Gene name”，点击左上方“Results”，进入以下界面。
在这里插入图片描述
点击“Go”下载文件ÿ

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