python实现Ensembl ID和gene symbol的相互转换

最新推荐文章于 2024-04-30 17:28:01 发布
VIP文章 最新推荐文章于 2024-04-30 17:28:01 发布
阅读量6.1k 收藏 16
点赞数 1
文章标签： python 生物信息 Ensembl
版权声明：本文为博主原创文章，遵循 CC 4.0 BY-SA 版权协议，转载请附上原文出处链接和本声明。
本文链接：https://blog.csdn.net/qq_40246715/article/details/102753590
版权

python实现Ensembl ID和gene symbol的相互转换

文章目录

从Ensembl 数据库下载对照表

访问Ensembl网站http://www.ensembl.org/index.html，点击上方“downloads”，再点击“Customise your download”。 由于网站版本更新，这种访问方式已失效，请直接访问http://asia.ensembl.org/biomart/martview/。
在“-CHOOSE DATABASE-”处选择“Ensembl Gene 98”数据库，在“-CHOOSE DATASET-”处根据物种选择相应的dataset。此处演示选择人类，即选择“Human genes (GRCh38.p13)”。进入以下界面。

最低0.47元/天 解锁文章
Spirallock
关注
  • 1
    点赞
  • 踩
  • 16
    收藏
    觉得还不错? 一键收藏
  • 5
    评论
pyEntrezId:将Ensembl，Uniprot和HGNC ID转换为Entrez基因ID
05-02
PyEntrezId Python软件包可在各种基因或蛋白质ID之间进行转换 概括 这是我发布的第一个程序包。 任何反馈将不胜感激！ 我希望该项目可以作为初学者的示例，说明如何构造/编码简单的生物信息学工具。 我创建此程序包的原因是，我需要一个简单的工具来在用于标识基因，蛋白质等的多个ID之间进行转换。这之所以重要，是因为各种科研机构（NIH，EMBL等）托管的数据库有时具有不同的命名法描述相同的事物（基因，蛋白质，DNA，RNA等）。 讨论链接 Reddit：< > 快速开始 $ pip install --upgrade pyEntrezId 例子 将Ensemble转录本基因ID转换为Entrez基因ID from PyEntrezId import Conversion EnsemblId = 'ENST00000407559' # include your email a
Ensembl_id转换与gene symbol
m0_56016177的博客
09-26 755
Gene ID 也称Entrez ID/EntrezGene ID ，是 NCBI 使用的能够对众多数据库进行联合搜索的搜索引擎, 其对不同的 Gene 进行了编号, 每个 gene 的编号就是 entrez gene id，就是一串数字，比如：TP53 的Gene ID是:7157。因为entrez ID相对稳定, 所以也被其他数据库, 如 KEGG 等采用。不同物种的同一个基因的Gene ID是不同的。NCBI的RefSeq数据库ID，一般是两个大写首字母，加下划线，后面为数字。两个首字母 ”NC。
用python将基因id转换成基因名
weixin_44343226的博客
05-06 3324
下载python包pyensembl，终端输入 pip install pyensembl 在使用pyensembl之前还要下载相关的Ensembl数据： pyensembl install --release <list of Ensembl release numbers> --species <species-name> eg. pyensembl insta...
常见4种基因ID如何区别？如何转换？
热门推荐
weixin_59289660的博客
08-05 1万+
常用的4中基因ID类型： Gene symbol Entrez ID Ensembl ID Uniprot ID
pyensemble注释基因名称
S_AGZX的博客
07-06 565
pyensembl包，ensemble数据库，获取基因名，获取转录本
Ensemble ID格式及转换
shy_321的博客
06-17 1万+
目录Ensemble IDEnsemble ID 格式Ensemble ID转换bitrselectbiomaRt 转换参考吐槽 Ensemble ID Ensemble ID 是Ensembl 数据库使用的ID标识符，用于标识不同的分子特征，如基因，转录本，外显子，蛋白。大多数据库都有一套自己的ID命名。ID 主要是为消除歧义，在特征注释或数据库更新时也能保持一致。不像人为命名的分子名字，如基因名字那样可能发生改变。就类似于我们的身份证号, 名字方便于平常的交流使用，ID是独一无二的。 Ensemble
常用数据库的基因ID
watermel__的博客
05-18 8270
1.Ensembl stable ID ： Ensembl stable ID 的结构是根据不同物种设置的前缀, 加上数据所指的类型, 如基因蛋白质, 再加上一系列的数字. 有的时候可以有不同的版本, 则在 Ensembl ID 后面加上小数点和版本号. 例如：ENS表示物种（human）,G表示基因（gene） 2.UniProt UniProt 中录入的数据都被分配了一个唯一的 entry name，叫做UniProtKB/Swiss-Prot entry name。它是最多有 11 位包含大写.
gene ID / Gene Symbol / Ensembl ID
weixin_53682198的博客
05-10 2492
gene ID / Gene Symbol / Ensembl ID
基因表达数据处理-Ensembl ID转化为Gene symbol
weixin_46065198的博客
11-09 2446
查询后似乎是ensembl.org网址不可用，该包也支持换其他数据库，但我这里没有再进行尝试。希望知道方法的大神帮忙指导。此处有33%Ensembl ID未找到对应Symbol。
基因symbol和ID的转换和后续数据处理
一只电饭煲的博客
11-18 7268
前言 在生物信息数据处理过程中，因为很多数据库的基因用的标识符不同，经常遇到基因symbol和ID转换的问题，这里主要介绍利用DAVID这个工具进行标识符之间的转换~ 步骤： 1.进入DAVID（https://david.ncifcrf.gov/）网页 2.选择Shortcut to DAVID Tools–>Gene ID Conversion 3.先导入基因列表，即upload部分 4.提交后，出现下图的界面，可以检查下自己的导入数据 5.重复步骤2选择Shortcut to D
pyensembl:Python界面可访问Ensembl的参考基因组特征（例如基因，转录本和外显子）
05-01
PyEnsembl是一个Python接口，用于参考基因组元数据（例如外显子和转录本）。 PyEnsembl从Ensembl FTP服务器下载和文件，并将它们加载到本地数据库中。 PyEnsembl还可以使用通过用户提供的GTF和FASTA文件指定的...
trackhub-registry：TrackHub注册表的规范和实现
02-05
该存储库包含TrackHub注册表的规范和实现。 TrackHub是一项允许将大规模基因组数据集有效集成到现代基因组浏览器中的技术。 TrackHubs表示一种通过单个可附加URL（统一资源定位符）整理相关数据集以呈现为单个实体...
geneSpy:小程序使用 ensembl restapi 和 angular js 检索基因信息
06-03
基因间谍使用ensembl restapi和angular js检索基因信息的应用程序
Day25-Java基础之常用类1
m0_46053885的博客
04-27 891
同时我们发现Math类中的方法都是静态的，因此在使用的时候我们可以直接通过类名去调用。对于计算机而言，其实是没有数据类型的概念的，都是0101010101，数据类型是编程语言自己规定的，所以在实际存储的时候，先把具体的数字变成二进制，每32个bit为一组，存储在数组中。比较内存地址值一般情况下是没有意义的，我们希望比较的是对象的属性，如果两个对象的属性相同，我们认为就是同一个对象；如果我们的数据是一个浮点类型的数据，有的时候计算机并不会将这个数据完全转换成一个二进制数据，而是将这个将其转换成一个无限的。
链表刷题集
最新发布
yajunjiao的专栏
04-30 282
本文主要列举了一些刷的题，不多，有那么几道，也建议各位去建立自己的刷题集。积少成多。
Lambda表达式特点
weixin_57763462的博客
04-24 812
**API 设计**：Lambda 表达式鼓励使用函数式接口的设计模式，这改变了 Java 库的设计，例如 `java.util.function` 包下的一系列函数式接口。- **函数式编程**：Lambda 表达式引入了函数式编程的理念，使得 Java 更接近于函数式编程语言，如 Scala 和 Clojure。- **并发编程**：Lambda 表达式与 Java 8 新增的 Stream API 结合使用，可以简化并发编程，特别是与集合的操作相关。
【简单介绍下机器学习之sklearn基础】
cz88888888666的博客
04-24 1197
🎈机器学习是一个用于构建预测模型的领域，Scikit-learn（简称sklearn）是Python中的一个开源机器学习库，它支持包括分类、回归、降维和聚类算法，并且集成了与这些算法相关的机器学习的不同任务的各种工具。
AttributeError: module ‘numpy‘ has no attribute ‘float‘.的解决方法
chen_znn的博客
04-30 325
本文记录了AttributeError: module 'numpy' has no attribute 'float'.的解决方法
entrezid转为gene symbol
11-10
以下是使用R语言中的biomaRt包将entrezid转化为gene symbol的例子： ```R # 安装和加载biomaRt包 install.packages("biomaRt") library(biomaRt) # 选择要查询的数据库和数据集 ensembl = useMart("ensembl", dataset = "hsapiens_gene_ensembl") # 输入entrezid entrezid = c("1017", "1018", "1019") # 使用getBM函数将entrezid转化为gene symbol gene_symbol = getBM(attributes = c("entrezgene_id", "hgnc_symbol"), filters = "entrezgene_id", values = entrezid, mart = ensembl) # 输出结果 gene_symbol ``` 输出结果为： ``` entrezgene_id hgnc_symbol 1 1017 CDK2 2 1018 CDK3 3 1019 CDK4 ```

“相关推荐”对你有帮助么？

  • 非常没帮助
  • 没帮助
  • 一般
  • 有帮助
  • 非常有帮助
提交
评论 5
添加红包

请填写红包祝福语或标题

个

红包个数最小为10个

元

红包金额最低5元

当前余额3.43元 前往充值 >
需支付：10.00元
成就一亿技术人!
领取后你会自动成为博主和红包主的粉丝 规则
hope_wisdom
发出的红包
实付元
使用余额支付
点击重新获取
扫码支付
钱包余额 0

抵扣说明：

1.余额是钱包充值的虚拟货币，按照1:1的比例进行支付金额的抵扣。
2.余额无法直接购买下载，可以购买VIP、付费专栏及课程。

余额充值