Python
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Bio Coder
这个作者很懒,什么都没留下…
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f-string和str.format()方法的优缺点比较
f-string提供了一种快速、简洁且高效的方式来格式化字符串,非常适合Python 3.6及以上版本。它们特别适合于简单到中等复杂度的字符串格式化任务。方法提供了更高的兼容性和灵活性,适合于所有版本的Python,并且在处理特别复杂的字符串格式化需求时可能更加方便。在选择哪种格式化方法时,需要考虑你的具体需求,包括Python版本兼容性、性能要求、字符串的复杂度,以及个人偏好。原创 2024-03-13 10:51:43 · 644 阅读 · 0 评论 -
ImportError: libstdc++.so.6: version `GLIBCXX_3.4.29‘ not found
解决这个问题的关键是确保你的环境中有正确版本的C++标准库。选择最适合你情况的解决方案,可能需要考虑权限、系统稳定性以及与其他软件的兼容性。(或其他依赖于C++标准库的Python库)与系统的GCC编译器版本不兼容的情况下。环境变量来指定正确的库路径。这可以临时解决库版本的问题,无需安装或升级GCC。如果系统中已经安装了满足要求的GCC版本,但不是默认版本,你可以通过设置。这通常发生在使用了较新版本的。依赖的一个C++共享库。库时遇到了问题,因为。原创 2024-03-12 17:40:16 · 843 阅读 · 0 评论 -
Python 常用内置函数,及实例演示
Python的内置函数非常强大,可以帮助你完成各种任务。原创 2024-03-11 16:31:12 · 529 阅读 · 0 评论 -
Python 常用内置函数
这些函数覆盖了从基本输入输出到数据处理、类型转换、数学计算等多方面的功能,是Python编程中经常会用到的工具。掌握它们的使用可以大大提高编程的效率和代码的简洁性。: 将多个可迭代的对象作为参数,将对象中对应的元素打包成一个个元组,然后返回由这些元组组成的列表。: 返回对象(如字符串、列表、元组等)的长度。: 执行一个字符串表达式,并返回表达式的值。: 计算输入的可迭代对象中所有元素的总和。: 对序列进行排序,并返回新的排序列表。: 对指定序列的每个元素执行指定的函数。: 返回任意对象的类型。原创 2024-03-11 16:27:57 · 677 阅读 · 0 评论 -
python 常用保留字(关键字)
Python中的保留字(也称为关键字)是那些被编程语言语法赋予了特殊意义的单词。这些词不能用作标识符,例如变量名、函数名或任何其他用户定义的名字。每个保留字都有其特定的用途和规则。这会输出当前Python解释器支持的所有关键字列表。使用保留字作为变量名或函数名等将会导致语法错误。你可以通过Python的内置模块。原创 2024-03-11 16:20:07 · 5271 阅读 · 0 评论 -
python中,dtypes 和 type() 函数的区别
在Python中,特别是在处理Pandas库中的数据结构如DataFrame和Series时,dtypes属性和type()函数都可以用来获取关于数据类型的信息,但它们的应用场景和返回信息有所不同。原创 2024-03-11 16:08:59 · 863 阅读 · 0 评论 -
python: 创建目录,类似 ‘mkdir -p‘
os.makedirs 是 Python 的一个函数,属于 os 模块,用于递归创建目录。如果创建的目录的父目录不存在,os.makedirs 会自动创建这些父目录,类似于 Unix 和 Linux 命令行中的 mkdir -p 命令。这个函数对于需要创建多层嵌套的目录结构时特别有用。函数语法pythonCopy codename: 要创建的目录的路径。原创 2024-03-05 09:28:56 · 671 阅读 · 0 评论 -
后一个数 减 前一个数 形成新列表
a = [1, 2, 3, 4, 5, 6] #原列表c = [] #生成一个空列表,用来放新列表for i in range(len(a)-1): b = a[i+1] - a[i] #后者减前者 c.append(b) #添加元素到新列表print(c)...原创 2019-01-04 09:13:06 · 13487 阅读 · 1 评论 -
AttributeError: 'NoneType' object has no attribute 'bytes', python -m pip install --upgrade pip升级解决
python -m pip install --upgrade pip 安装出现报错,上级失败时,两种解决方案方案一 :easy_install -U pip方案二:python -m pip install -U --force-reinstall pip原创 2019-01-05 13:21:46 · 1452 阅读 · 2 评论 -
Error: (list) object cannot be coerced to type ‘double‘
Error: (list) object cannot be coerced to type 'double’的问题解决方案> data5b2<-as.numeric(data5b1)Error: (list) object cannot be coerced to type 'double'想要一个数据框里的左右数据转化为数值型时,出现以下报错Error: (list) o...原创 2019-06-25 00:02:42 · 59038 阅读 · 7 评论 -
read.table字符值T变为 逻辑值TRUE的解决方法
ped<-read.table("combind_ped.ped",colClasses = "character") #读取时,添加colClasses = "character"原创 2019-06-23 11:59:00 · 1252 阅读 · 0 评论 -
Python pandas 数据框 按列值 筛选数据(单值筛选,按照列表多值筛选)
**目标1:从d0数据框中,筛选出rs列中包含 '2_161686082’中值的数据框**d1 = d0.loc[d0['rs']=='2_161686082']d1**目标2:从d0数据框中,筛选出rs列中包含**l1=['2_161686082','ALGA0072703','ASGA0022902','ASGA0040345','ASGA0098828','M1GA00...原创 2019-04-01 18:18:12 · 13290 阅读 · 1 评论 -
利用Python批量爬取XKCD动漫图片,并批量保存
import requests, os, bs4url = ‘https://xkcd.com’os.makedirs(‘xkcd’,exist_ok = True)while not url.endswith(’#’):# download the pageprint('downloading the %s...'%(url)) # '%s...'%(url)对字符串及进行替换re...翻译 2018-11-10 16:37:36 · 469 阅读 · 0 评论 -
Python 爬虫 爬取单个基因 表格数据的生物学功能 (urllib+正则表达式):
Python 爬虫 爬取单个基因的生物学功能(urllib+正则表达式):import reimport urllibfrom urllib import requesturl = ‘https://www.ncbi.nlm.nih.gov/gene/?term=NCOA1’response = urllib.request.urlopen(url)content = respon...原创 2018-11-08 12:55:39 · 1544 阅读 · 0 评论 -
Python csv 文件读取 打印
方法一: import csv f = open("C:\\Users\\windows10\\Desktop\\Python练习\\文本流\\raw循环合并.csv") csv_reader = csv.reader(f,dialect='excel') # dialect='excel'为EXCEL编码风格,否则无法读取首行 for line i...原创 2018-11-23 05:29:58 · 4245 阅读 · 0 评论 -
Python csv 两种方法 实现 碱基合并 pandas
import csvf = open(&amp;quot;C:\\Users\\windows10\\Desktop\\Python练习\\文本流\\raw循环合并.csv&amp;quot;)csv_reader = csv.reader(f,dialect='excel') # dialect='excel'为EXCEL编码风格,否则无法读取首行li = [] #避免list,str等系统字眼lis ...原创 2018-11-23 07:13:22 · 482 阅读 · 0 评论 -
Python pandas 染色体 SNP 位点提取 并排序
import pandas as pdfrom pandas import DataFrame as dff = open('C:\\Users\\windows10\\Desktop\\Python练习\\文本流\\1177genetype_hapmapcp1_18_01.txt')d0 = pd.read_table(f, sep = "\t") #header 默认为第一行d0.s...原创 2018-11-29 00:17:51 · 1815 阅读 · 0 评论 -
Python 筛选 替换 排序 提取(单个染色体SNP从全基因组提取)
import pandas as pdfrom pandas import DataFrame as df#对ped碱基形式替换为数字形式f = open('C:\\Users\\windows10\\Desktop\\Python练习\\文本流\\Neogen_China_POR80KV01_20170426.ped')data1 = pd.read_table(f,header = ...原创 2018-12-01 13:22:47 · 1917 阅读 · 1 评论 -
Python pandas 单条 染色体体 位置 区间 SNP 数据 提取 haploview
import pandas as pdsheet1 = pd.read_excel('C:\\Users\\windows10\\Desktop\\Python练习\\文本流\\chrom 1\\chrom1_map.xlsx')sheet1print(type(sheet1))sheet1.dtypes#传入SNP的postion,并提取SNP位点信息pos = 31532030...原创 2018-12-09 02:02:49 · 1159 阅读 · 1 评论 -
web自动化 从excel 单倍型位置数据读取到网页碱基序列,自动填写NCBI的blast表单 并提交自动化流程
#导入数据库import requestsimport pandas as pdfrom selenium import webdriverimport timeimport pyperclipfrom selenium.webdriver.common.keys import Keys#碱基位置参数信息提取d1 = pd.read_excel('D:/GWAS全套数据库/hap...原创 2019-01-11 11:35:07 · 558 阅读 · 0 评论 -
python 数据处理 list serise dataframe ndarray dict tuple之间的相互转化
import numpy as npimport pandas as pd########### Series ###########Series &lt;--&gt; DataFrame*dataframe* = pd.DataFrame({"XXX1":*series1*,"XXX2":*series2*})*series* = *dataframe*[0] #无标签时*转载 2019-01-23 10:18:07 · 443 阅读 · 0 评论 -
Python 利用BeautifulSoup和正则表达式 来爬取旅游网数据
import reimport requestsimport timefrom bs4 import BeautifulSoupurl = ‘http://www.cntour.cn/’r = requests.get(url)print(r.encoding,len(r.text))soup = BeautifulSoup(r.text, ‘lxml’)data = soup.s...原创 2018-11-09 21:49:23 · 455 阅读 · 0 评论