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这个作者很懒,什么都没留下…
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slurm 系统运行 sankemake时, snakemake内mem_mb, cpu ,和提交脚本时-N, -n, -c, -j之间的对应关系
当在 SLURM 管理的集群系统中运行 Snakemake 时,正确配置资源是确保作业有效和高效运行的关键。SLURM 脚本中的资源请求参数 (-N-n-c-j) 与 Snakemake 规则中的资源配置 (mem_mbcpu) 需要协调一致,以避免资源浪费或不足。原创 2024-04-25 10:23:36 · 121 阅读 · 0 评论 -
snakemake运行时,节点数, 进程数,线程数,任务数之间的关系,实例说明
在使用 Snakemake 和 SLURM 运行并行计算作业时,理解节点数、进程数、线程数和任务数之间的关系是很重要的。这些参数决定了作业如何在集群上分配和执行。-N: 指定作业需要使用的物理服务器(节点)数量。每个节点可以有多个CPU和大量的内存。-n: 指定作业总共需要多少个独立的进程。这些进程可以分布在请求的所有节点上。-c: 对于每个进程,可以指定它可以使用的线程(或CPU核心)数量。线程是进程内的执行单位,可以共享进程的内存。-j: 在 Snakemake 中,-j或--jobs。原创 2024-04-25 09:48:59 · 205 阅读 · 0 评论 -
snakemake: 基本语法知识点
Snakemake 使用一种基于 Python 的语法来定义工作流,允许用户编写规则(rules)来指定数据分析流程中的各个步骤。规则是 Snakemake 工作流的基本构建块,每个规则定义了一个分析步骤。一个规则通常包括输入(input)、输出(output)、执行的命令(shell 或 script)等部分。随着实践的增加,你会逐渐熟悉 Snakemake 提供的更多高级特性和最佳实践。如果一个规则的输出是另一个规则的输入,Snakemake 会自动先执行依赖规则。等占位符来引用规则的输入和输出。原创 2024-03-04 17:41:01 · 133 阅读 · 0 评论 -
snakemake: 学习路线推荐
为了深入学习 Snakemake 并有效地应用它在你的工作流中,你需要按照一个结构化的路径逐步提升你的技能。按照这个学习路线,你将能够从基础到高级,全面掌握 Snakemake 的使用。重要的是要通过实践来巩固学习成果,不断挑战自己处理更复杂的数据分析任务。原创 2024-03-04 17:20:57 · 163 阅读 · 0 评论 -
snakemake: 基础知识
Snakemake 是一个流行的工作流管理系统,它允许研究人员和开发人员以最小的努力创建可重复、可扩展的数据分析流程。它基于 Python 语言,结合了 Makefile 的简洁性和 Python 的强大功能。Snakemake 的设计理念是提供一个简单但功能强大的方式来编写分析流程,使其易于部署和共享。Snakemake 可以通过多种方式安装,但是使用 Conda 是最推荐的方式,因为它可以自动处理 Snakemake 及其依赖项的安装。原创 2024-03-04 17:28:13 · 394 阅读 · 0 评论 -
snakemake: 常用安装方法推荐,及详细安装步骤
Snakemake 的安装推荐使用 Conda 管理器,因为 Conda 可以方便地管理软件包及其依赖,并且可以创建隔离的环境以避免版本冲突。以下是使用 Conda 安装 Snakemake 的推荐步骤,包括如何首先安装 Conda(如果你还没有安装的话)。原创 2024-03-04 17:58:29 · 247 阅读 · 0 评论 -
SnakeMake介绍:主要特性、工作原理、应用场景
它基于 Python 语言开发,结合了 Makefile 的特点,提供了一种声明式的语法来定义数据处理的步骤和规则。通过 Snakemake,用户可以组织和控制复杂的数据分析流程,实现自动化处理,从而提高研究的可重复性和效率。此外,由于其高度的可配置性和扩展性,Snakemake 也被用于非生物信息学的数据分析项目中。Snakemake 工作流是由一系列的规则组成的。然后,用户可以通过命令行界面运行 Snakemake,并指定目标文件或规则,Snakemake 将会执行所有必要的步骤来生成这些目标。原创 2024-03-04 10:00:06 · 420 阅读 · 0 评论 -
snakemake: configfile: “config.yaml“用法详解
在 Snakemake 中,configfile: "config.yaml"允许你从一个 YAML 文件中读取配置参数,这样可以使工作流的管理更加灵活和高效。以下是如何使用这个特性,并通过一个例子来详细说明其用法。假设你正在进行一项需要数据分析的生物信息学研究。你有多个样本需要处理,并且希望通过 Snakemake 来自动化这个过程。下面是如何使用 configfile: "config.yaml"来简化你的工作流管理。原创 2024-03-04 09:55:12 · 820 阅读 · 0 评论 -
snakemake:脚本中的expand 函数用法详解
*函数是一个非常强大的工具,用于基于模板和一组值生成文件路径列表。这在定义大量相似路径时尤其有用,可以避免手动列举每个文件,从而简化Snakemake规则的编写。**函数,你可以简化对多个文件和复杂文件命名模式的处理,使得Snakemake脚本更加灵活和强大。**可以与列表推导式一起使用来生成更复杂的文件名列表。如果需要生成所有可能的组合,可以使用**当处理更复杂的文件命名模式时,**假设我们有一组样本编号**Snakemake的**原创 2024-03-01 17:38:18 · 293 阅读 · 0 评论